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- PDB-6the: Crystal structure of core domain of four-domain heme-cupredoxin-C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6the
タイトルCrystal structure of core domain of four-domain heme-cupredoxin-Cu nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS 375
要素Copper-containing nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Four domain Nir / Copper-heme containing nitrite reductase / Bradyrhizobium sp. ORS 375 / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / electron transfer activity / copper ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Cytochrome c, class IA/ IB / Nitrite reductase, copper-type / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cytochrome c / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins ...Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Cytochrome c, class IA/ IB / Nitrite reductase, copper-type / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cytochrome c / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
pentane-1,5-diol / COPPER (II) ION / ERBIUM (III) ION / TERBIUM(III) ION / YTTERBIUM (III) ION / YTTRIUM (III) ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium sp. ORS 375 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Sasaki, D. / Watanabe, T.F. / Eady, R.R. / Garratt, R.C. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N013972/1 英国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Reverse protein engineering of a novel 4-domain copper nitrite reductase reveals functional regulation by protein-protein interaction.
著者: Sasaki, D. / Watanabe, T.F. / Eady, R.R. / Garratt, R.C. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2019年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,61921
ポリマ－34,2031
非ポリマー2,41620
水99155
1
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,85863
ポリマ－102,6083
非ポリマー7,24960
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area15280 Å2
ΔGint-282 kcal/mol
Surface area29180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.141, 125.141, 125.141
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-509-

ER3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Copper-containing nitrite reductase


分子量: 34202.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Synthetic variant of four-domain Cu-containing nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS 375 where both cytochrome and cupredoxin domains are truncated.
由来: (組換発現) Bradyrhizobium sp. ORS 375 (根粒菌)
遺伝子: BRAO375_2740002 / プラスミド: pET-26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H0SHH5, nitrite reductase (NO-forming)

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非ポリマー , 8種, 75分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION


分子量: 173.040 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#4: 化合物
ChemComp-ER3 / ERBIUM (III) ION / エルビウムトリカチオン


分子量: 167.259 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Er
#5: 化合物 ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#6: 化合物 ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物
ChemComp-9JE / pentane-1,5-diol / 1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 104.148 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 % / 解説: triangular pyramid
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% (w/v) PEG 8,000, 20% (v/v) 1,5-pentanediol, 0.1 M MOPSO/Bis-Tris pH6.5, 0.005 M Yttrium (III) chloride hexahydrate, 0.005 M Erbium (III) chloride hexahydrate, 0.005 M Terbium (III) ...詳細: 10% (w/v) PEG 8,000, 20% (v/v) 1,5-pentanediol, 0.1 M MOPSO/Bis-Tris pH6.5, 0.005 M Yttrium (III) chloride hexahydrate, 0.005 M Erbium (III) chloride hexahydrate, 0.005 M Terbium (III) chloride hexahydrate, 0.005 M Ytterbium (III) chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→39.57 Å / Num. obs: 7073 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / CC1/2: 0.939 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rpim(I) all: 0.163 / Rrim(I) all: 0.275 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル解像度: 2.87→3.03 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 958 / CC1/2: 0.738 / Rpim(I) all: 0.362 / Rrim(I) all: 0.607 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia20.5.769データスケーリング
DIALS1.12.5データスケーリング
Aimless0.7.3データスケーリング
MOLREP11.6.04位相決定
Coot0.8.9.1モデル構築
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DV6

2dv6


解像度: 2.87→39.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 17.321 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.416
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2344 330 4.7 %RANDOM
Rwork0.2253 ---
obs0.2257 6726 92.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 58.37 Å2 / Biso mean: 23.882 Å2 / Biso min: 1.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.87→39.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2250 0 62 55 2367
Biso mean--32.79 17.96 -
残基数----299
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0122355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6531.6363191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.875298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.34122.667105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.66315341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.4311510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021806
LS精密化 シェル解像度: 2.871→2.945 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 24 -
Rwork0.273 459 -
all-483 -
obs--87.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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