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万見
- PDB-6tda: Structure of SWI/SNF chromatin remodeler RSC bound to a nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tda
タイトルStructure of SWI/SNF chromatin remodeler RSC bound to a nucleosome
要素
  • (Chromatin structure-remodeling complex protein ...) x 3
  • (Chromatin structure-remodeling complex subunit ...) x 4
  • Actin-like protein ARP9
  • Actin-related protein 7
  • DNA-I
  • DNA-J
  • High temperature lethal protein 1
  • Histone H2A
  • Histone H2B 1.1
  • Histone H3.2
  • Histone H4
  • Nuclear protein STH1/NPS1
  • Regulator of Ty1 transposition protein 102
  • Unknown protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Chromatin remodeler DNA binding Nucleosome binding ATPase Transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / chromatin remodeling at centromere / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / Platelet degranulation / DNA translocase activity / nucleosome disassembly / RSC-type complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity ...RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / chromatin remodeling at centromere / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / Platelet degranulation / DNA translocase activity / nucleosome disassembly / RSC-type complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / NuA4 histone acetyltransferase complex / rRNA transcription / chromosome, centromeric region / anatomical structure morphogenesis / ATP-dependent activity, acting on DNA / nucleosome binding / cytoskeleton organization / helicase activity / meiotic cell cycle / chromosome segregation / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / base-excision repair / chromatin DNA binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / structural constituent of chromatin / G2/M transition of mitotic cell cycle / nucleosome / double-strand break repair / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / DNA helicase / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / chromatin binding / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rsc8/Ssr1/Ssr2, zinc finger, ZZ-type / : / : / Chromatin-remodelling complex, RSC SWI/SNF subunit Rsc7/Swp82 / Chromatin remodelling complex Rsc7/Swp82 subunit / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / Transcription regulator protein Rtt102 / Rtt102p-like transcription regulator protein / RFX-type winged-helix DNA-binding domain profile. / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 ...Rsc8/Ssr1/Ssr2, zinc finger, ZZ-type / : / : / Chromatin-remodelling complex, RSC SWI/SNF subunit Rsc7/Swp82 / Chromatin remodelling complex Rsc7/Swp82 subunit / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / Transcription regulator protein Rtt102 / Rtt102p-like transcription regulator protein / RFX-type winged-helix DNA-binding domain profile. / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / SANT domain profile. / SANT domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Actin / Actin family / Actin / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Homeobox-like domain superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / ATPase, nucleotide binding domain / Histone-fold / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6 / Nuclear protein STH1/NPS1 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8 / Regulator of Ty1 transposition protein 102 ...DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6 / Nuclear protein STH1/NPS1 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8 / Regulator of Ty1 transposition protein 102 / Histone H4 / Histone H3.2 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9 / Actin-like protein ARP9 / Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC58 / Actin-related protein 7 / Histone H2A / High temperature lethal protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15 Å
データ登録者Wagner, F.R. / Dienemann, C. / Wang, H. / Stuetzer, A. / Tegunov, D. / Urlaub, H. / Cramer, P.
資金援助3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)
European Research Council (ERC)
Volkswagen Foundation
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure of SWI/SNF chromatin remodeller RSC bound to a nucleosome.
著者: Felix R Wagner / Christian Dienemann / Haibo Wang / Alexandra Stützer / Dimitry Tegunov / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: Chromatin-remodelling complexes of the SWI/SNF family function in the formation of nucleosome-depleted, transcriptionally active promoter regions (NDRs). In the yeast Saccharomyces cerevisiae, the ...Chromatin-remodelling complexes of the SWI/SNF family function in the formation of nucleosome-depleted, transcriptionally active promoter regions (NDRs). In the yeast Saccharomyces cerevisiae, the essential SWI/SNF complex RSC contains 16 subunits, including the ATP-dependent DNA translocase Sth1. RSC removes nucleosomes from promoter regions and positions the specialized +1 and -1 nucleosomes that flank NDRs. Here we present the cryo-electron microscopy structure of RSC in complex with a nucleosome substrate. The structure reveals that RSC forms five protein modules and suggests key features of the remodelling mechanism. The body module serves as a scaffold for the four flexible modules that we call DNA-interacting, ATPase, arm and actin-related protein (ARP) modules. The DNA-interacting module binds extra-nucleosomal DNA and is involved in the recognition of promoter DNA elements that influence RSC functionality. The ATPase and arm modules sandwich the nucleosome disc with the Snf2 ATP-coupling (SnAC) domain and the finger helix, respectively. The translocase motor of the ATPase module engages with the edge of the nucleosome at superhelical location +2. The mobile ARP module may modulate translocase-nucleosome interactions to regulate RSC activity. The RSC-nucleosome structure provides a basis for understanding NDR formation and the structure and function of human SWI/SNF complexes that are frequently mutated in cancer.
履歴
登録2019年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10465
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10465
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3.2
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B 1.1
E: Histone H3.2
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B 1.1
I: DNA-I
J: DNA-J
K: Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1
L: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8
M: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7
N: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9
O: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6
P: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC58
Q: High temperature lethal protein 1
R: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4
S: Nuclear protein STH1/NPS1
T: Actin-related protein 7
U: Actin-like protein ARP9
V: Regulator of Ty1 transposition protein 102
X: Unknown protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,054,12924
ポリマ－1,054,06423
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 10種, 14分子 AEBFCGDHQSTUVX

#1: タンパク質 Histone H3.2


分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799
#3: タンパク質 Histone H2A


分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: hist1h2aj, LOC494591 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8, UniProt: P06897*PLUS
#4: タンパク質 Histone H2B 1.1 / H2B1.1


分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281
#13: タンパク質 High temperature lethal protein 1 / Chromatin structure-remodeling complex protein HTL1


分子量: 9192.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q9URQ5
#15: タンパク質 Nuclear protein STH1/NPS1 / ATP-dependent helicase STH1 / Chromatin structure-remodeling complex protein STH1 / SNF2 homolog


分子量: 156982.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P32597, DNA helicase
#16: タンパク質 Actin-related protein 7 / Actin-like protein ARP7 / Chromatin structure-remodeling complex protein ARP7 / SWI/SNF complex component ARP7


分子量: 54613.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q12406
#17: タンパク質 Actin-like protein ARP9 / Chromatin structure-remodeling complex protein ARP9 / SWI/SNF complex component ARP9


分子量: 53366.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q05123
#18: タンパク質 Regulator of Ty1 transposition protein 102


分子量: 18005.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P53330
#19: タンパク質 Unknown protein


分子量: 32613.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA-I


分子量: 72876.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA-J


分子量: 73478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
Chromatin structure-remodeling complex subunit ... , 4種, 4分子 KMNR

#7: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1 / RSC complex subunit SFH1 / SNF5 homolog 1


分子量: 48833.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q06168
#9: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7 / Nuclear protein localization protein 6 / Remodel the structure of chromatin complex subunit 7


分子量: 49716.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P32832
#10: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9 / RSC complex subunit RSC9 / Remodel the structure of chromatin complex subunit 9


分子量: 65289.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q03124
#14: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4 / RSC complex subunit RSC4 / Remodel the structure of chromatin complex subunit 4


分子量: 72372.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q02206

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Chromatin structure-remodeling complex protein ... , 3種, 3分子 LOP

#8: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8 / Remodel the structure of chromatin complex subunit 8 / SWI3 homolog


分子量: 126489.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P43609
#11: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6 / Remodel the structure of chromatin complex subunit 6


分子量: 54222.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P25632
#12: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex protein RSC58 / Remodel the structure of chromatin complex subunit 58


分子量: 57871.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q07979

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非ポリマー , 1種, 1分子

#20: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Chromatin remodelling complex RSC ('remodels the structure of chromatin') bound to a nucleosomeCOMPLEX#1-#190MULTIPLE SOURCES
2RSC coreCOMPLEX#7-#191NATURALComposite map 8 made by Warp using the maps 4, 5, 6.
3ATPase domain of Sth1 bound to the nucleosomeCOMPLEX#1-#41RECOMBINANTComposite map 7 made by Warp using the maps 2, 3.
4DNACOMPLEX#5-#61RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)559292
23Xenopus laevis (アフリカツメガエル)8355
34synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Escherichia coli (大腸菌)562
24synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 45.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 15 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 372442 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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