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- PDB-6tck: Crystal structure of the ATP binding domain of S. aureus GyrB com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tck
タイトルCrystal structure of the ATP binding domain of S. aureus GyrB complexed with ULD-2
要素DNA gyrase subunit B
キーワードISOMERASE / DNA GYRASE / GYRB
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. ...DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Chem-N1N / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Welin, M. / Kimbung, R. / Focht, D.
資金援助 スロベニア, 1件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0208 スロベニア
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2020
タイトル: Rational design of balanced dual-targeting antibiotics with limited resistance.
著者: Nyerges, A. / Tomasic, T. / Durcik, M. / Revesz, T. / Szili, P. / Draskovits, G. / Bogar, F. / Skok, Z. / Zidar, N. / Ilas, J. / Zega, A. / Kikelj, D. / Daruka, L. / Kintses, B. / Vasarhelyi, ...著者: Nyerges, A. / Tomasic, T. / Durcik, M. / Revesz, T. / Szili, P. / Draskovits, G. / Bogar, F. / Skok, Z. / Zidar, N. / Ilas, J. / Zega, A. / Kikelj, D. / Daruka, L. / Kintses, B. / Vasarhelyi, B. / Foldesi, I. / Kata, D. / Welin, M. / Kimbung, R. / Focht, D. / Masic, L.P. / Pal, C.
履歴
登録2019年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source
Item: _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B
B: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,75715
ポリマ－47,8632
非ポリマー1,89413
水3,531196
1
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8907
ポリマ－23,9321
非ポリマー9586
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8678
ポリマ－23,9321
非ポリマー9357
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.594, 55.429, 50.976
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 23931.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DELTA 105-127
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB / プラスミド: PET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2
参照: UniProt: P0A0K8, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)

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非ポリマー , 8種, 209分子

#2: 化合物 ChemComp-N1N / 2-[[3,4-bis(chloranyl)-5-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]carbonylamino]-4-phenylmethoxy-1,3-benzothiazole-6-carboxylic acid


分子量: 476.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H15Cl2N3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.87 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M imidazole/MES pH 6.5, 0.06 M divalent cations (0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride), 37.5 % precipitant mix 4 (25 % v/v MPD, 25% v/v PEG 1000, 25% w/v PEG 3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→45.06 Å / Num. obs: 51937 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 262294
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.634.81.3361148223730.4480.6451.49191.8
8.75-45.0650.0417093450.9980.0190.04433.398.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CPH

5cph


解像度: 1.6→37.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 4.643 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.086
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1998 2598 5 %RANDOM
Rwork0.1772 ---
obs0.1784 49335 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.23 Å2 / Biso mean: 30.151 Å2 / Biso min: 16.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å2-0.23 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→37.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3036 0 120 196 3352
Biso mean--42.31 40.64 -
残基数----376
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133265
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8391.6814439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.381.5926937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8485389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.76522.938194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.21715561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0381524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02683
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.639 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 191 -
Rwork0.307 3467 -
obs--94.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.69610.05780.4441.90990.10581.8105-0.03580.19020.0589-0.0088-0.03720.2213-0.0341-0.00130.0730.0091-0.007-0.01790.1706-0.00350.057911.8711.745-5.12
22.3161-1.0870.18162.3274-0.36642.078-0.1654-0.16060.28020.2564-0.0042-0.3052-0.17210.06530.16950.0568-0.0127-0.06230.1189-0.00950.0754-20.813-12.531-27.429
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 230
2X-RAY DIFFRACTION2B19 - 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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