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- PDB-6t8x: Crystal structure of MAPKAPK2 (MK2) complexed with PF-3644022 and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t8x
タイトルCrystal structure of MAPKAPK2 (MK2) complexed with PF-3644022 and 5-(4-bromophenyl)-N-[4-(1-piperazinyl)phenyl]-N-(2-pyridinylmethyl)-2-furancarboxamide
要素MAP kinase-activated protein kinase 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / kinase / non-ATP competitive inhibitor / type4
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / macropinocytosis / CREB phosphorylation / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity ...calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / macropinocytosis / CREB phosphorylation / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of interleukin-6 production / mitogen-activated protein kinase binding / positive regulation of macrophage cytokine production / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / toll-like receptor signaling pathway / p38MAPK cascade / inner ear development / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of cellular response to heat / p38MAPK events / regulation of mRNA stability / response to cytokine / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Regulation of TNFR1 signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of tumor necrosis factor production / MAPK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / Oxidative Stress Induced Senescence / response to lipopolysaccharide / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / ciliary basal body / protein phosphorylation / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B97 / Chem-MW8 / MAP kinase-activated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Beaumont, E.J. / Barker, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of MAPKAPK2 (MK2) complexed with PF-3644022 and 5-(4-bromophenyl)-N-[4-(1-piperazinyl)phenyl]-N-(2-pyridinylmethyl)-2-furancarboxamide
著者: Beaumont, E.J. / Barker, J.
履歴
登録2019年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: MAP kinase-activated protein kinase 2
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
D: MAP kinase-activated protein kinase 2
E: MAP kinase-activated protein kinase 2
F: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,43824
ポリマ－220,8746
非ポリマー5,56418
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16380 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area76410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.531, 287.339, 148.407
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
MAP kinase-activated protein kinase 2 / MK2


分子量: 36812.258 Da / 分子数: 6 / 変異: T222E, T334E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: B97 and 5-(4-bromophenyl)-N-[4-(1-piperazinyl)phenyl]-N-(2-pyridinylmethyl)-2-furancarboxamide
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPKAPK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P49137, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-B97 / (10R)-10-methyl-3-(6-methylpyridin-3-yl)-9,10,11,12-tetrahydro-8H-[1,4]diazepino[5',6':4,5]thieno[3,2-f]quinolin-8-one / PF-3644022


分子量: 374.459 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18N4OS
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-MW8 / 5-(4-bromophenyl)-~{N}-(4-piperazin-1-ylphenyl)-~{N}-(pyridin-2-ylmethyl)furan-2-carboxamide


分子量: 517.417 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H25BrN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.3M NaMalonate, 0.1M Hepes pH6.0, 0.5% jeffamine ED2003

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→143.67 Å / Num. obs: 68678 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.81→2.88 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.495 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 28351 / CC1/2: 0.668 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (3-OCT-2019)精密化
xia2データ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NY3

1ny3


解像度: 2.81→120 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU R Cruickshank DPI: 0.66 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.603 / SU Rfree Blow DPI: 0.302 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.312
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2472 3441 5.02 %RANDOM
Rwork0.2277 ---
obs0.2287 68521 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 146.62 Å2 / Biso mean: 92.85 Å2 / Biso min: 59.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--31.8877 Å20 Å20 Å2
2--26.9223 Å20 Å2
3---4.9654 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.81→120 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13480 0 372 35 13887
Biso mean--107.34 74.07 -
残基数----1664
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4973SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2460HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14195HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1784SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10382SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d14195HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg19183HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.84
LS精密化 シェル解像度: 2.81→3 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3435 60 4.38 %
Rwork0.2808 1311 -
all0.2836 1371 -
obs--99.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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