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- PDB-6thj: CBDP35 Native structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6thj
タイトルCBDP35 Native structure
要素PlyP35
キーワードHYDROLASE
機能・相同性PSA endolysin, cell wall binding domain / PSA endolysin C-terminal cell wall binding domain / Peptidase M15C / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / peptidase activity / PlyP35
機能・相同性情報
生物種Listeria phage P35 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hermoso, J.A. / Bartual, S.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CBDP35 Native structure
著者: Hermoso, J.A. / Bartual, S.G.
履歴
登録2019年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PlyP35
B: PlyP35
C: PlyP35
D: PlyP35
E: PlyP35
F: PlyP35
G: PlyP35
H: PlyP35
I: PlyP35
J: PlyP35
K: PlyP35
L: PlyP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,73233
ポリマ－193,08612
非ポリマー4,64521
水23,2031288
1
A: PlyP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5333
ポリマ－16,0911
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PlyP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3122
ポリマ－16,0911
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PlyP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5333
ポリマ－16,0911
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PlyP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5333
ポリマ－16,0911
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: PlyP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5333
ポリマ－16,0911
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: PlyP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5333
ポリマ－16,0911
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: PlyP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5333
ポリマ－16,0911
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: PlyP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5333
ポリマ－16,0911
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: PlyP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5333
ポリマ－16,0911
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: PlyP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5333
ポリマ－16,0911
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: PlyP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3122
ポリマ－16,0911
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: PlyP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3122
ポリマ－16,0911
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)332.510, 94.590, 83.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11J-396-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
PlyP35


分子量: 16090.521 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria phage P35 (ファージ) / 遺伝子: ply / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8ATR6
#2: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.69 %
結晶化温度: 298.5 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 4M Sodium Formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→37.88 Å / Num. obs: 130198 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.996 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 6370 / CC1/2: 0.686 / % possible all: 99.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0257精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S3Y

6s3y


解像度: 2.2→37.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 7.019 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 6428 4.9 %RANDOM
Rwork0.1962 ---
obs0.1983 123766 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 106.22 Å2 / Biso mean: 31.326 Å2 / Biso min: 10.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.91 Å20 Å21.03 Å2
2--1.5 Å20 Å2
3---1.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→37.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13570 0 315 1288 15173
Biso mean--42.54 35.96 -
残基数----1662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01314297
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01713082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.67419225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2631.62230429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.33951654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.51322.197710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.759152514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7341560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023240
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 474 -
Rwork0.298 9080 -
all-9554 -
obs--99.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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