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万見
- PDB-6tey: Solution Structure of the DNA-binding TubR fragment from Clostrid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tey
タイトルSolution Structure of the DNA-binding TubR fragment from Clostridium Botulinum
要素DNA-binding protein TubR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA segregation / partition systems / TubR / winged helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid partitioning / host cell cytoplasm / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein TubR
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum C phage (ファージ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics / molecular dynamics / distance geometry
データ登録者Valverde, P. / Canada, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Oliva, M.A.
資金援助 スペイン, 5件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessFPU14/06147 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessCTQ2015- 64597-C2 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessRTI2018-094751-B-C2 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2013-47014-P スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesRYC-2011-07900 スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of TubR protein fragment from Clostridium Botulinum's phage c-st
著者: Valverde, P. / Canada, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Oliva, M.A.
履歴
登録2019年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein TubR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4341
ポリマ－9,4341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, Also checked by 2D-DOSY NMR
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5800 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150target function
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein TubR / Centromere-binding protein / CBP


分子量: 9434.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum C phage (ファージ)
遺伝子: tubR, CST190 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q331T6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCO
121isotropic13D HN(CO)CA
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic23D H(CCO)NH
172isotropic22D 1H-1H NOESY
191isotropic12D 1H-15N HSQC
181isotropic22D 1H-13C HSQC
1101isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1111isotropic23D C(CO)NH
1121isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1131isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1142isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 225 uM [U-15N] TubR, 25 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM D-10 DTT, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
225 uMTubR[U-15N]2
25 mMpotassium phosphatenatural abundance2
50 mMpotassium chloridenatural abundance2
2 mMDTTD-102
試料状態イオン強度: 80.13 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.4 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.05 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001crioprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002PATXI probe

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
MolProbityRichardson精密化
MolProbityRichardsongeometry optimization
TopSpinBruker Biospin解析
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化
手法ソフトェア番号
torsion angle dynamics5
molecular dynamics9
distance geometry6
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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