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- PDB-6t9r: Aplysia californica AChBP in complex with a cytisine derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t9r
タイトルAplysia californica AChBP in complex with a cytisine derivative
要素Acetylcholine binding protein
キーワードHYDROLASE / Acetylcholine binding protein / nicotinic receptor surrogate
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / neuron projection / synapse / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-MXQ / PHOSPHATE ION / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Aplysia californica (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Davis, S. / Hunter, W.N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: The thermodynamic profile and molecular interactions of a C(9)-cytisine derivative-binding acetylcholine-binding protein from Aplysia californica.
著者: Davis, S. / Rego Campello, H. / Gallagher, T. / Hunter, W.N.
履歴
登録2019年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Acetylcholine binding protein
BBB: Acetylcholine binding protein
CCC: Acetylcholine binding protein
DDD: Acetylcholine binding protein
EEE: Acetylcholine binding protein
FFF: Acetylcholine binding protein
GGG: Acetylcholine binding protein
HHH: Acetylcholine binding protein
III: Acetylcholine binding protein
JJJ: Acetylcholine binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,434101
ポリマ－283,26810
非ポリマー10,16691
水52,2252899
1
AAA: Acetylcholine binding protein
BBB: Acetylcholine binding protein
CCC: Acetylcholine binding protein
DDD: Acetylcholine binding protein
EEE: Acetylcholine binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,76351
ポリマ－141,6345
非ポリマー5,12946
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24090 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area40770 Å2
手法PISA
2
FFF: Acetylcholine binding protein
GGG: Acetylcholine binding protein
HHH: Acetylcholine binding protein
III: Acetylcholine binding protein
JJJ: Acetylcholine binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,67150
ポリマ－141,6345
非ポリマー5,03745
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24000 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area39920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)209.466, 132.874, 131.086
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.524, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11CCC-613-

HOH

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 20分子 AAABBBCCCDDDEEEFFFGGGHHHIIIJJJ

#1: タンパク質
Acetylcholine binding protein


分子量: 28326.750 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物)
プラスミド: pFastBac 1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8WSF8
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 2980分子

#2: 化合物
ChemComp-MXQ / (1~{R},9~{S})-5-(3-oxidanylpropyl)-7,11-diazatricyclo[7.3.1.0^{2,7}]trideca-2,4-dien-6-one


分子量: 248.321 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2899 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.87 % / 解説: Block
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Starting protein concentration 12.5 mg/ml + 6 mM ligand BS82. Crystallised as hanging drops, the drop containing 1.5 ul protein, 0.2 ul reservoir (0.8 M NaH2PO4, 0.8 M KH2PO4, 10% glycerol, 0. ...詳細: Starting protein concentration 12.5 mg/ml + 6 mM ligand BS82. Crystallised as hanging drops, the drop containing 1.5 ul protein, 0.2 ul reservoir (0.8 M NaH2PO4, 0.8 M KH2PO4, 10% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.0) and 0.3 ul microseeds from cytisine bound AChBP crystals (grown as sitting drops in 0.8 M NaH2PO4, 0.8 M KH2PO4, 0.1 M HEPES pH 7.5).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→127.97 Å / Num. obs: 353432 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.07 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 12162 / CC1/2: 0.435 / Rpim(I) all: 0.787 / Rrim(I) all: 1.138 / Χ2: 0.77 / % possible all: 66.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QKK

6qkk


解像度: 1.72→111.666 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.192 / WRfactor Rwork: 0.161 / Average fsc free: 0.8746 / Average fsc work: 0.8824 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1922 17388 4.921 %
Rwork0.1619 335977 -
all0.163 --
obs-353365 95.459 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 30.393 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.078 Å20 Å2-0.075 Å2
2--2.651 Å20 Å2
3----0.491 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→111.666 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16425 0 636 2899 19960
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01318329
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.01716456
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8381.66125208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4741.59938529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg19.7025.4442412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.52822.942938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.707152894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.45215102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.22442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0222738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.023792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.23216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1990.215495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.28517
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.27587
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.22404
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0670.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0840.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2270.277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1710.261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6652.8348506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6652.8348505
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.624.23210682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.624.23210683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1433.3589823
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1433.3589824
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0384.85414383
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0384.85514384
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.35836.81921401
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.10635.32220441
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.7650.3569330.36417640X-RAY DIFFRACTION68.1503
1.765-1.8130.33610170.32620285X-RAY DIFFRACTION79.8665
1.813-1.8660.31311960.29222563X-RAY DIFFRACTION91.9537
1.866-1.9230.27112010.25223750X-RAY DIFFRACTION99.0158
1.923-1.9860.23812000.21323114X-RAY DIFFRACTION99.7784
1.986-2.0560.22611310.18722365X-RAY DIFFRACTION99.8428
2.056-2.1330.21311090.17221650X-RAY DIFFRACTION99.8727
2.133-2.220.20110780.16320786X-RAY DIFFRACTION99.8447
2.22-2.3190.1919850.15619986X-RAY DIFFRACTION99.8476
2.319-2.4320.18710100.14719107X-RAY DIFFRACTION99.861
2.432-2.5640.1859510.14518119X-RAY DIFFRACTION99.8534
2.564-2.7190.1878770.14217175X-RAY DIFFRACTION99.8065
2.719-2.9070.1899000.14416082X-RAY DIFFRACTION99.8824
2.907-3.140.1947690.14715069X-RAY DIFFRACTION99.9684
3.14-3.4390.1816930.14713900X-RAY DIFFRACTION99.9178
3.439-3.8450.166810.14312514X-RAY DIFFRACTION99.9546
3.845-4.4390.1386190.11611087X-RAY DIFFRACTION99.9915
4.439-5.4350.1474710.1179398X-RAY DIFFRACTION99.9595
5.435-7.6790.23540.1827307X-RAY DIFFRACTION99.9609
7.679-111.6660.2152130.194081X-RAY DIFFRACTION99.675

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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