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- PDB-6tic: Structure of A. niger Fdc I327S variant in complex with benzothio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tic
タイトルStructure of A. niger Fdc I327S variant in complex with benzothiophene 2 carboxylic acid
要素Ferulic acid decarboxylase 1
キーワードLIGASE / (de)carboxylase / UbiD / aromatic acid / prFMN
機能・相同性
機能・相同性情報


phenacrylate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
UbiD-like decarboxylase/ferulic acid decarboxylase 1 / : / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain
類似検索 - ドメイン・相同性
hydroxylated prenyl-FMN / : / : / benzothiophene 2 carboxylic acid / Ferulic acid decarboxylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.281 Å
データ登録者Leys, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K017802 英国
European Research Councilpre-FAB 695013 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Enzymatic C-H activation of aromatic compounds through CO 2 fixation.
著者: Aleku, G.A. / Saaret, A. / Bradshaw-Allen, R.T. / Derrington, S.R. / Titchiner, G.R. / Gostimskaya, I. / Gahloth, D. / Parker, D.A. / Hay, S. / Leys, D.
履歴
登録2019年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1646
ポリマ－56,3101
非ポリマー8545
水9,926551
1
AAA: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子

AAA: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,32712
ポリマ－112,6202
非ポリマー1,70810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area8370 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area32830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.571, 63.357, 87.594
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-907-

HOH

21AAA-1079-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Ferulic acid decarboxylase 1 / Phenacrylate decarboxylase


分子量: 56309.867 Da / 分子数: 1 / 変異: I327S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 遺伝子: FDC1, ATCC64974_75990, CAN33_0036860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3F3RNU4, phenacrylate decarboxylase

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非ポリマー , 5種, 556分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-BYN / hydroxylated prenyl-FMN


分子量: 542.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H31N4O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ND8 / benzothiophene 2 carboxylic acid / ベンゾ[b]チオフェン-2-カルボン酸


分子量: 178.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, Bis-Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.916 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→87.594 Å / Num. obs: 107134 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.28→1.37 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 797 / CC1/2: 0.6 / Rrim(I) all: 1.116 / % possible all: 57.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4ZAA

4zaa


解像度: 1.281→87.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.386 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 5237 4.888 %
Rwork0.1592 --
all0.162 --
obs-107134 78.173 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.239 Å20 Å20 Å2
2---0.616 Å20 Å2
3---0.856 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.281→87.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3850 0 52 551 4453
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0134322
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0173911
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0611.665934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6051.5839130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1795567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.82122.376202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.94715701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2491524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.024996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02886
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2620.2990
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2060.23781
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.22077
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.21756
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.10.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2010.223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2190.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.160.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1271.6192176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.081.622176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6942.4432773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7022.4462774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9691.8652146
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9681.8652147
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3112.713161
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.312.713161
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.9520.8395236
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.75120.0695105
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.21938233
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.281-1.3140.247370.277970.269100570.8970.8868.29270.267
1.314-1.350.3491240.29525820.29798410.7930.81327.49720.292
1.35-1.3890.3142370.27843270.2894620.8150.82148.2350.275
1.389-1.4320.3122610.25954160.26192270.7860.81661.5260.252
1.432-1.4790.2873360.22761680.23189860.8320.86372.37930.218
1.479-1.5310.2513450.19466630.19786630.8770.90880.89580.179
1.531-1.5880.2414110.18171970.18484260.8910.91290.2920.163
1.588-1.6530.2473990.16375170.16780330.9040.93498.54350.143
1.653-1.7270.2333580.15674140.1677720.9050.9361000.135
1.727-1.8110.243680.14970680.15374360.9170.9421000.13
1.811-1.9090.2313180.14567520.14970700.9170.9481000.132
1.909-2.0240.2223200.15163710.15566920.9180.94899.98510.14
2.024-2.1640.213210.15359990.15663250.9350.95399.92090.147
2.164-2.3370.1913030.13355840.13658880.950.96499.9830.131
2.337-2.560.2032300.13852050.14154360.9450.9699.98160.141
2.56-2.8620.1982400.13946880.14249310.9450.9699.93920.146
2.862-3.3050.1841990.15241850.15343870.9530.96299.93160.165
3.305-4.0460.1751760.14335560.14437490.9620.96999.54650.163
4.046-5.7150.1651580.1527850.15129450.9750.9899.93210.176
5.715-87.5940.22960.22616220.22517210.9670.96199.82570.259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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