PDB-6t94: NAD+-dependent fungal formate dehydrogenase from Chaetomium therm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t94

タイトル

NAD+-dependent fungal formate dehydrogenase from Chaetomium thermophilum: A complex of N120C mutant protein with the reduced form of the cofactor NADH.

要素

Formate dehydrogenase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / NADH

機能・相同性

機能・相同性情報

formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / Yelmazer, B. / De Rose, S.A. / Littlechild, J.A.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the NAD + -dependent formate dehydrogenase mechanism revealed from the NADH complex and the formate NAD + ternary complex of the Chaetomium thermophilum enzyme.
著者: Yilmazer, B. / Isupov, M.N. / De Rose, S.A. / Bulut, H. / Benninghoff, J.C. / Binay, B. / Littlechild, J.A.

履歴

登録	2019年10月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月2日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t94.cif.gz	622.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t94.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t94.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6t94_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t94_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6t94_validation.xml.gz	77.4 KB	表示
CIF形式データ	6t94_validation.cif.gz	118 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/6t94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/6t94	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t8yC 6t8zC 6t92C 5dnaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t8z-2 6t8y-1 6t8y-2 6t8z-1 6t92-2 4r5m-d 6t92-1 1ztx-d 1oxq-d 6bfq-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Formate dehydrogenase

BBB: Formate dehydrogenase

CCC: Formate dehydrogenase

DDD: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

186 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Formate dehydrogenase

BBB: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
93.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: Formate dehydrogenase

DDD: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
93.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.730, 94.745, 94.604
Angle α, β, γ (deg.)	85.964, 89.972, 81.577
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	2	Chains A C
3	3	Chains A D
4	4	Chains B C
5	5	Chains B D
6	6	Chains C D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	GLN	GLN	AAA	A	-4 - 361	30 - 395
1	2	1	THR	THR	GLN	GLN	BBB	B	-4 - 361	30 - 395
2	1	2	ALA	ALA	GLN	GLN	AAA	A	-3 - 361	31 - 395
2	2	2	ALA	ALA	GLN	GLN	CCC	C	-3 - 361	31 - 395
3	1	3	THR	THR	ARG	ARG	AAA	A	-4 - 362	30 - 396
3	2	3	THR	THR	ARG	ARG	DDD	D	-4 - 362	30 - 396
4	1	4	ALA	ALA	LYS	LYS	BBB	B	-3 - 366	31 - 400
4	2	4	ALA	ALA	LYS	LYS	CCC	C	-3 - 366	31 - 400
5	1	5	THR	THR	GLN	GLN	BBB	B	-4 - 361	30 - 395
5	2	5	THR	THR	GLN	GLN	DDD	D	-4 - 361	30 - 395
6	1	6	ALA	ALA	GLN	GLN	CCC	C	-3 - 361	31 - 395
6	2	6	ALA	ALA	GLN	GLN	DDD	D	-3 - 361	31 - 395

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Formate dehydrogenase / FDH / NAD-dependent formate dehydrogenase 分子量: 45630.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: FDH, CTHT_0067590 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGU4, formate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5, 18 % w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→68.9 Å / Num. obs: 536693 / % possible obs: 86.9 % / 冗長度: 1.7 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 25189 / CC_1/2: 0.325 / % possible all: 82.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5dna

5dna

解像度: 1.15→68.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.045 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2179	26885	5.01 %
R_work	0.1964	-	-
all	0.197	-	-
obs	-	536580	86.847 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.743 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.012 Å²	-0.045 Å²	-0.034 Å²
2-	-	1.067 Å²	-0.259 Å²
3-	-	-	-0.152 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→68.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11498	0	243	1921	13662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	12857
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	12317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.812	1.674	17523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.317	1.597	28665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.752	5	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.882	21.164	730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.182	15	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.57	15	125
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	14600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.024	0.02	2796
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	2503
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	11503
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	6011
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	5521
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.04	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.531	5.379	6204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.529	5.378	6203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.468	9.07	7821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.468	9.072	7822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.606	6.22	6653
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.605	6.22	6654
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.962	10.06	9591
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.961	10.061	9592
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.045	28.486	15127
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.045	28.487	15128
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.074	0.05	12435
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.071	0.05	12424
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.066	0.05	12639
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.072	0.05	12601
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.071	0.05	12473
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.072	0.05	12365

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.15-1.18	0.355	1989	0.355	35977	X-RAY DIFFRACTION	82.8536
1.18-1.212	0.329	1884	0.332	36471	X-RAY DIFFRACTION	86.2414
1.212-1.247	0.334	1858	0.318	36091	X-RAY DIFFRACTION	87.5531
1.247-1.286	0.3	1884	0.3	35770	X-RAY DIFFRACTION	89.5394
1.286-1.328	0.292	1805	0.289	35051	X-RAY DIFFRACTION	90.2891
1.328-1.374	0.276	1790	0.267	34177	X-RAY DIFFRACTION	91.035
1.374-1.426	0.274	1744	0.257	32796	X-RAY DIFFRACTION	91.0313
1.426-1.485	0.251	1712	0.236	31795	X-RAY DIFFRACTION	91.357
1.485-1.551	0.25	1607	0.227	30042	X-RAY DIFFRACTION	90.0424
1.551-1.626	0.236	1546	0.214	28315	X-RAY DIFFRACTION	88.8932
1.626-1.714	0.248	1388	0.21	26408	X-RAY DIFFRACTION	87.2853
1.714-1.818	0.225	1300	0.199	24561	X-RAY DIFFRACTION	85.3752
1.818-1.944	0.225	1089	0.196	21887	X-RAY DIFFRACTION	81.0412
1.944-2.099	0.22	1061	0.191	20002	X-RAY DIFFRACTION	79.6996
2.099-2.299	0.209	944	0.175	17881	X-RAY DIFFRACTION	77.5361
2.299-2.571	0.19	890	0.157	16660	X-RAY DIFFRACTION	79.8526
2.571-2.968	0.183	744	0.152	15276	X-RAY DIFFRACTION	82.6881
2.968-3.634	0.171	710	0.153	13367	X-RAY DIFFRACTION	86.0295
3.634-5.136	0.165	567	0.148	10924	X-RAY DIFFRACTION	90.8667
5.136-68.9	0.197	373	0.188	6244	X-RAY DIFFRACTION	95.8291

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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