PDB-6tij: Structure of A. niger Fdc WT in complex with indol-2-carboxylic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tij

タイトル

Structure of A. niger Fdc WT in complex with indol-2-carboxylic acid

要素

Ferulic acid decarboxylase 1

キーワード

LIGASE / (de)carboxylase / UbiD / aromatic acid / prFMN

機能・相同性

機能・相同性情報

styrene metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / phenacrylate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / manganese ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus niger (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.12 Å

データ登録者

Leys, D.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Enzymatic C-H activation of aromatic compounds through CO 2 fixation.
著者: Aleku, G.A. / Saaret, A. / Bradshaw-Allen, R.T. / Derrington, S.R. / Titchiner, G.R. / Gostimskaya, I. / Gahloth, D. / Parker, D.A. / Hay, S. / Leys, D.

履歴

登録	2019年11月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月12日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.2	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tij.cif.gz	235.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tij.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tij.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/6tij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/6tij	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tibC 6ticC 6tieC 6tihC 6tilC 6tinC 6tioC 4zaaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tib-1 6r33-1 4za9-1 6tin-1 6tie-1 6r3g-1 4zab-1 7abn-2 6ev7-1 6r32-1 4za7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

57.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

AAA: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.781, 63.725, 87.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1009- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Ferulic acid decarboxylase 1 / Phenacrylate decarboxylase 分子量: 56335.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 遺伝子: fdc1, An03g06590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2QHE5, phenacrylate decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 662分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-BYN / hydroxylated prenyl-FMN 分子量: 542.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₂H₃₁N₄O₁₀P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ICB / 1H-indole-2-carboxylic acid / 1H-インド-ル-2-カルボン酸分子量: 161.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, Bis-Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.975 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.12→64.79 Å / Num. obs: 204931 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.12→1.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 31550 / CC_1/2: 0.5 / R_rim(I) all: 0.739 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4ZAA

4zaa

解像度: 1.12→64.685 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 1.214 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.031 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1686	10012	4.937 %
R_work	0.1397	-	-
all	0.141	-	-
obs	-	202805	98.513 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.659 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.022 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.149 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.171 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.12→64.685 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3852	0	64	656	4572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	4323
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.224	1.663	5937
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.686	1.585	9129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.783	5	565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.405	22.376	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.803	15	698
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.99	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.149	0.2	560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.024	0.02	4996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	892
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.254	0.2	966
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	3757
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2077
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.22	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.092	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.225	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.302	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.231	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.014	1.047	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.004	1.047	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.191	1.578	2763
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.194	1.581	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.117	1.299	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.117	1.3	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.632	1.859	3174
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.633	1.859	3174
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.183	14.86	5254
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.183	14.86	5255
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.227	3	8236

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.12-1.149	0.357	689	0.35	13013	0.35	15044	0.732	0.73	91.0795	0.332
1.149-1.18	0.309	710	0.301	13639	0.301	14758	0.83	0.829	97.2286	0.28
1.18-1.215	0.3	693	0.262	13348	0.263	14286	0.858	0.872	98.285	0.237
1.215-1.252	0.261	704	0.243	12990	0.244	13911	0.883	0.892	98.4401	0.216
1.252-1.293	0.264	658	0.228	12635	0.229	13485	0.89	0.904	98.5762	0.199
1.293-1.338	0.248	632	0.203	12302	0.205	13089	0.909	0.923	98.8158	0.176
1.338-1.389	0.218	601	0.175	11893	0.177	12620	0.936	0.945	99.0016	0.149
1.389-1.446	0.194	592	0.156	11451	0.158	12140	0.942	0.954	99.201	0.132
1.446-1.51	0.167	603	0.129	10944	0.131	11639	0.962	0.968	99.2096	0.11
1.51-1.583	0.139	514	0.106	10563	0.108	11146	0.973	0.979	99.3809	0.091
1.583-1.669	0.139	558	0.095	10054	0.097	10652	0.975	0.982	99.6245	0.083
1.669-1.77	0.127	448	0.09	9597	0.091	10069	0.979	0.984	99.7617	0.08
1.77-1.892	0.119	496	0.085	8941	0.087	9451	0.983	0.987	99.8519	0.079
1.892-2.044	0.128	446	0.092	8417	0.094	8877	0.98	0.986	99.8423	0.088
2.044-2.239	0.124	381	0.097	7756	0.098	8142	0.982	0.985	99.9386	0.095
2.239-2.503	0.117	368	0.091	7045	0.093	7418	0.984	0.987	99.9326	0.092
2.503-2.889	0.134	318	0.103	6268	0.105	6590	0.979	0.984	99.9393	0.105
2.889-3.536	0.153	260	0.131	5329	0.132	5592	0.971	0.977	99.9464	0.139
3.536-4.994	0.129	207	0.118	4194	0.119	4403	0.984	0.985	99.9546	0.132
4.994-64.685	0.194	134	0.181	2415	0.181	2554	0.964	0.97	99.8042	0.201

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