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万見
- PDB-6t7v: KEAP1 IN COMPLEX WITH PEPTIDE 8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t7v
タイトルKEAP1 IN COMPLEX WITH PEPTIDE 8
要素
  • Kelch-like ECH-associated protein 1
  • LEU-ASP-PRO-GLU-THR-GLY-GLU-PHE-LEU
キーワードTRANSCRIPTION / KEAP1 / UBIQUITINYLATION / INRF2 / KIAA0132 / KLHL19 / PROTEROS BIOSTRUCTURES GMBH
機能・相同性
機能・相同性情報


response to sodium arsenite / positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / integrated stress response signaling / Regulation of HMOX1 expression and activity / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / positive regulation of ERAD pathway / PERK-mediated unfolded protein response ...response to sodium arsenite / positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / integrated stress response signaling / Regulation of HMOX1 expression and activity / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / positive regulation of ERAD pathway / PERK-mediated unfolded protein response / regulation of removal of superoxide radicals / regulation of cellular response to oxidative stress / cellular response to laminar fluid shear stress / regulation of epidermal cell differentiation / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / mediator complex / cellular response to fluid shear stress / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / cellular response to methionine / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / response to caloric restriction / Regulation of NFE2L2 gene expression / Nuclear events mediated by NFE2L2 / digestive tract development / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of response to oxidative stress / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / regulation of innate immune response / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of ferroptosis / cellular response to angiotensin / regulation of embryonic development / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / T cell differentiation / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / positive regulation of blood coagulation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / transcription regulator inhibitor activity / cellular response to glucose starvation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / endoplasmic reticulum unfolded protein response / inclusion body / reactive oxygen species metabolic process / cellular response to interleukin-4 / cell redox homeostasis / cellular response to copper ion / response to ischemia / positive regulation of D-glucose import across plasma membrane / transcription coregulator binding / regulation of autophagy / actin filament / Heme signaling / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of neuron projection development / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / protein-DNA complex / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / centriolar satellite / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of angiogenesis / disordered domain specific binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / midbody / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to hypoxia / sequence-specific DNA binding / gene expression / Potential therapeutics for SARS / in utero embryonic development / ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Ub-specific processing proteases / transcription cis-regulatory region binding / ciliary basal body / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / inflammatory response / protein domain specific binding / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / centrosome / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin
類似検索 - 分子機能
: / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch ...: / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Kelch repeat type 1 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Kelch-like ECH-associated protein 1 / Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Colarusso, S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Optimization of linear and cyclic peptide inhibitors of KEAP1-NRF2 protein-protein interaction.
著者: Colarusso, S. / De Simone, D. / Frattarelli, T. / Andreini, M. / Cerretani, M. / Missineo, A. / Moretti, D. / Tambone, S. / Kempf, G. / Augustin, M. / Steinbacher, S. / Munoz-Sanjuan, I. / ...著者: Colarusso, S. / De Simone, D. / Frattarelli, T. / Andreini, M. / Cerretani, M. / Missineo, A. / Moretti, D. / Tambone, S. / Kempf, G. / Augustin, M. / Steinbacher, S. / Munoz-Sanjuan, I. / Park, L. / Summa, V. / Tomei, L. / Bresciani, A. / Dominguez, C. / Toledo-Sherman, L. / Bianchi, E.
履歴
登録2019年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
I: LEU-ASP-PRO-GLU-THR-GLY-GLU-PHE-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0313
ポリマ－32,9722
非ポリマー591
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area12070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.430, 75.430, 114.497
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-843-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 31951.773 Da / 分子数: 1 / 断片: KELCH DOMAIN, RESIDUES 321-609 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: タンパク質・ペプチド LEU-ASP-PRO-GLU-THR-GLY-GLU-PHE-LEU


分子量: 1020.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16236*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→65.32 Å / Num. obs: 11370 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 17.77
反射 シェル解像度: 2.6→2.81 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Num. unique obs: 2311 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→65.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 13.948 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.749 / ESU R Free: 0.351
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 786 6.9 %RANDOM
Rwork0.2017 ---
obs0.2069 10584 94.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.32 Å2 / Biso mean: 46.894 Å2 / Biso min: 26.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.17 Å2-1.08 Å20 Å2
2---2.17 Å20 Å2
3---3.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→65.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2257 0 4 73 2334
Biso mean--46.7 44.39 -
残基数----294
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192314
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1331.9393150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96133674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.715292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.65522.636110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.3915338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3121522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02514
LS精密化 シェル解像度: 2.601→2.669 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 59 -
Rwork0.331 700 -
obs--94.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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