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- PDB-6tbz: Crystal structure of the MH1 domain of Smad5-Smad3 chimera constr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tbz
タイトルCrystal structure of the MH1 domain of Smad5-Smad3 chimera construct bound to the GGCGC site
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
  • Mothers against decapentaplegic homolog 5
キーワードTRANSCRIPTION / TGF-B
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by BMP / negative regulation of Fas signaling pathway / Mullerian duct regression / osteoblast fate commitment / SMAD protein complex / heteromeric SMAD protein complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / cardiac conduction system development / embryonic pattern specification / Signaling by BMP ...Signaling by BMP / negative regulation of Fas signaling pathway / Mullerian duct regression / osteoblast fate commitment / SMAD protein complex / heteromeric SMAD protein complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / cardiac conduction system development / embryonic pattern specification / Signaling by BMP / SMAD protein signal transduction / I-SMAD binding / cartilage development / ureteric bud development / germ cell development / cellular response to organic cyclic compound / anatomical structure morphogenesis / BMP signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / cardiac muscle contraction / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / erythrocyte differentiation / bone development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / osteoblast differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Smad3; Chain A / SMAD MH1 domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins ...Smad3; Chain A / SMAD MH1 domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Mothers against decapentaplegic homolog 5 / Mothers against decapentaplegic homolog 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.782 Å
データ登録者Pluta, R. / Macias, M.J.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness スペイン
European Commission
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Unveiling the dimer/monomer propensities of Smad MH1-DNA complexes.
著者: Ruiz, L. / Kaczmarska, Z. / Gomes, T. / Aragon, E. / Torner, C. / Freier, R. / Baginski, B. / Martin-Malpartida, P. / de Martin Garrido, N. / Marquez, J.A. / Cordeiro, T.N. / Pluta, R. / Macias, M.J.
履歴
登録2019年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 1.22020年4月29日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / software
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _software.name
改定 1.42024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mothers against decapentaplegic homolog 5
B: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8984
ポリマ－24,8333
非ポリマー651
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.145, 53.145, 83.154
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Mothers against decapentaplegic homolog 5 / Mothers against DPP homolog 5 / JV5-1 / SMAD family member 5 / hSmad5


分子量: 15032.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMAD5, MADH5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99717, UniProt: Q56I99*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4900.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 % / 解説: elongated crystal
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 22% PEG 3350, 0.05 M sodium citrate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→46 Å / Num. obs: 11400 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.82→2.08 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 571 / CC1/2: 0.578 / Rrim(I) all: 0.885 / % possible all: 68.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (3-OCT-2019)精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6fzs

6fzs


解像度: 1.782→46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 0.287 / 交差検証法: FREE R-VALUE / SU R Blow DPI: 0.286 / SU Rfree Blow DPI: 0.204 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.206
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2262 550 -RANDOM
Rwork0.1916 ---
obs0.1932 11400 45.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.111 Å20 Å20 Å2
2--4.111 Å20 Å2
3----8.222 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.782→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1027 656 1 57 1741
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081850HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.922643HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d576SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes222HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1850HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion228SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1033SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion25.4
LS精密化 シェル解像度: 1.782→2 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3566 22 -
Rwork0.2118 --
obs--5.06 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7332-0.0648-0.33363.6407-0.65346.49680.10930.14650.1830.1465-0.06190.33580.1830.3358-0.0474-0.06030.00660.01570.0560.0162-0.23717.26784.19536.4289
25.33151.69031.785910.1010.39395.9868-0.1513-0.1752-0.1407-0.17520.3309-0.0015-0.1407-0.0015-0.1797-0.3445-0.03740.0855-0.05290.15590.105311.650626.10932.058
34.45733.77272.49986.8208-0.33795.224-0.17970.0628-0.04230.06280.32750.0186-0.04230.0186-0.1478-0.39330.02530.1041-0.07150.12370.30410.914423.9912.0378
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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