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万見
- PDB-6tg5: Solution structure of MacpD, a acyl carrier protein, from Pseudom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tg5
タイトルSolution structure of MacpD, a acyl carrier protein, from Pseudomonas fluorescens involved in Mupirocin biosynthesis.
要素MacpD
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Mupirocin / acyl carrier protein / Acyl Starter units / Thiomarinol / Biosynthesis / Pseudomonas fluorescens
機能・相同性Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / MacpD
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Williams, C. / Crump, M.P.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/R007853/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L01386X/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/L015366/1 英国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: A Priming Cassette Generates Hydroxylated Acyl Starter Units in Mupirocin and Thiomarinol Biosynthesis.
著者: Walker, P.D. / Rowe, M.T. / Winter, A.J. / Weir, A.N.M. / Akter, N. / Wang, L. / Race, P.R. / Williams, C. / Song, Z. / Simpson, T.J. / Willis, C.L. / Crump, M.P.
履歴
登録2019年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MacpD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9371
ポリマ－14,9371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7790 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 250structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 MacpD


分子量: 14936.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-33 are vector derived Cysteine 80 has been mutated to a alanine for structural studies
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: macpD / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RL52

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
123isotropic12D 1H-1H NOESY
132isotropic13D HNCO
142isotropic13D HNCA
1152isotropic13D HN(CO)CA
152isotropic13D C(CO)NH
1102isotropic13D CBCA(CO)NH
192isotropic13D HN(CA)CB
182isotropic13D (H)CCH-TOCSY
172isotropic23D (H)CCH-TOCSY
162isotropic13D 1H-13C NOESY
1122isotropic23D 1H-13C NOESY
1111isotropic13D 1H-15N NOESY
1141isotropic13D 1H-15N TOCSY
1132isotropic23D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-99% 15N] MacpD, acyl carrier protein, 0.1 mM sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] MacpD, acyl carrier protein, 50 mM sodium phosphate, 0.1 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O15N/13C sample90% H2O/10% D2O
solution31 mM MacpD, acyl carrier protein, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2Ounlabelled sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMMacpD, acyl carrier protein[U-99% 15N]1
0.1 mMsodium azidenatural abundance1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
1 mMMacpD, acyl carrier protein[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
0.1 mMsodium azidenatural abundance2
1 mMMacpD, acyl carrier proteinnatural abundance3
50 mMsodium phosphatenatural abundance3
試料状態詳細: 50mM sodium phosphate / イオン強度: 50 mM / Ionic strength err: 0.2 / Label: buffer / pH: 6.7 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Agilent VNMRSAgilentVNMRS6001cryoprobe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III70021.7mm micro-cryoprobe

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
VNMR4variancollection
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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