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万見
- PDB-6tao: The cytotoxin MakE from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tao
タイトルThe cytotoxin MakE from Vibrio cholerae
要素Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1
キーワードTOXIN / cytotoxin cholera
機能・相同性: / membrane => GO:0016020 / membrane / NICKEL (II) ION / Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1 / Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Persson, K. / Nagampalli, R. / Heidler, T. / Wai, S.N.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-05009 スウェーデン
Swedish Research Council2018-02914 スウェーデン
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: A tripartite cytolytic toxin formed by Vibrio cholerae proteins with flagellum-facilitated secretion.
著者: Nadeem, A. / Nagampalli, R. / Toh, E. / Alam, A. / Myint, S.L. / Heidler, T.V. / Dongre, M. / Zlatkov, N. / Pace, H. / Bano, F. / Sjostedt, A. / Bally, M. / Uhlin, B.E. / Wai, S.N. / Persson, K.
履歴
登録2019年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1
B: Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7468
ポリマ－78,3192
非ポリマー4276
水7,422412
1
A: Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4695
ポリマ－39,1601
非ポリマー3104
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2773
ポリマ－39,1601
非ポリマー1172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.929, 94.936, 63.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1


分子量: 39159.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: C9J66_02380, EC575_16750, EN12_17975, ERS013140_03541, ERS013165_02451, ERS013186_00740, ERS013198_00092, ERS013199_01996, ERS013200_01286, ERS013201_03487, ERS013202_01073, ERS013206_01275, EYB64_16860
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F4FI88, UniProt: Q9KL63*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 10 mM Nickel chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG2000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→49.175 Å / Num. obs: 44118 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.98-2.054.41.1341878942880.560.6081.2911.2100
7.67-49.174.30.03133967870.9990.0160.03635.998.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.98→49.175 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 2000 4.54 %
Rwork0.1768 --
obs0.1794 44086 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 122.74 Å2 / Biso mean: 45.6225 Å2 / Biso min: 20.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→49.175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5366 0 14 412 5792
Biso mean--81.22 43.05 -
残基数----691
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.98-2.02950.34711410.30642973100
2.0295-2.08440.33461420.26822978100
2.0844-2.14580.28641420.24382994100
2.1458-2.2150.2611430.22363021100
2.215-2.29420.25861420.21322996100
2.2942-2.3860.28561440.20413017100
2.386-2.49460.24581420.19512978100
2.4946-2.62610.25611410.19492985100
2.6261-2.79070.2691440.19253032100
2.7907-3.00610.25231450.19563021100
3.0061-3.30860.28321410.17892987100
3.3086-3.78720.22061440.15473031100
3.7872-4.77080.20031440.12593027100
4.7708-49.1750.17421450.158304699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55990.4272-0.48471.4848-1.33662.14360.0454-0.1019-0.07140.1856-0.0488-0.0766-0.15720.07190.01080.1801-0.0063-0.01310.22040.00110.2012-0.2452-0.42737.9421
20.5863-0.6810.24513.0121-0.52880.7635-0.004-0.0986-0.05720.11170.1220.23870.0069-0.0774-0.10670.1808-0.04210.02350.23280.03240.2284-20.080416.615-14.0155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 6:356)A6 - 356
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 6:356)B6 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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