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万見
- PDB-6th5: Crystal structure of mature wildtype primitive Phytochelatin synt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6th5
タイトルCrystal structure of mature wildtype primitive Phytochelatin synthase from Nostoc spec. - Alr0975
要素Alr0975 protein
キーワードTRANSFERASE / Phytochelatin / heavy-metal detoxification / glutathione / gamma-glutamyl cysteine
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione gamma-glutamylcysteinyltransferase / glutathione gamma-glutamylcysteinyltransferase activity / phytochelatin biosynthetic process / response to metal ion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phytochelatin synthase, N-terminal catalytic domain / Phytochelatin synthase, N-terminal domain superfamily / Phytochelatin synthase / Phytochelatin synthase / Phytochelatin synthase (PCS) domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
glutathione gamma-glutamylcysteinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Feiler, C.G. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mature wildtype primitive Phytochelatin synthase from Nostoc spec. - Alr0975
著者: Feiler, C.G. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2019年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alr0975 protein
B: Alr0975 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4887
ポリマ－49,2882
非ポリマー2005
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area16830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.356, 46.670, 68.583
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.258, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Alr0975 protein / Primitive phytochelatin synthase


分子量: 24643.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
遺伝子: alr0975, alr0975 / プラスミド: p10$ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YY76
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 16% PEG 8000, 0.1 M MES pH 5.5, 0.2 M calcium acetate
PH範囲: 5-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月15日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→34.26 Å / Num. obs: 26211 / % possible obs: 97.38 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 20.61 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.0975 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 6.59
反射 シェル解像度: 1.99→2.061 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 4465 / CC1/2: 0.845 / Rpim(I) all: 0.57 / Rrim(I) all: 0.879 / % possible all: 98.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BTW

2btw


解像度: 1.99→34.26 Å / SU ML: 0.2406 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.1224
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 1300 4.96 %
Rwork0.1993 --
obs0.2013 26210 97.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→34.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3376 0 5 317 3698
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00553472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55434713
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0445534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.3563473
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.070.31291370.28212787X-RAY DIFFRACTION98.38
2.07-2.160.32871470.26722736X-RAY DIFFRACTION98.3
2.16-2.280.31131570.24312788X-RAY DIFFRACTION98.17
2.28-2.420.26861460.23512752X-RAY DIFFRACTION98.04
2.42-2.610.26481210.22842784X-RAY DIFFRACTION97.98
2.61-2.870.28351550.22152760X-RAY DIFFRACTION97.59
2.87-3.280.22031500.18782778X-RAY DIFFRACTION97.83
3.28-4.140.18391440.15312755X-RAY DIFFRACTION96.15
4.14-34.260.18981430.16052771X-RAY DIFFRACTION94.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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