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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tgd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NDM-1 in complex with triazole-based inhibitor OP31 | ||||||
要素 | Metallo-beta-lactamase NDM-1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / New Delhi metallo-beta-lactamase | ||||||
機能・相同性 | Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Chem-N8Q / Metallo-beta-lactamase NDM-1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å | ||||||
データ登録者 | Maso, L. / Spirakis, F. / Santucci, M. / Simon, C. / Docquier, J.D. / Cruciani, G. / Costi, M.P. / Tondi, D. / Cendron, L. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020 タイトル: Virtual screening identifies broad-spectrum beta-lactamase inhibitors with activity on clinically relevant serine- and metallo-carbapenemases. 著者: Spyrakis, F. / Santucci, M. / Maso, L. / Cross, S. / Gianquinto, E. / Sannio, F. / Verdirosa, F. / De Luca, F. / Docquier, J.D. / Cendron, L. / Tondi, D. / Venturelli, A. / Cruciani, G. / Costi, M.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tgd.cif.gz | 161 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tgd.ent.gz | 119.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tgd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tgd_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tgd_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6tgd_validation.xml.gz | 22.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tgd_validation.cif.gz | 33 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tgd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25474.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: not visible in the electron density / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M4JT39 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.3 M MgCl2 exahydrate; 0.3 M CaCl2 dihydrate; 25% w/v PEG 3350; 25% w/v MPD; 20% v/v PEG 1000; 0.1 M MES/IMIDAZOLE pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.001 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.33→42.42 Å / Num. obs: 89075 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.33→1.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 8196 / CC1/2: 0.714 / % possible all: 93.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6IBV 解像度: 1.33→42.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.19 Å2 / Biso mean: 19.037 Å2 / Biso min: 8.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.33→42.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.332→1.367 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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