PDB-6tcx: Papain bound to a natural cysteine protease inhibitor from Strept...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tcx

タイトル

Papain bound to a natural cysteine protease inhibitor from Streptomyces mobaraensis

要素

Papain

キーワード

HYDROLASE / Peptide Inhibitor / Cysteine Protease / Papain / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

papain / serpin family protein binding / cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Carica papaya (パパイア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Kraemer, A. / Juettner, N.E. / Fuchsbauer, H.-L. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: J.Nat.Prod. / 年: 2020
タイトル: Decoding the Papain Inhibitor from Streptomyces mobaraensis as Being Hydroxylated Chymostatin Derivatives: Purification, Structure Analysis, and Putative Biosynthetic Pathway.
著者: Juettner, N.E. / Bogen, J.P. / Bauer, T.A. / Knapp, S. / Pfeifer, F. / Huettenhain, S.H. / Meusinger, R. / Kraemer, A. / Fuchsbauer, H.L.

履歴

登録	2019年11月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tcx.cif.gz	62.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tcx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tcx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tcx_validation.pdf.gz	765.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tcx_full_validation.pdf.gz	766.2 KB	表示
XML形式データ	6tcx_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	6tcx_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/6tcx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/6tcx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9papS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5qc9-2 5qc1-2 4x6i-d 2op3-2 1au3-d 4bs6-1 6ash-d 6qlw-2 1ms6-d 5qc2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (15)

登録構造単位

AAA: Papain

ヘテロ分子

24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.644, 48.921, 101.547
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Papain / Papaya proteinase I / PPI 分子量: 23452.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Carica papaya (パパイア) / 参照: UniProt: P00784, papain
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-N1W / (2~{R})-2-[[(1~{S})-1-[(6~{S})-2-azanyl-1,4,5,6-tetrahydropyrimidin-6-yl]-2-[[(2~{S})-3-methyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanyl-3-phenyl-propan-2-yl]amino]butan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]carbamoylamino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid 分子量: 611.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₁N₇O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5 and 80% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50.65 Å / Num. obs: 26295 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / Num. unique obs: 1260 / CC_1/2: 0.876 / R_pim(I) all: 0.252

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 9PAP

9pap

解像度: 1.65→44.112 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.235 / WR_factor R_work: 0.202 / SU B: 2.041 / SU ML: 0.068 / Average fsc free: 0.9302 / Average fsc work: 0.9331 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2214	1325	5.05 %
R_work	0.1964	24914	-
all	0.198	-	-
obs	-	26239	99.749 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.649 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.312 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.251 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.939 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→44.112 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1636	0	59	107	1802

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.175	1.654	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.207	1.623	3531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.009	5	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.326	22.222	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.435	15	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	12.97	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.895	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	399
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.173	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.165	0.2	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	729
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.067	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.912	2.506	853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.907	2.506	853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.501	3.755	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.503	3.756	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.258	2.845	901
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.258	2.847	902
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.028	4.194	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.027	4.197	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.277	29.873	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.28	29.885	1973

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.693	0.252	85	0.263	1810	X-RAY DIFFRACTION	99.3187
1.693-1.739	0.271	96	0.254	1755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.739-1.79	0.266	97	0.238	1725	X-RAY DIFFRACTION	99.9451
1.79-1.845	0.242	87	0.234	1666	X-RAY DIFFRACTION	99.886
1.845-1.905	0.28	92	0.224	1621	X-RAY DIFFRACTION	99.651
1.905-1.972	0.224	70	0.215	1569	X-RAY DIFFRACTION	99.3936
1.972-2.046	0.221	80	0.21	1531	X-RAY DIFFRACTION	99.6906
2.046-2.129	0.216	74	0.209	1475	X-RAY DIFFRACTION	100
2.129-2.224	0.224	67	0.196	1413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.224-2.332	0.205	73	0.191	1338	X-RAY DIFFRACTION	99.9292
2.332-2.458	0.212	62	0.191	1289	X-RAY DIFFRACTION	99.5578
2.458-2.607	0.213	65	0.184	1213	X-RAY DIFFRACTION	99.3779
2.607-2.786	0.251	69	0.189	1142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.786-3.009	0.251	46	0.196	1092	X-RAY DIFFRACTION	99.7371
3.009-3.295	0.2	46	0.181	1007	X-RAY DIFFRACTION	100
3.295-3.682	0.213	65	0.172	885	X-RAY DIFFRACTION	99.7899
3.682-4.248	0.189	48	0.17	814	X-RAY DIFFRACTION	99.8841
4.248-5.193	0.18	46	0.179	683	X-RAY DIFFRACTION	100
5.193-7.306	0.367	30	0.243	556	X-RAY DIFFRACTION	98.8196
7.306-44.112	0.167	27	0.21	330	X-RAY DIFFRACTION	99.7207

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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