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- PDB-6thv: X-ray structure of the Danio rerio histone deacetylase 6 (HDAC6; ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6thv
タイトルX-ray structure of the Danio rerio histone deacetylase 6 (HDAC6; catalytic domain 2) in complex with Tubastatin A
要素Histone deacetylase 6
キーワードHYDROLASE / histone deacetylase 6 / Tubastatin A
機能・相同性
機能・相同性情報


Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression ...Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression / angiogenesis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily ...Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-N9W / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIOCYANATE ION / Histone deacetylase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Barinka, C. / Motlova, L. / Svoboda, M.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Structural and in Vivo Characterization of Tubastatin A, a Widely Used Histone Deacetylase 6 Inhibitor.
著者: Shen, S. / Svoboda, M. / Zhang, G. / Cavasin, M.A. / Motlova, L. / McKinsey, T.A. / Eubanks, J.H. / Barinka, C. / Kozikowski, A.P.
履歴
登録2019年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,98514
ポリマ－39,8991
非ポリマー1,08613
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.278, 93.713, 51.574
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-808-

SCN

21A-808-

SCN

31A-808-

SCN

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Histone deacetylase 6


分子量: 39899.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8W4B7

-
非ポリマー , 9種, 382分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-N9W / 4-[(2-methyl-3,4-dihydro-1~{H}-pyrido[4,3-b]indol-5-yl)methyl]-~{N}-oxidanyl-benzamide / N-ヒドロキシ-4-[(2-メチル-1,2,3,4-テトラヒドロ-5H-ピリド[4,3-b]インド-ル-5-イル)メチ(以下略)


分子量: 335.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 0.2 M KSCN, 20 % PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, pH5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→46.9 Å / Num. obs: 166560 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 17.45
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / Num. unique obs: 26336 / CC1/2: 0.864

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5EEK

5eek


解像度: 1.1→46.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.027
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1688 2101 1.3 %RANDOM
Rwork0.1599 ---
obs0.1601 164453 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.99 Å2 / Biso mean: 12.911 Å2 / Biso min: 6.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å2-0 Å2
2--0.94 Å2-0 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.1→46.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2764 0 74 381 3219
Biso mean--45.5 29.37 -
残基数----353
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0153130
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6271.7674253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.6331.7536392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0275402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.57419.392148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.96115465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3811527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1291.0051543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0010.9961540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4661.5021958
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.125 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 149 -
Rwork0.301 11680 -
obs--96.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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