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- PDB-6tfd: Crystal structure of nitrite and NO bound three-domain copper-con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tfd
タイトルCrystal structure of nitrite and NO bound three-domain copper-containing nitrite reductase from Hyphomicrobium denitrificans strain 1NES1
要素Copper-containing nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Copper-containing nitrite reductase / Hyphomicrobium denitrificans strain 1NES1 / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


: / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Nitrite reductase, copper-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin ...Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Nitrite reductase, copper-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / NITRIC OXIDE / NITRITE ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Hyphomicrobium denitrificans 1NES1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Sasaki, D. / Watanabe, T.F. / Eady, R.R. / Garratt, R.C. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N013972/1 英国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Structures of substrate- and product-bound forms of a multi-domain copper nitrite reductase shed light on the role of domain tethering in protein complexes.
著者: Sasaki, D. / Watanabe, T.F. / Eady, R.R. / Garratt, R.C. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2019年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-containing nitrite reductase
B: Copper-containing nitrite reductase
C: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,84715
ポリマ－147,1533
非ポリマー69412
水11,512639
1
A: Copper-containing nitrite reductase
B: Copper-containing nitrite reductase
C: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
B: Copper-containing nitrite reductase
C: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,69330
ポリマ－294,3066
非ポリマー1,38824
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
Buried area33270 Å2
ΔGint-256 kcal/mol
Surface area80240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.722, 77.722, 758.201
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Copper-containing nitrite reductase


分子量: 49050.926 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hyphomicrobium denitrificans 1NES1 (バクテリア)
遺伝子: HYPDE_25578 / プラスミド: pET-26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: N0B9M5, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 % / 解説: Hexagonal
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 22.5% (v/v) PEG Smear Low, 0.1 M Sodium cacodylate pH5.3 0.2 M Ammonium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→126.37 Å / Num. obs: 81889 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 45.07 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 2.845 / Mean I/σ(I) obs: 0.855 / Num. unique obs: 3922 / CC1/2: 0.4256 / Rpim(I) all: 0.828 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCdata processing
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP11.6.04位相決定
Coot0.8.9.1モデル構築
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DV6

2dv6


解像度: 2.25→126.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 9.093 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.209
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2271 3336 5 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.1747 63709 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.29 Å2 / Biso mean: 50.816 Å2 / Biso min: 30.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å20.73 Å20 Å2
2--1.45 Å20 Å2
3----4.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→126.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9605 0 17 639 10261
Biso mean--52.34 52.6 -
残基数----1269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0139872
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6011.64513446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2451.5720879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.70551270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.49422.417480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.318151486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.751552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022046
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 246 -
Rwork0.337 4576 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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