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- PDB-6tfr: Linalool Dehydratase Isomerase C180A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tfr
タイトルLinalool Dehydratase Isomerase C180A mutant
要素Linalool dehydratase-isomerase protein LDI
キーワードLYASE / Alkene / Alkenol / Hydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


linalool dehydratase / geraniol isomerase / monoterpene catabolic process / intramolecular hydroxytransferase activity / monoterpenoid metabolic process / hydro-lyase activity / : / protein tetramerization / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Linalool dehydratase/isomerase / Linalool dehydratase/isomerase
類似検索 - ドメイン・相同性
Linalool dehydratase/isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Castellaniella defragrans 65Phen (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Cuetos, A. / Zukic, E. / Danesh-Azari, H.R. / Grogan, G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P005578/1 英国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Mutational Analysis of Linalool Dehydratase Isomerase Suggests That Alcohol and Alkene Transformations Are Catalyzed Using Noncovalent Mechanisms
著者: Cuetos, A. / Iglesias-Fernandez, J. / Danesh-Azari, H.R. / Zukic, E. / Dowle, A. / Osuna, S. / Grogan, G.
履歴
登録2019年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI
B: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI
C: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI
D: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI
E: Linalool dehydratase-isomerase protein LDI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,78415
ポリマ－210,1645
非ポリマー62110
水37,4892081
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13690 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area61880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.440, 106.970, 123.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUAA3 - 3644 - 365
21GLUGLUBB3 - 3644 - 365
12GLUGLUAA3 - 3644 - 365
22GLUGLUCC3 - 3644 - 365
13GLUGLUAA3 - 3644 - 365
23GLUGLUDD3 - 3644 - 365
14LEULEUAA4 - 3645 - 365
24LEULEUEE4 - 3645 - 365
15ALAALABB2 - 3643 - 365
25ALAALACC2 - 3643 - 365
16GLUGLUBB3 - 3654 - 366
26GLUGLUDD3 - 3654 - 366
17LEULEUBB4 - 3655 - 366
27LEULEUEE4 - 3655 - 366
18GLUGLUCC3 - 3644 - 365
28GLUGLUDD3 - 3644 - 365
19LEULEUCC4 - 3645 - 365
29LEULEUEE4 - 3645 - 365
110LEULEUDD4 - 3655 - 366
210LEULEUEE4 - 3655 - 366

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

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要素

#1: タンパク質
Linalool dehydratase-isomerase protein LDI


分子量: 42032.734 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C180A mutant
由来: (組換発現) Castellaniella defragrans 65Phen (バクテリア)
遺伝子: BN940_14136 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8X534
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2081 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.02 M phosphate; 0.1 M bis-Tris propane pH 6.5; 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97627 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→55.32 Å / Num. obs: 371363 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 27532 / CC1/2: 0.55 / Rpim(I) all: 0.62

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G1U

5g1u


解像度: 1.45→55.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.084 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.057
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1756 18367 4.9 %RANDOM
Rwork0.1566 ---
obs0.1576 352946 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.06 Å2 / Biso mean: 18.756 Å2 / Biso min: 9.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20.21 Å2
2---0.54 Å2-0 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→55.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14480 0 40 2097 16617
Biso mean--28.23 32.95 -
残基数----1822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01315261
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01713775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0061.64420802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6091.5731858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.51251894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.2621.369833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.676152355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.07415106
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0217363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.023511
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A123830.08
12B123830.08
21A125060.06
22C125060.06
31A123430.07
32D123430.07
41A123700.07
42E123700.07
51B123950.07
52C123950.07
61B123500.08
62D123500.08
71B124290.07
72E124290.07
81C124030.07
82D124030.07
91C124080.07
92E124080.07
101D124380.07
102E124380.07
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 1313 -
Rwork0.343 26022 -
all-27335 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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