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- PDB-6tcc: Crystal structure of Salmo salar RidA-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tcc
タイトルCrystal structure of Salmo salar RidA-1
要素ribonuclease UK114
キーワードUNKNOWN FUNCTION / RidA / Imine Deaminase / YigF/YER057c/UK114
機能・相同性
機能・相同性情報


2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
類似検索 - 分子機能
RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmo salar (タイセイヨウサケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Ricagno, S. / Visentin, C. / Di Pisa, F. / Digiovanni, S. / Oberti, L. / Degani, G. / Popolo, L. / Bartorelli, A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Two novel fish paralogs provide insights into the Rid family of imine deaminases active in pre-empting enamine/imine metabolic damage.
著者: Digiovanni, S. / Visentin, C. / Degani, G. / Barbiroli, A. / Chiara, M. / Regazzoni, L. / Di Pisa, F. / Borchert, A.J. / Downs, D.M. / Ricagno, S. / Vanoni, M.A. / Popolo, L.
履歴
登録2019年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ribonuclease UK114
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4694
ポリマ－14,2411
非ポリマー2273
水1,69394
1
A: ribonuclease UK114
ヘテロ分子

A: ribonuclease UK114
ヘテロ分子

A: ribonuclease UK114
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,40612
ポリマ－42,7243
非ポリマー6829
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area9360 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.189, 52.189, 242.565
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-339-

HOH

21A-378-

HOH

31A-387-

HOH

41A-393-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ribonuclease UK114


分子量: 14241.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmo salar (タイセイヨウサケ)
遺伝子: hrsp12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1S3KNQ3
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.2 M Sodium acetate pH 5, 20% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.65 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.65 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→42.35 Å / Num. obs: 60156 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / Biso Wilson estimate: 11.74 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.05→1.11 Å / Num. unique obs: 8683 / CC1/2: 0.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ONI

1oni


解像度: 1.05→33.07 Å / SU ML: 0.0753 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.0811
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1633 3076 5.12 %
Rwork0.1448 --
obs0.1458 60133 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→33.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数975 0 15 94 1084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00851027
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06131397
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0789168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1731375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.05-1.070.23481560.22362531X-RAY DIFFRACTION99.7
1.07-1.080.22581240.20912575X-RAY DIFFRACTION99.93
1.08-1.10.19221490.19332542X-RAY DIFFRACTION100
1.1-1.120.19651300.16912565X-RAY DIFFRACTION99.96
1.12-1.140.18031120.15922581X-RAY DIFFRACTION99.96
1.14-1.170.16941330.14712572X-RAY DIFFRACTION99.93
1.17-1.190.17291320.14722584X-RAY DIFFRACTION99.93
1.19-1.220.14171580.13782548X-RAY DIFFRACTION99.93
1.22-1.250.17311330.13842553X-RAY DIFFRACTION99.96
1.25-1.280.16691310.13742591X-RAY DIFFRACTION99.96
1.28-1.320.14531510.13192544X-RAY DIFFRACTION100
1.32-1.370.17621340.13172599X-RAY DIFFRACTION99.93
1.37-1.410.14581420.13222591X-RAY DIFFRACTION100
1.41-1.470.15551430.132544X-RAY DIFFRACTION100
1.47-1.540.1491410.12622624X-RAY DIFFRACTION100
1.54-1.620.15051390.1242571X-RAY DIFFRACTION100
1.62-1.720.14921330.13032609X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.850.14281670.1372585X-RAY DIFFRACTION100
1.85-2.040.18351420.13132609X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.330.15121500.13012646X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.940.17491310.14532683X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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