PDB-6t8v: Complement factor B in complex with (S)-5,7-Dimethyl-4-((2-phenyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t8v

タイトル

Complement factor B in complex with (S)-5,7-Dimethyl-4-((2-phenylpiperidin-1-yl)methyl)-1H-indole

要素

Complement factor B

キーワード

HYDROLASE / Complement immune / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / complement binding / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / blood microparticle / serine-type endopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Mainolfi, N. / Ehara, T. / Karki, R.G. / Anderson, K. / Mac Sweeney, A. / Wiesmann, C. / Adams, C. / Mainolfi, N. / Liao, S.-M. / Argikar, U.A. ...

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of 4-((2S,4S)-4-Ethoxy-1-((5-methoxy-7-methyl-1H-indol-4-yl)methyl)piperidin-2-yl)benzoic Acid (LNP023), a Factor B Inhibitor Specifically Designed To Be Applicable to ...
著者: Mainolfi, N. / Ehara, T. / Karki, R.G. / Anderson, K. / Mac Sweeney, A. / Liao, S.M. / Argikar, U.A. / Jendza, K. / Zhang, C. / Powers, J. / Klosowski, D.W. / Crowley, M. / Kawanami, T. / ...

履歴

登録	2019年10月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t8v.cif.gz	132.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t8v.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6t8v_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t8v_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6t8v_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	6t8v_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/6t8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/6t8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t8uC 6t8wC 1dleS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t8w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (5) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Complement factor B

BBB: Complement factor B

ヘテロ分子

67.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Complement factor B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Complement factor B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.652, 97.487, 61.975
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.465, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

#1: タンパク質	Complement factor B / C3/C5 convertase / Glycine-rich beta glycoprotein / GBG / PBF2 / Properdin factor B 分子量: 32955.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFB, BF, BFD 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: P00751, alternative-complement-pathway C3/C5 convertase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MVK / 4-[(2~{S})-1-[(5,7-dimethyl-1~{H}-indol-4-yl)methyl]piperidin-2-yl]benzoic acid 分子量: 362.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₆N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1M HEPES PH 7.5, 5 mM inhibitor

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→60.92 Å / Num. obs: 28558 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.102 / R_rim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 12.22
反射シェル	解像度: 2.29→2.36 Å / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.16 / Num. unique obs: 2476 / R_rim(I) all: 0.45 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DLE

1dle

解像度: 2.29→48.743 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 7.086 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.245 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2539	1428	5.001 %
R_work	0.2023	-	-
all	0.205	-	-
obs	-	28552	99.153 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.576 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.018 Å²	0 Å²	-0.072 Å²
2-	-	0.076 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→48.743 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4402	0	81	109	4592

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4636
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.497	1.663	6294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.6	5	571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.667	22.533	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.529	15	789
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.513	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3484
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	3073
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.013	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.224	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.047	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.993	2.318	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.291	3.46	2821
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.86	2.605	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.432	3.769	3467
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.7	30.223	6621
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.108	0.05	8353

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.29-2.349	0.337	103	0.26	1951	0.264	2101	0.858	0.884	97.763	0.228
2.349-2.414	0.318	102	0.25	1947	0.253	2072	0.83	0.884	98.89	0.223
2.414-2.484	0.318	100	0.247	1897	0.25	2024	0.837	0.875	98.666	0.219
2.484-2.56	0.308	96	0.237	1821	0.24	1939	0.857	0.891	98.8654	0.213
2.56-2.643	0.3	93	0.229	1768	0.232	1866	0.856	0.896	99.732	0.204
2.643-2.736	0.331	92	0.224	1749	0.229	1848	0.869	0.904	99.6212	0.206
2.736-2.839	0.272	87	0.21	1650	0.213	1740	0.888	0.917	99.8276	0.195
2.839-2.954	0.285	86	0.213	1633	0.216	1720	0.888	0.916	99.9419	0.201
2.954-3.085	0.25	81	0.211	1555	0.213	1638	0.893	0.916	99.8779	0.2
3.085-3.235	0.273	79	0.204	1485	0.208	1567	0.896	0.925	99.8085	0.2
3.235-3.409	0.233	74	0.207	1418	0.208	1495	0.93	0.937	99.7993	0.205
3.409-3.615	0.253	70	0.21	1325	0.212	1398	0.928	0.937	99.7854	0.21
3.615-3.863	0.273	64	0.203	1216	0.207	1330	0.914	0.946	96.2406	0.198
3.863-4.17	0.208	61	0.164	1152	0.166	1222	0.95	0.961	99.2635	0.169
4.17-4.565	0.164	57	0.146	1084	0.147	1144	0.974	0.973	99.7378	0.155
4.565-5.098	0.162	51	0.151	974	0.151	1032	0.963	0.969	99.3217	0.164
5.098-5.876	0.233	44	0.163	846	0.166	900	0.936	0.955	98.8889	0.173
5.876-7.171	0.23	40	0.175	741	0.177	783	0.939	0.958	99.7446	0.188
7.171-10.034	0.201	30	0.182	576	0.183	610	0.958	0.957	99.3443	0.206
10.034-48.743	0.296	18	0.261	336	0.263	364	0.937	0.923	97.2527	0.285

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関連情報:EMDBヘッダ

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