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- PDB-6t7p: human plasmakallikrein protease domain in complex with active sit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t7p
タイトルhuman plasmakallikrein protease domain in complex with active site directed inhibitor
要素Plasma kallikrein
キーワードHYDROLASE / S1 protease / serine protease / structure-based drug design / active site directed inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma kallikrein / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / positive regulation of fibrinolysis / zymogen activation / plasminogen activation / Defective factor XII causes hereditary angioedema / Activation of Matrix Metalloproteinases / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation ...plasma kallikrein / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / positive regulation of fibrinolysis / zymogen activation / plasminogen activation / Defective factor XII causes hereditary angioedema / Activation of Matrix Metalloproteinases / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. ...Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Chem-MU8 / PHOSPHATE ION / Plasma kallikrein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.416 Å
データ登録者Renatus, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-Based Design and Preclinical Characterization of Selective and Orally Bioavailable Factor XIa Inhibitors: Demonstrating the Power of an Integrated S1 Protease Family Approach.
著者: Lorthiois, E. / Roache, J. / Barnes-Seeman, D. / Altmann, E. / Hassiepen, U. / Turner, G. / Duvadie, R. / Hornak, V. / Karki, R.G. / Schiering, N. / Weihofen, W.A. / Perruccio, F. / Calhoun, ...著者: Lorthiois, E. / Roache, J. / Barnes-Seeman, D. / Altmann, E. / Hassiepen, U. / Turner, G. / Duvadie, R. / Hornak, V. / Karki, R.G. / Schiering, N. / Weihofen, W.A. / Perruccio, F. / Calhoun, A. / Fazal, T. / Dedic, D. / Durand, C. / Dussauge, S. / Fettis, K. / Tritsch, F. / Dentel, C. / Druet, A. / Liu, D. / Kirman, L. / Lachal, J. / Namoto, K. / Bevan, D. / Mo, R. / Monnet, G. / Muller, L. / Zessis, R. / Huang, X. / Lindsley, L. / Currie, T. / Chiu, Y.H. / Fridrich, C. / Delgado, P. / Wang, S. / Hollis-Symynkywicz, M. / Berghausen, J. / Williams, E. / Liu, H. / Liang, G. / Kim, H. / Hoffmann, P. / Hein, A. / Ramage, P. / D'Arcy, A. / Harlfinger, S. / Renatus, M. / Ruedisser, S. / Feldman, D. / Elliott, J. / Sedrani, R. / Maibaum, J. / Adams, C.M.
履歴
登録2019年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasma kallikrein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,92515
ポリマ－27,1871
非ポリマー1,73814
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area11640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.100, 59.150, 86.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Plasma kallikrein / Fletcher factor / Kininogenin / Plasma prekallikrein / PKK


分子量: 27186.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLKB1, KLK3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 Rosetta / 参照: UniProt: P03952, plasma kallikrein

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非ポリマー , 6種, 281分子

#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MU8 / (2~{S},4~{R})-1-[[(3~{S})-3-azanyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-6-yl]carbonyl]-~{N}-(3-chlorophenyl)-4-phenyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 461.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H24ClN3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG10000, 200 mM Sodium phosphate (monobasic), corresponds to Nextal condition #87 from PEG series

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.416→37.126 Å / Num. obs: 56111 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.416→1.421 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1920 / CC1/2: 0.847 / Rpim(I) all: 0.417 / Rrim(I) all: 0.639 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP8.2.01位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2any

2any


解像度: 1.416→37.126 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1878 2807 5 %
Rwork0.1524 --
obs0.1542 56101 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.47 Å2 / Biso mean: 24.8591 Å2 / Biso min: 4.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.416→37.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1877 0 116 268 2261
Biso mean--38.86 35.94 -
残基数----237
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.416-1.440.25481340.2166250294
1.4402-1.46640.22981390.2028264299
1.4664-1.49460.28061390.19252643100
1.4946-1.52510.26371390.19882654100
1.5251-1.55830.23621390.19112640100
1.5583-1.59450.21871400.16792677100
1.5945-1.63440.2231430.15812668100
1.6344-1.67860.20921400.14422638100
1.6786-1.7280.18771400.14062677100
1.728-1.78370.16641390.14082654100
1.7837-1.84750.1891400.1407265599
1.8475-1.92150.17571400.1399263999
1.9215-2.00890.17181390.1363264499
2.0089-2.11480.18011410.1353267999
2.1148-2.24730.18321390.1419264299
2.2473-2.42080.16261400.145269099
2.4208-2.66430.19891410.1566269799
2.6643-3.04970.19071430.1645271799
3.0497-3.84170.18631440.1447273799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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