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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tbt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with an Apt48 peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / BCL6 / Apt48 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / negative regulation of Rho protein signal transduction / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of T cell proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of cell differentiation / B cell proliferation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / negative regulation of cellular senescence / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / erythrocyte development / positive regulation of B cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of neuron differentiation / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / cell motility / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cell morphogenesis / heterochromatin formation / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein localization / regulation of inflammatory response / regulation of cell population proliferation / actin cytoskeleton organization / DNA-binding transcription factor binding / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / DNA damage response / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å | ||||||
データ登録者 | Zacharchenko, T. / Wright, S.C. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Structural basis of Apt48 inhibition of the BCL6 BTB domain. 著者: Zacharchenko, T. / Kalverda, A.P. / Wright, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tbt.cif.gz | 124.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tbt.ent.gz | 96 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tbt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tbt_validation.pdf.gz | 426.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tbt_full_validation.pdf.gz | 426.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6tbt_validation.xml.gz | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tbt_validation.cif.gz | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/6tbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/6tbt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 14498.781 Da / 分子数: 2 / 変異: C8Q, C67R, C84N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* (pLysS) / 参照: UniProt: P41182 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1497.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 5種, 307分子
#3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M NaCl, 0.1 M Tris pH 7, 0.2 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月21日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.96861 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.63→78.2 Å / Num. obs: 49659 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.39 % / CC1/2: 0.9986 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 15.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.67 Å / 冗長度: 19.98 % / Rmerge(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 3390 / CC1/2: 0.51 / Rpim(I) all: 0.403 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1R2B 解像度: 1.63→56.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.485 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.014 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.21 Å2 / Biso mean: 26.591 Å2 / Biso min: 13.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.63→56.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.63→1.672 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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