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- PDB-6ti2: Structure of the Ustilago maydis chorismate mutase 1 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ti2
タイトルStructure of the Ustilago maydis chorismate mutase 1 in complex with KWL1-b from Zea mays
要素
  • Chromosome 16, whole genome shotgun sequence
  • Ripening-related protein 3
キーワードCELL INVASION / kiwellin / chorismate mutase / smut / infection
機能・相同性
機能・相同性情報


effector-mediated suppression of host salicylic acid-mediated innate immune signaling / host apoplast / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / host cell cytosol / aromatic amino acid family biosynthetic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Kiwellin-like / Chorismate mutase, AroQ class superfamily, eukaryotic / Chorismate mutase type II superfamily / RlpA-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Secreted chorismate mutase / Ripening-related protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Ustilago maydis 521 (菌類)
Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Altegoer, F. / Bange, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The two paralogous kiwellin proteins KWL1 and KWL1-b from maize are structurally related and have overlapping functions in plant defense.
著者: Altegoer, F. / Weiland, P. / Giammarinaro, P.I. / Freibert, S.A. / Binnebesel, L. / Han, X. / Lepak, A. / Kahmann, R. / Lechner, M. / Bange, G.
履歴
登録2019年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Chromosome 16, whole genome shotgun sequence
C: Chromosome 16, whole genome shotgun sequence
E: Ripening-related protein 3
A: Ripening-related protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6444
ポリマ－104,6444
非ポリマー00
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9370 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area38000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.740, 124.580, 98.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.216, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Chromosome 16, whole genome shotgun sequence


分子量: 31060.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ustilago maydis 521 (菌類) / 遺伝子: UMAG_05731 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D1DWQ2, chorismate mutase
#2: タンパク質 Ripening-related protein 3


分子量: 21261.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: 103642133, ZEAMMB73_Zm00001d026470 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K7U7F7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.35 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 8 % (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07252 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07252 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→48.82 Å / Num. obs: 35373 / % possible obs: 98.38 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 74.77 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 8.31
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.705 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 3546 / CC1/2: 0.615

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Coot0.89.2モデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FPG

6fpg


解像度: 2.75→47.99 Å / SU ML: 0.4873 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.0755
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2632 1768 5 %
Rwork0.2236 --
obs0.2256 35351 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 73.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→47.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6594 0 0 19 6613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00626734
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.979160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05071030
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00631218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5925912
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.820.47811360.39762580X-RAY DIFFRACTION99.85
2.82-2.910.43711380.32852621X-RAY DIFFRACTION99.6
2.91-30.36661360.29792592X-RAY DIFFRACTION99.78
3-3.110.32751380.26982617X-RAY DIFFRACTION99.53
3.11-3.230.33471370.25912596X-RAY DIFFRACTION99.24
3.23-3.380.34151370.27342605X-RAY DIFFRACTION98.92
3.38-3.560.31061340.26462549X-RAY DIFFRACTION98.46
3.56-3.780.29861360.23442573X-RAY DIFFRACTION97.55
3.78-4.070.27661330.22312527X-RAY DIFFRACTION96.83
4.07-4.480.20221350.19872578X-RAY DIFFRACTION97.38
4.48-5.130.23751360.19142576X-RAY DIFFRACTION97.8
5.13-6.460.24111350.21362572X-RAY DIFFRACTION97.62
6.46-48.820.18811370.17672597X-RAY DIFFRACTION96.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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