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- PDB-6tgv: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaBC in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tgv
タイトルCrystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaBC in complex with CTP and FMN
要素Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
キーワードLIGASE / CoaBC / bifunctional Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate-cysteine ligase / phosphopantothenate-cysteine ligase / Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenoylcysteine synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate catabolic process / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CoaB-like / Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein, C-terminal / CoaB-like superfamily / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein C-terminal domain / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Rossmann fold ...CoaB-like / Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein, C-terminal / CoaB-like superfamily / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein C-terminal domain / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mendes, V. / Blaszczyk, M. / Bryant, O. / Cory-Wright, J. / Blundell, T.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Inhibiting Mycobacterium tuberculosis CoaBC by targeting an allosteric site.
著者: Mendes, V. / Green, S.R. / Evans, J.C. / Hess, J. / Blaszczyk, M. / Spry, C. / Bryant, O. / Cory-Wright, J. / Chan, D.S. / Torres, P.H.M. / Wang, Z. / Nahiyaan, N. / O'Neill, S. / Damerow, S. ...著者: Mendes, V. / Green, S.R. / Evans, J.C. / Hess, J. / Blaszczyk, M. / Spry, C. / Bryant, O. / Cory-Wright, J. / Chan, D.S. / Torres, P.H.M. / Wang, Z. / Nahiyaan, N. / O'Neill, S. / Damerow, S. / Post, J. / Bayliss, T. / Lynch, S.L. / Coyne, A.G. / Ray, P.C. / Abell, C. / Rhee, K.Y. / Boshoff, H.I.M. / Barry, C.E. / Mizrahi, V. / Wyatt, P.G. / Blundell, T.L.
履歴
登録2019年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月30日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
B: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
C: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
D: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,39020
ポリマ－173,1734
非ポリマー4,21716
水52229
1
A: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
B: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
C: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
D: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
ヘテロ分子

A: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
B: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
C: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
D: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
ヘテロ分子

A: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
B: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
C: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
D: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)532,16960
ポリマ－519,51912
非ポリマー12,65048
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area61850 Å2
ΔGint-255 kcal/mol
Surface area167680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.132, 195.132, 373.725
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein / Phosphopantothenoylcysteine synthetase/decarboxylase / ...DNA/pantothenate metabolism flavoprotein / Phosphopantothenoylcysteine synthetase/decarboxylase / PPCS-PPCDC / Phosphopantothenate-cysteine ligase/phosphopantothenoylcysteine decarboxylase


分子量: 43293.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: coaBC, MSMEG_3054, MSMEI_2978 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0QWT2, phosphopantothenoylcysteine decarboxylase, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP)

-
非ポリマー , 5種, 45分子

#2: 化合物
ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M BisTris pH 6.5 (5.5-6.5) 0.8 M 1,6-haxanediol (0.7-1.2M) 10 mM Cobalt chloride 10 mM Magnesium chloride 3 mM CTP
PH範囲: 5.5-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.499→81.8 Å / Num. obs: 94420 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.5612.13.1248339669050.4350.9483.2691.2100
11.18-81.813.60.0451500711020.9990.0130.04740.296

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→62.669 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2453 4757 5.04 %
Rwork0.2037 --
obs0.2058 94325 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 226.74 Å2 / Biso mean: 109.3468 Å2 / Biso min: 44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→62.669 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10530 0 238 29 10797
Biso mean--140.48 65.39 -
残基数----1517
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.52740.35921420.3293287997
2.5274-2.55720.34771410.32192981100
2.5572-2.58830.32991610.30112945100
2.5883-2.62110.34571700.29762973100
2.6211-2.65560.29881400.27242974100
2.6556-2.6920.29211470.25852956100
2.692-2.73040.32421540.26282955100
2.7304-2.77120.29361520.26262996100
2.7712-2.81450.33271660.25862960100
2.8145-2.86060.29831730.24572956100
2.8606-2.910.28461540.24572972100
2.91-2.96290.25921610.25742976100
2.9629-3.01990.28471470.22912977100
3.0199-3.08150.25871470.23792979100
3.0815-3.14850.25621560.23832994100
3.1485-3.22170.27751700.24342955100
3.2217-3.30230.2871650.24942978100
3.3023-3.39160.29331540.23922974100
3.3916-3.49140.28141460.22283006100
3.4914-3.60410.30471510.22913009100
3.6041-3.73290.20741680.19772980100
3.7329-3.88230.22281670.19592967100
3.8823-4.0590.24291630.19112993100
4.059-4.27290.23121800.17692985100
4.2729-4.54060.18751710.15483012100
4.5406-4.8910.18941560.15633005100
4.891-5.3830.20741640.18713020100
5.383-6.16130.27531480.21463041100
6.1613-7.76030.24861720.20633063100
7.7603-62.6690.24361710.1851310798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50410.31930.40753.75740.47394.0484-0.0118-0.2258-0.19810.5437-0.07590.08590.2772-0.032-0.03050.66820.01840.05670.55950.09030.4811.3462-18.443995.8157
21.2209-1.3779-0.60221.35970.23180.988-0.1049-0.4222-0.26290.52730.0349-0.31.08260.2602-0.02161.89440.1598-0.11351.22850.38130.948914.5161-38.524117.74
32.37140.05380.41961.89810.7892.7940.0113-0.0727-0.27140.0536-0.0607-0.26340.25740.35870.03660.61340.11030.05120.52640.09260.624920.4322-27.893971.9211
41.2139-0.6756-0.13412.4036-0.67183.4301-0.299-0.345-0.53870.72110.0439-0.63521.05140.4162-0.10461.49680.31880.03910.82580.31191.407127.2515-55.746386.9167
53.2761-0.3636-0.27882.34530.29992.97290.01770.2637-0.0725-0.3728-0.1660.3240.024-0.24550.13160.51980.0116-0.10710.5964-0.14240.511-24.6215-9.549242.3367
61.60270.11390.86592.62970.48261.78930.13170.5282-0.6764-0.4309-0.00940.46610.3891-0.4082-0.02231.0308-0.1285-0.36141.2646-0.36991.2681-44.6838-30.795227.155
75.6035-0.9683-0.39765.3464-0.99043.81780.0239-0.5383-0.2440.2036-0.01780.5352-0.0098-0.2556-0.01340.5609-0.00750.04270.6342-0.05520.6326-11.4726-26.872358.3856
84.14530.88040.77183.06330.12440.42320.2712-0.3208-0.37140.2569-0.1076-0.42350.37230.00570.01960.64630.01890.05310.5439-0.01690.68160.0046-31.669858.8322
92.77010.6156-0.18952.5992-0.62171.77010.01270.2909-0.5518-0.4918-0.04280.07970.60770.05480.01070.9327-0.00720.0560.5662-0.18690.8296-1.947-38.036845.6231
100.8553-0.11490.74341.11460.541.14180.27660.4377-0.4904-0.9157-0.37490.55920.4352-0.36630.07751.60260.039-0.2361.0287-0.3751.3015-18.8041-49.611126.9356
111.05520.61391.67532.47790.41892.90850.34240.408-0.9353-0.0312-0.04680.35821.450.4612-0.34591.75060.0503-0.2120.8213-0.3721.4828-11.5357-61.024838.8837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 190 )A2 - 190
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 191 through 412 )A191 - 412
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 3 through 190 )B3 - 190
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 191 through 412 )B191 - 412
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 2 through 190 )C2 - 190
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 191 through 412 )C191 - 412
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 2 through 70 )D2 - 70
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 71 through 110 )D71 - 110
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 111 through 190 )D111 - 190
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 191 through 319 )D191 - 319
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 320 through 413 )D320 - 413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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