PDB-6tc7: PAS-GAF bidomain of Glycine max phytochromeA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tc7

タイトル

PAS-GAF bidomain of Glycine max phytochromeA

要素

Phytochrome

キーワード

PLANT PROTEIN / phytochrome

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-tetrapyrrole linkage / red, far-red light phototransduction / detection of visible light / : / photoreceptor activity / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Nagano, S. / Guan, K. / Shenkutie, S.M. / Hughes, J.E.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2020
タイトル: Structural insights into photoactivation and signalling in plant phytochromes.
著者: Nagano, S. / Guan, K. / Shenkutie, S.M. / Feiler, C. / Weiss, M. / Kraskov, A. / Buhrke, D. / Hildebrandt, P. / Hughes, J.

履歴

登録	2019年11月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年5月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6tc7_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6tc7_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	6tc7_validation.cif.gz	40 KB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	6tbySC 6tc5C 6tl4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6arv-2 2y1x-1 6s7b-1 6arj-1 6s71-1 5dxj-2 5dx1-2 6arj-2 3b3f-2 5dwq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (22) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (4) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (22)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (6)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (4)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (4)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)

登録構造単位

AAA: Phytochrome

BBB: Phytochrome

ヘテロ分子

81.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, This PAS-GAF bidomain of Glycine max phyA behaves as monomer in solution. The apparent molecular weight calculated from the elution peak from the gel filtraction ...根拠: gel filtration, This PAS-GAF bidomain of Glycine max phyA behaves as monomer in solution. The apparent molecular weight calculated from the elution peak from the gel filtraction chromatography corresponds to that of the monomer.

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.423, 113.233, 68.457
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.521, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains A B) / NCSアンサンブル: (詳細: Chains A and B)

#1: タンパク質	Phytochrome 分子量: 40026.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: phyA, 100790763, GmphyA2, PhyA2, GLYMA_20G090000 / プラスミド: pPROLar.A122 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4YB07
#2: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化	温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05 M imidazole, 0.05 M MES, 0.02 M DL-Glutamatic acid monohydrate, 0.02 M DL-Alanine, 0.02M Glycine, 0.02 M DL-Lysine monohydrochloride, 0.02 M DL-Serine, 12% (v/v) Glycerol, 6% (w/v) PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→44.35 Å / Num. obs: 46863 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 36.395 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.08 / R_rim(I) all: 0.151 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.13→2.19 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.95 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3828 / CC_1/2: 0.318 / R_pim(I) all: 0.875 / R_rim(I) all: 2.306 / Χ²: 0.98 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS	Mar 15 2019	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TBY

6tby

解像度: 2.13→44.347 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / WR_factor R_free: 0.225 / WR_factor R_work: 0.17 / SU B: 13.657 / SU ML: 0.165 / Average fsc free: 0.8558 / Average fsc work: 0.8671 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.179 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2415	1866	3.985 %
R_work	0.1892	44964	-
all	0.191	-	-
obs	-	46830	99.399 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.593 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.226 Å²	-0 Å²	0.067 Å²
2-	-	-0.05 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.184 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→44.347 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4982	0	100	176	5258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	5216
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.469	1.664	7072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.663	1.592	11482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.109	5	632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.513	21.93	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.163	15	882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	3.479	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.255	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	683
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.141	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	5673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	994
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	4463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2404
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.096	0.2	2502
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.705	3.365	2540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.704	3.363	2539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.693	5.007	3165
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.692	5.009	3166
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.856	4.15	2676
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.855	4.149	2677
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.249	5.996	3906
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.249	5.995	3907
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.14	40.58	5526
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.131	40.514	5510
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.136	0.05	9246

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.13-2.185	0.307	138	0.331	3297	0.33	3446	0.554	0.553	99.6808	0.328
2.185-2.245	0.351	134	0.315	3218	0.316	3378	0.614	0.635	99.2303	0.308
2.245-2.31	0.337	127	0.298	3096	0.3	3292	0.774	0.779	97.904	0.284
2.31-2.381	0.287	127	0.255	3058	0.256	3189	0.856	0.854	99.8746	0.239
2.381-2.459	0.284	123	0.225	2976	0.227	3101	0.861	0.889	99.9355	0.206
2.459-2.545	0.252	119	0.216	2885	0.218	3009	0.891	0.902	99.8338	0.191
2.545-2.64	0.24	116	0.207	2779	0.208	2900	0.895	0.91	99.8276	0.18
2.64-2.748	0.263	110	0.206	2651	0.208	2777	0.911	0.91	99.4238	0.176
2.748-2.869	0.21	105	0.176	2514	0.178	2647	0.941	0.938	98.9422	0.152
2.869-3.009	0.267	102	0.179	2458	0.183	2562	0.915	0.934	99.9219	0.155
3.009-3.171	0.246	96	0.172	2325	0.174	2427	0.916	0.94	99.7528	0.151
3.171-3.362	0.239	92	0.175	2205	0.177	2300	0.921	0.943	99.8696	0.159
3.362-3.593	0.21	85	0.172	2064	0.173	2172	0.949	0.955	98.9411	0.16
3.593-3.878	0.231	80	0.181	1919	0.183	2015	0.937	0.945	99.206	0.171
3.878-4.245	0.202	74	0.16	1789	0.162	1872	0.944	0.955	99.5192	0.154
4.245-4.741	0.178	66	0.13	1611	0.132	1683	0.959	0.972	99.6435	0.129
4.741-5.464	0.258	59	0.168	1405	0.171	1487	0.941	0.962	98.4533	0.162
5.464-6.667	0.324	50	0.2	1219	0.204	1270	0.931	0.949	99.9213	0.193
6.667-9.324	0.21	40	0.162	946	0.164	1000	0.951	0.954	98.6	0.165
9.324-44.347	0.208	23	0.199	548	0.2	580	0.94	0.943	98.4483	0.217

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0005	0.0007	0.0006	0.0058	-0.0007	0.0016	-0.0023	0.023	0.0066	-0.0352	0.0141	0.0491	0.0027	0.0184	-0.0118	0.2728	0.1183	-0.2313	1.2	0.2848	0.4866	18.2128	16.4119	39.8955
2	3.1671	1.3117	-0.3247	0.5956	0.0748	3.7955	0.0548	0.0638	0.0101	0.1147	0.0171	0.0059	-0.1144	-0.3152	-0.0718	0.2491	0.0058	0.0341	0.1318	-0.0016	0.0553	-2.0249	20.6428	27.9259
3	1.3233	0.0342	0.1277	0.0145	-0.0305	0.4115	0.0677	-0.0251	-0.1733	-0.0076	0.0044	0.0186	-0.0961	0.1385	-0.0721	0.1071	-0.0436	0.0137	0.1762	-0.0149	0.1125	20.3576	12.2544	20.6659
4	1.113	-0.0791	1.8104	1.558	0.4984	3.2031	0.0434	-0.0415	-0.0742	-0.2748	0.0616	0.0249	-0.0626	-0.0823	-0.1051	0.2333	0.15	0.019	0.3015	-0.0467	0.0428	-8.6074	14.0638	-13.9898
5	0.0283	-0.1285	0.0133	1.0455	0.0002	0.823	-0.0301	0.035	-0.0103	0.0828	0.007	-0.0666	0.0119	-0.0206	0.023	0.1555	-0.0256	0.0497	0.1231	-0.0344	0.0783	2.3363	1.7171	-1.5268
6	0.4254	-0.5429	-0.0911	1.4615	-0.2717	0.2201	-0.0147	0.0457	-0.0254	-0.1562	-0.0261	-0.0687	0.0905	-0.0341	0.0409	0.1988	-0.0319	0.0407	0.0989	-0.0556	0.1167	2.9372	-2.8152	-10.1082

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A*	68 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A*	79 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A*	151 - 406
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	B*	68 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	B*	123 - 272
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	B*	273 - 406

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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