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- PDB-6tav: Crystal structure of endopeptidase-induced alpha2-macroglobulin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tav
タイトルCrystal structure of endopeptidase-induced alpha2-macroglobulin
要素Alpha-2-macroglobulin
キーワードHYDROLASE / PEPTIDASE INHIBITOR / PROTEINASE INHIBITOR / ZN-AND CU-BINDING PROTEIN / CYTOKINE BINDING / HORMONE BINDING / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of complement activation, lectin pathway / interleukin-1 binding / interleukin-8 binding / tumor necrosis factor binding / HDL assembly / endopeptidase inhibitor activity / growth factor binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Degradation of the extracellular matrix / platelet alpha granule lumen ...negative regulation of complement activation, lectin pathway / interleukin-1 binding / interleukin-8 binding / tumor necrosis factor binding / HDL assembly / endopeptidase inhibitor activity / growth factor binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Degradation of the extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / stem cell differentiation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / calcium-dependent protein binding / Platelet degranulation / : / protease binding / blood microparticle / signaling receptor binding / enzyme binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-2-macroglobulin, TED domain / TonB box, conserved site / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily ...Alpha-2-macroglobulin, TED domain / TonB box, conserved site / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-2-macroglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Gomis-Ruth, F.X. / Duquerroy, S. / Trapani, S. / Marrero, A. / Goulas, T. / Guevara, T. / Andersen, G.A. / Sottrup-Jensen, L. / Navaza, J.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures shows the mechanistic basis of pan-peptidase inhibition by human alpha2-macroglobulin
著者: Luque, D. / Goulas, T. / Mata, C.P. / Mendes, S.R. / Gomis-Ruth, F.X. / Caston, J.R.
#1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of human alpha 2-macroglobulin reveals a unique molecular cage.
著者: Marrero, A. / Duquerroy, S. / Trapani, S. / Goulas, T. / Guevara, T. / Andersen, G.R. / Navaza, J. / Sottrup-Jensen, L. / Gomis-Ruth, F.X.
#2: ジャーナル: Subcell. Biochem. / 年: 2017
タイトル: alpha2-Macroglobulins: Structure and Function.
著者: Garcia-Ferrer, I. / Marrero, A. / Gomis-Ruth, F.X. / Goulas, T.
#3: ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional insight into pan-endopeptidase inhibition by alpha 2-macroglobulins.
著者: Goulas, T. / Garcia-Ferrer, I. / Marrero, A. / Marino-Puertas, L. / Duquerroy, S. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2019年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2022年4月13日ID: 4ACQ
改定 1.12022年4月13日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-2-macroglobulin
B: Alpha-2-macroglobulin
C: Alpha-2-macroglobulin
D: Alpha-2-macroglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)666,20333
ポリマ－653,8604
非ポリマー12,34229
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27350 Å2
ΔGint115 kcal/mol
Surface area254630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.800, 260.300, 281.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Alpha-2-macroglobulin / Alpha-2-M / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 5


分子量: 163465.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residue GLN975 of the protein according to UniProt P01023 is chemically modified to MEQ975 by reaction with methylamine.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: A2M, CPAMD5, FWP007 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01023
#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Equivolumetric drops consisting of 0.2M tribasic ammonium citrate, pH6.4, 15% (w/v) polyethylene glycol 3350, plus 0.05M sodium fluoride as an additive, and protein solution at 4.9 absorption ...詳細: Equivolumetric drops consisting of 0.2M tribasic ammonium citrate, pH6.4, 15% (w/v) polyethylene glycol 3350, plus 0.05M sodium fluoride as an additive, and protein solution at 4.9 absorption units at lambda=280nm yielded a single large well-shaped monocrystal after several months. This crystal could not be reproduced despite extensive trials.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→34.24 Å / Num. obs: 70358 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 198.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 4.2→4.45 Å / Rmerge(I) obs: 1.62 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 10760 / CC1/2: 0.446 / Rrim(I) all: 1.865 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER2.10.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ACQ

4acq
PDB 未公開エントリ


解像度: 4.2→34.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.884
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 831 1.18 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.236 70253 99.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 300 Å2 / Biso mean: 256.78 Å2 / Biso min: 171.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3859 Å20 Å20 Å2
2---40.4686 Å20 Å2
3---42.8544 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.72 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.2→34.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40822 0 812 0 41634
Biso mean--296.31 --
残基数----5234
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d18406SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes13118HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it41753HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion5788SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact91657SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d83052HARMONIC20.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg150128HARMONIC21.25
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.18
LS精密化 シェル解像度: 4.2→4.24 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1128 1 0.06 %
Rwork0.2405 1713 -
all0.2404 1714 -
obs--84.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.3158-2.4937-0.11366.10752.47182.0798-0.0312-0.21210.24320.17070.12240.1882-0.43930.1085-0.0912-0.304-0.1195-0.1523-0.11090.0705-0.084333.68156.16979.6983
22.8036-1.50160.8353.98-0.68754.90910.02930.26220.01560.07620.0158-0.0559-0.05620.1169-0.04510.0882-0.2086-0.152-0.15340.152-0.183235.5163160.72936.3345
302.9106-0.48478.31632.91118.3161-0.06140.209-0.19470.0286-0.0969-0.12420.1351-0.07280.1583-0.00210.1524-0.1520.259-0.152-0.046221.7703129.4722.7745
42.70422.9342.91188.3158-2.91128.3159-0.0020.0371-0.2379-0.1034-0.1150.02250.4220.01810.1170.0321-0.1521-0.152-0.16840.01310.289818.364118.1658.6285
56.92831.4627-0.40373.5875-0.39443.55250.00740.0171-0.30450.10210.01190.29030.0803-0.1561-0.0193-0.28020.0156-0.1341-0.06410.03920.188715.3876141.7174.659
63.7607-0.9692.5443.79742.91691.41220.05680.01740.23960.2611-0.040.2118-0.259-0.1456-0.0168-0.1910.1522-0.152-0.11780.152-0.300613.9108163.35632.2526
70.00440.60290.30270-0.71791.00640.08920.02670.071-0.0973-0.029-0.03170.08470.061-0.0602-0.07240.1165-0.15210.0166-0.05120.042934.7268138.12268.1618
84.8443-2.91190.96581.6128-2.91038.3158-0.05520.00570.0553-0.107-0.07930.4853-0.0784-0.11140.13450.17440.152-0.15210.30040.0674-0.304415.9481156.1851.6388
94.5492.7789-0.96981.07471.71973.58850.01020.3124-0.0631-0.1365-0.0326-0.04080.00040.0120.02240.2357-0.152-0.14880.05980.152-0.167156.4489167.2418.8084
108.31630.63072.91163.0035-2.91678.316-0.08960.3039-0.5443-0.24760.1685-0.12870.22320.1019-0.0789-0.2533-0.152-0.14310.3040.0507-0.30473.3011143.71439.795
115.7719-2.91460.14438.3161-2.91118.3158-0.00510.0215-0.0136-0.04690.08170.2157-0.04320.0682-0.07660.304-0.14010.03290.3040.10250.30452.5229134.8615.2221
123.3821-2.9084-2.91058.31612.91118.3159-0.0156-0.0447-0.14810.0692-0.06-0.17930.28480.13580.07560.12980.09530.0344-0.0271-0.1520.034182.212967.930941.0119
134.87361.88962.80763.43142.91485.92650.0004-0.00930.06460.09880.04290.12-0.0501-0.35-0.04320.00370.1555-0.1522-0.1101-0.1522-0.000639.960465.122931.0579
148.3159-2.91172.92818.31630.23525.30580.0163-0.01840.33290.37520.0769-0.0747-0.2751-0.067-0.09320.3040.1524-0.10430.304-0.09480.128932.91896.307813.1948
158.31572.91082.91488.3159-2.91468.3162-0.00670.05260.10170.02360.05760.0983-0.36560.1302-0.05090.304-0.15250.01690.26890.04440.268669.0082105.8420.0329
162.52530.0098-2.91073.06292.91137.6815-0.01640.10820.0445-0.0248-0.0267-0.3074-0.18630.35240.0430.0534-0.0286-0.13160.2347-0.1522-0.060383.548781.577821.3888
172.1354-0.43570.85346.66413.37816.2519-0.00880.0965-0.1756-0.12880.0452-0.23920.0423-0.0262-0.0364-0.0151-0.0113-0.10420.0181-0.1523-0.247542.217362.23879.047
186.3126-2.91120.37454.69922.3674.5268-0.0179-0.12850.15450.06130.0217-0.0871-0.04480.1058-0.00380.03130.0451-0.11490.0738-0.1521-0.006373.308585.756737.3288
198.3163-2.91042.91128.29272.91088.316-0.02750.16880.0553-0.520.07680.112-0.06270.0895-0.04930.2372-0.041-0.15220.3040.08180.089712.520270.50922.0995
208.31632.9110.68818.31572.91138.31570.03720.11980.03890.0410.00750.1882-0.145-0.5142-0.0447-0.0227-0.304-0.1520.23030.07640.23517.106459.763445.7223
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415.4158-2.91172.90953.1130.05018.31630.0024-0.04670.12470.11740.1014-0.5397-0.32440.4141-0.1038-0.06210.1096-0.152-0.3039-0.1521-0.03581.432576.285274.6174
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|25 - 125 A|2001 - 2004 A|2101 - 2103}A25 - 125
2X-RAY DIFFRACTION1{A|25 - 125 A|2001 - 2004 A|2101 - 2103}A2001 - 2004
3X-RAY DIFFRACTION1{A|25 - 125 A|2001 - 2004 A|2101 - 2103}A2101 - 2103
4X-RAY DIFFRACTION2{A|126 - 226}A126 - 226
5X-RAY DIFFRACTION3{A|227 - 344 A|2201 - 2201}A227 - 344
6X-RAY DIFFRACTION3{A|227 - 344 A|2201 - 2201}A2201
7X-RAY DIFFRACTION4{A|345 - 452 A|2301 - 2304 A|2401 - 2401}A345 - 452
8X-RAY DIFFRACTION4{A|345 - 452 A|2301 - 2304 A|2401 - 2401}A2301 - 2304
9X-RAY DIFFRACTION4{A|345 - 452 A|2301 - 2304 A|2401 - 2401}A2401
10X-RAY DIFFRACTION5{A|453 - 563}A453 - 563
11X-RAY DIFFRACTION6{A|564 - 601 A|729 - 788}A564 - 601
12X-RAY DIFFRACTION6{A|564 - 601 A|729 - 788}A729 - 788
13X-RAY DIFFRACTION7{A|602 - 700}A602 - 700
14X-RAY DIFFRACTION8{A|789 - 908 A|2501 - 2502}A789 - 908
15X-RAY DIFFRACTION8{A|789 - 908 A|2501 - 2502}A2501 - 2502
16X-RAY DIFFRACTION9{A|909 - 954 A|1270 - 1339}A909 - 954
17X-RAY DIFFRACTION9{A|909 - 954 A|1270 - 1339}A1270 - 1339
18X-RAY DIFFRACTION10{A|955 - 1269 A|2601 - 2603}A955 - 1269
19X-RAY DIFFRACTION10{A|955 - 1269 A|2601 - 2603}A2601 - 2603
20X-RAY DIFFRACTION11{A|1340 - 1468 A|2701 - 2701}A1340 - 1468
21X-RAY DIFFRACTION11{A|1340 - 1468 A|2701 - 2701}A2701
22X-RAY DIFFRACTION12{B|28 - 125 B|2001 - 2004 B|2101 - 2102}B28 - 125
23X-RAY DIFFRACTION12{B|28 - 125 B|2001 - 2004 B|2101 - 2102}B2001 - 2004
24X-RAY DIFFRACTION12{B|28 - 125 B|2001 - 2004 B|2101 - 2102}B2101 - 2102
25X-RAY DIFFRACTION13{B|126 - 226}B126 - 226
26X-RAY DIFFRACTION14{B|227 - 344 B|2201 - 2202}B227 - 344
27X-RAY DIFFRACTION14{B|227 - 344 B|2201 - 2202}B2201 - 2202
28X-RAY DIFFRACTION15{B|345 - 452 B|2301 - 2303 B|2401 - 2401}B345 - 452
29X-RAY DIFFRACTION15{B|345 - 452 B|2301 - 2303 B|2401 - 2401}B2301 - 2303
30X-RAY DIFFRACTION15{B|345 - 452 B|2301 - 2303 B|2401 - 2401}B2401
31X-RAY DIFFRACTION16{B|453 - 563}B453 - 563
32X-RAY DIFFRACTION17{B|564 - 601 B|729 - 788}B564 - 601
33X-RAY DIFFRACTION17{B|564 - 601 B|729 - 788}B729 - 788
34X-RAY DIFFRACTION18{B|602 - 689}B602 - 689
35X-RAY DIFFRACTION19{B|789 - 908 B|2501 - 2502}B789 - 908
36X-RAY DIFFRACTION19{B|789 - 908 B|2501 - 2502}B2501 - 2502
37X-RAY DIFFRACTION20{B|909 - 954 B|1270 - 1339}B909 - 954
38X-RAY DIFFRACTION20{B|909 - 954 B|1270 - 1339}B1270 - 1339
39X-RAY DIFFRACTION21{B|955 - 1269 B|2601 - 2604}B955 - 1269
40X-RAY DIFFRACTION21{B|955 - 1269 B|2601 - 2604}B2601 - 2604
41X-RAY DIFFRACTION22{C|28 - 125 C|2001 - 2001 C|2101 - 2101}C28 - 125
42X-RAY DIFFRACTION22{C|28 - 125 C|2001 - 2001 C|2101 - 2101}C2001
43X-RAY DIFFRACTION22{C|28 - 125 C|2001 - 2001 C|2101 - 2101}C2101
44X-RAY DIFFRACTION23{C|126 - 226}C126 - 226
45X-RAY DIFFRACTION24{C|227 - 344 C|2201 - 2201}C227 - 344
46X-RAY DIFFRACTION24{C|227 - 344 C|2201 - 2201}C2201
47X-RAY DIFFRACTION25{C|345 - 452 C|2301 - 2301 C|2401 - 2401}C345 - 452
48X-RAY DIFFRACTION25{C|345 - 452 C|2301 - 2301 C|2401 - 2401}C2301
49X-RAY DIFFRACTION25{C|345 - 452 C|2301 - 2301 C|2401 - 2401}C2401
50X-RAY DIFFRACTION26{C|453 - 563}C453 - 563
51X-RAY DIFFRACTION27{C|564 - 601 C|728 - 788}C564 - 601
52X-RAY DIFFRACTION27{C|564 - 601 C|728 - 788}C728 - 788
53X-RAY DIFFRACTION28{C|602 - 691}C602 - 691
54X-RAY DIFFRACTION29{C|789 - 908 C|2501 - 2502}C789 - 908
55X-RAY DIFFRACTION29{C|789 - 908 C|2501 - 2502}C2501 - 2502
56X-RAY DIFFRACTION30{C|909 - 954 C|1270 - 1337}C909 - 954
57X-RAY DIFFRACTION30{C|909 - 954 C|1270 - 1337}C1270 - 1337
58X-RAY DIFFRACTION31{C|955 - 1269 C|2601 - 2603}C955 - 1269
59X-RAY DIFFRACTION31{C|955 - 1269 C|2601 - 2603}C2601 - 2603
60X-RAY DIFFRACTION32{D|27 - 125 D|2001 - 2002 D|2101 - 2101}D27 - 125
61X-RAY DIFFRACTION32{D|27 - 125 D|2001 - 2002 D|2101 - 2101}D2001 - 2002
62X-RAY DIFFRACTION32{D|27 - 125 D|2001 - 2002 D|2101 - 2101}D2101
63X-RAY DIFFRACTION33{D|126 - 226}D126 - 226
64X-RAY DIFFRACTION34{D|227 - 344 D|2201 - 2201}D227 - 344
65X-RAY DIFFRACTION34{D|227 - 344 D|2201 - 2201}D2201
66X-RAY DIFFRACTION35{D|345 - 452 D|2301 - 2302 D|2401 - 2401}D345 - 452
67X-RAY DIFFRACTION35{D|345 - 452 D|2301 - 2302 D|2401 - 2401}D2301 - 2302
68X-RAY DIFFRACTION35{D|345 - 452 D|2301 - 2302 D|2401 - 2401}D2401
69X-RAY DIFFRACTION36{D|453 - 563}D453 - 563
70X-RAY DIFFRACTION37{D|564 - 601 D|730 - 788}D564 - 601
71X-RAY DIFFRACTION37{D|564 - 601 D|730 - 788}D730 - 788
72X-RAY DIFFRACTION38{D|602 - 690}D602 - 690
73X-RAY DIFFRACTION39{D|789 - 908 D|2501 - 2502}D789 - 908
74X-RAY DIFFRACTION39{D|789 - 908 D|2501 - 2502}D2501 - 2502
75X-RAY DIFFRACTION40{D|909 - 954 D|1270 - 1336}D909 - 954
76X-RAY DIFFRACTION40{D|909 - 954 D|1270 - 1336}D1270 - 1336
77X-RAY DIFFRACTION41{D|955 - 1269 D|2601 - 2604}D955 - 1269
78X-RAY DIFFRACTION41{D|955 - 1269 D|2601 - 2604}D2601 - 2604

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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