PDB-6t92: NAD+-dependent fungal formate dehydrogenase from Chaetomium therm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t92

タイトル

NAD+-dependent fungal formate dehydrogenase from Chaetomium thermophilum: A complex of N120C mutant protein with the reduced form of the cofactor NADH and the substrate formate at a secondary site.

要素

Formate dehydrogenase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / NAD+

機能・相同性

機能・相同性情報

formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.12 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / Yelmazer, B. / De Rose, S.A. / Littlechild, J.A.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the NAD + -dependent formate dehydrogenase mechanism revealed from the NADH complex and the formate NAD + ternary complex of the Chaetomium thermophilum enzyme.
著者: Yilmazer, B. / Isupov, M.N. / De Rose, S.A. / Bulut, H. / Benninghoff, J.C. / Binay, B. / Littlechild, J.A.

履歴

登録	2019年10月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t92.cif.gz	616.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t92.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t92.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6t92_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t92_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	6t92_validation.xml.gz	75 KB	表示
CIF形式データ	6t92_validation.cif.gz	113.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/6t92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/6t92	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t8yC 6t8zC 6t94C 5dnaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t8y-2 6t94-1 4gmg-2 6t8y-1 4r5m-d 5kvq-d 6bfq-2 6t8z-2 6i5z-1 5e70-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Formate dehydrogenase

BBB: Formate dehydrogenase

CCC: Formate dehydrogenase

DDD: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

186 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Formate dehydrogenase

BBB: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: Formate dehydrogenase

DDD: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.731, 94.606, 94.614
Angle α, β, γ (deg.)	85.627, 89.880, 81.618
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	2	Chains A C
3	3	Chains A D
4	4	Chains B C
5	5	Chains B D
6	6	Chains C D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Formate dehydrogenase / FDH / NAD-dependent formate dehydrogenase 分子量: 45630.441 Da / 分子数: 4 / 変異: N120C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: FDH, CTHT_0067590 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGU4, formate dehydrogenase

#1: タンパク質

Formate dehydrogenase / FDH / NAD-dependent formate dehydrogenase

分子量: 45630.441 Da / 分子数: 4 / 変異: N120C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: FDH, CTHT_0067590 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGU4, formate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 1781分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1759 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 7.5, 10 % w/v PEG 1000, 10 % w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.12→63.93 Å / Num. obs: 548213 / % possible obs: 82.1 % / 冗長度: 1.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.7 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 1.12→1.14 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 17604 / CC_1/2: 0.291 / % possible all: 53.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5dna

5dna

解像度: 1.12→63.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2276	27331	4.985 %
R_work	0.2069	-	-
all	0.208	-	-
obs	-	548212	82.101 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.109 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.172 Å²	-0.052 Å²	-0.041 Å²
2-	-	0.793 Å²	0.069 Å²
3-	-	-	-0.651 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.12→63.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11503	0	256	1759	13518

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	12784
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	12225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.92	1.675	17408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.339	1.598	28432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.819	5	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.156	21.193	729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.08	15	2342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.201	15	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.02	14492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.032	0.02	2787
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	2489
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	11279
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	5909
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	5422
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.253	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.248	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.135	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.013	4.412	6156
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.013	4.412	6157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.785	7.457	7749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.785	7.458	7750
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.963	5.216	6628
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.963	5.217	6629
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.084	8.422	9551
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.083	8.423	9552
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.112	23.691	14892
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.113	23.692	14893
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.066	0.05	12339
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.066	0.05	12351
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.063	0.05	12479
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.069	0.05	12449
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.074	0.05	12353
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.072	0.05	12317

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.12-1.149	0.349	1421	0.354	26518	X-RAY DIFFRACTION	56.5224
1.149-1.181	0.355	1839	0.348	34471	X-RAY DIFFRACTION	75.2913
1.181-1.215	0.336	1850	0.333	36830	X-RAY DIFFRACTION	82.745
1.215-1.252	0.33	1935	0.317	37123	X-RAY DIFFRACTION	85.9797
1.252-1.293	0.306	1966	0.303	36963	X-RAY DIFFRACTION	88.0667
1.293-1.339	0.303	1822	0.293	36070	X-RAY DIFFRACTION	88.9066
1.339-1.389	0.287	1873	0.272	35001	X-RAY DIFFRACTION	89.709
1.389-1.446	0.258	1761	0.253	33680	X-RAY DIFFRACTION	89.4117
1.446-1.51	0.251	1707	0.23	31630	X-RAY DIFFRACTION	87.8677
1.51-1.584	0.244	1619	0.22	29784	X-RAY DIFFRACTION	86.5406
1.584-1.669	0.219	1464	0.197	27651	X-RAY DIFFRACTION	84.4721
1.669-1.771	0.23	1374	0.194	25958	X-RAY DIFFRACTION	83.8174
1.771-1.893	0.223	1195	0.191	23532	X-RAY DIFFRACTION	80.4653
1.893-2.044	0.213	1123	0.189	21724	X-RAY DIFFRACTION	80.0778
2.044-2.24	0.211	1013	0.182	19165	X-RAY DIFFRACTION	76.8569
2.24-2.504	0.196	953	0.169	17594	X-RAY DIFFRACTION	78.1025
2.504-2.891	0.202	760	0.169	15715	X-RAY DIFFRACTION	78.7223
2.891-3.54	0.187	709	0.174	13820	X-RAY DIFFRACTION	82.2474
3.54-5.002	0.199	562	0.167	11146	X-RAY DIFFRACTION	85.6036
5.002-63.93	0.185	385	0.19	6506	X-RAY DIFFRACTION	91.8678

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

-
非ポリマー , 5種, 1781分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

-非ポリマー , 5種, 1781分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

-
非ポリマー , 5種, 1781分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)