PDB-6tih: Structure of A. niger Fdc WT in complex with benzothiophene 2 car...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tih

タイトル

Structure of A. niger Fdc WT in complex with benzothiophene 2 carboxylic acid

要素

Ferulic acid decarboxylase 1

キーワード

LIGASE / (de)carboxylase / UbiD / aromatic acid / prFMN

機能・相同性

機能・相同性情報

styrene metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / phenacrylate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / manganese ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus niger (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.021 Å

データ登録者

Leys, D.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Enzymatic C-H activation of aromatic compounds through CO 2 fixation.
著者: Aleku, G.A. / Saaret, A. / Bradshaw-Allen, R.T. / Derrington, S.R. / Titchiner, G.R. / Gostimskaya, I. / Gahloth, D. / Parker, D.A. / Hay, S. / Leys, D.

履歴

登録	2019年11月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月12日	Group: Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.2	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tih.cif.gz	233.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tih.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tih.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tih_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tih_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6tih_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	6tih_validation.cif.gz	44 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/6tih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/6tih	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tibC 6ticC 6tieC 6tijC 6tilC 6tinC 6tioC 4zaaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6r3i-1 6r2r-1 6ev9-1 6tio-1 6ev4-1 6tic-1 6r3j-1 6r34-1 4zad-d 6r2t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

57.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

AAA: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.720, 63.611, 87.627
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-962- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Ferulic acid decarboxylase 1 / Phenacrylate decarboxylase 分子量: 56335.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 遺伝子: fdc1, An03g06590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2QHE5, phenacrylate decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 635分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-BYN / hydroxylated prenyl-FMN 分子量: 542.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₂H₃₁N₄O₁₀P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ND8 / benzothiophene 2 carboxylic acid / ベンゾ[b]チオフェン-2-カルボン酸分子量: 178.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₆O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, Bis-Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.916 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.02→45.378 Å / Num. obs: 218173 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.02→1.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 10906 / CC_1/2: 0.7 / R_rim(I) all: 0.785 / % possible all: 71.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4ZAA

4zaa

解像度: 1.021→45.378 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 0.789 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1417	10900	4.996 %
R_work	0.1225	-	-
all	0.123	-	-
obs	-	218173	80.725 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.054 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.074 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.246 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.172 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.021→45.378 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3852	0	52	630	4534

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.013	4318
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	3912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.276	1.661	5932
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.689	1.583	9131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.851	5	567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.774	22.376	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.482	15	699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.451	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.151	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.024	0.02	4996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	887
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.313	0.2	973
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	3810
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.262	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.124	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.088	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.228	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.302	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.678	1.095	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.668	1.095	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.391	1.646	2771
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.392	1.649	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.839	1.351	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.838	1.352	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.767	1.931	3161
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.766	1.93	3161
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.746	15.296	5256
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.746	15.295	5257
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	10.229	3	8230

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.021-1.047	0.295	94	0.299	1633	X-RAY DIFFRACTION	8.7086
1.047-1.076	0.28	287	0.27	5707	X-RAY DIFFRACTION	31.0297
1.076-1.107	0.233	450	0.234	9222	X-RAY DIFFRACTION	51.4934
1.107-1.141	0.212	580	0.203	11808	X-RAY DIFFRACTION	67.6681
1.141-1.179	0.197	699	0.175	13246	X-RAY DIFFRACTION	78.8209
1.179-1.22	0.183	823	0.163	15116	X-RAY DIFFRACTION	92.8467
1.22-1.266	0.166	817	0.15	15645	X-RAY DIFFRACTION	99.4923
1.266-1.318	0.164	840	0.136	15124	X-RAY DIFFRACTION	99.9061
1.318-1.376	0.141	790	0.117	14522	X-RAY DIFFRACTION	99.9413
1.376-1.443	0.133	675	0.105	13987	X-RAY DIFFRACTION	99.8978
1.443-1.521	0.117	688	0.096	13195	X-RAY DIFFRACTION	99.7414
1.521-1.614	0.116	700	0.088	12483	X-RAY DIFFRACTION	99.7805
1.614-1.725	0.119	635	0.088	11791	X-RAY DIFFRACTION	99.8152
1.725-1.863	0.112	614	0.089	10980	X-RAY DIFFRACTION	99.699
1.863-2.041	0.112	519	0.099	10124	X-RAY DIFFRACTION	99.4115
2.041-2.282	0.122	440	0.104	9193	X-RAY DIFFRACTION	99.2377
2.282-2.634	0.119	433	0.103	8094	X-RAY DIFFRACTION	99.0245
2.634-3.226	0.144	362	0.125	6886	X-RAY DIFFRACTION	98.8274
3.226-4.559	0.134	295	0.127	5405	X-RAY DIFFRACTION	98.8554
4.559-45.378	0.216	159	0.18	3112	X-RAY DIFFRACTION	98.7025

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