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- PDB-6thz: IRAK4 IN COMPLEX WITH inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6thz
タイトルIRAK4 IN COMPLEX WITH inhibitor
要素Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / IRAK4 / kinase / inhibitor / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extrinsic component of plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / JNK cascade / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / kinase activity / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / endosome membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / cell surface / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NB5 / Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Xue, Y. / Aagaard, A. / Degorce, S.L.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Improving metabolic stability and removing aldehyde oxidase liability in a 5-azaquinazoline series of IRAK4 inhibitors.
著者: Degorce, S.L. / Aagaard, A. / Anjum, R. / Cumming, I.A. / Diene, C.R. / Fallan, C. / Johnson, T. / Leuchowius, K.J. / Orton, A.L. / Pearson, S. / Robb, G.R. / Rosen, A. / Scarfe, G.B. / ...著者: Degorce, S.L. / Aagaard, A. / Anjum, R. / Cumming, I.A. / Diene, C.R. / Fallan, C. / Johnson, T. / Leuchowius, K.J. / Orton, A.L. / Pearson, S. / Robb, G.R. / Rosen, A. / Scarfe, G.B. / Scott, J.S. / Smith, J.M. / Steward, O.R. / Terstiege, I. / Tucker, M.J. / Turner, P. / Wilkinson, S.D. / Wrigley, G.L. / Xue, Y.
履歴
登録2019年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2734
ポリマ－69,2702
非ポリマー1,0032
水1,910106
1
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1372
ポリマ－34,6351
非ポリマー5021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1372
ポリマ－34,6351
非ポリマー5021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.930, 108.570, 142.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64


分子量: 34635.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-NB5 / 7-fluoranyl-~{N}-[1-(2-methyl-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl)pyrazol-4-yl]-4-(1-methylcyclopropyl)oxy-6-(2-methylpyrimidin-5-yl)pyrido[3,2-d]pyrimidin-2-amine


分子量: 501.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28FN9O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% PEG8K, 0.2 M NaAc 0.1 M Mes pH 6.4 Protein Buffer: 25 mM HEPES pH 7.5, 1 mM EDTA, 1 mM TCEP, 5% Glycerol, 150 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→67.76 Å / Num. obs: 37360 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 52.83 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 17.4 / Num. measured all: 178649 / Scaling rejects: 2
反射 シェル解像度: 2.14→2.39 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 2.348 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. measured all: 26248 / Num. unique obs: 3872 / CC1/2: 0.431 / Rpim(I) all: 0.965 / Rrim(I) all: 2.541 / Net I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.2データスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal starting model

解像度: 2.38→43.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU R Cruickshank DPI: 0.392 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.393 / SU Rfree Blow DPI: 0.264 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.266
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1370 5.06 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.233 27052 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 221.76 Å2 / Biso mean: 78.36 Å2 / Biso min: 22.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2737 Å20 Å20 Å2
2---17.6073 Å20 Å2
3---20.881 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→43.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4362 0 74 106 4542
Biso mean--49.7 60.87 -
残基数----550
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1596SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes774HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4518HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion580SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5137SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4518HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6109HARMONIC21.23
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.33
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2752 28 5.17 %
Rwork0.2476 514 -
all0.2491 542 -
obs--99.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8542-0.2571-1.11281.40470.85394.6189-0.0423-0.167-0.17910.07660.1573-0.24150.54420.5177-0.115-0.10870.1194-0.036-0.1256-0.0281-0.1648-16.0645-29.5016-17.1448
22.2906-0.5741-1.29841.69520.14413.84570.36280.1975-0.2299-0.1053-0.18140.2701-0.2315-0.2861-0.1814-0.0328-0.0595-0.0318-0.0597-0.0699-0.2268-55.408-25.5468-15.3142
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A165 - 458
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B164 - 458

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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