PDB-6t76: PII-like protein CutA from Nostoc sp. PCC 7120 in apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t76

タイトル

PII-like protein CutA from Nostoc sp. PCC 7120 in apo form

要素

Periplasmic divalent cation tolerance protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / CutA / PII-like / cyanobacteria

機能・相同性

Divalent ion tolerance protein, CutA / CutA1 divalent ion tolerance protein / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / response to metal ion / copper ion binding / Periplasmic divalent cation tolerance protein

機能・相同性情報

生物種

Nostoc sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Selim, K.A. / Albrecht, R. / Forchhammer, K. / Hartmann, M.D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Functional and structural characterization of PII-like protein CutA does not support involvement in heavy metal tolerance and hints at a small-molecule carrying/signaling role.
著者: Selim, K.A. / Tremino, L. / Marco-Marin, C. / Alva, V. / Espinosa, J. / Contreras, A. / Hartmann, M.D. / Forchhammer, K. / Rubio, V.

履歴

登録	2019年10月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2021年6月2日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / struct_conf / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _entity_poly.pdbx_strand_id / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_asym_id
改定 2.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t76.cif.gz	447.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t76.ent.gz	363 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/6t76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/6t76	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6gduC 6gdvC 6gdwC 6gdxC 6t7eC 1v6hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nyp-1 4nyp-2 3aa8-d 1umj-3 4c3k-1 4nyo-1 3ah6-2 2hes-d 5utr-2 1j2v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Periplasmic divalent cation tolerance protein

B: Periplasmic divalent cation tolerance protein

C: Periplasmic divalent cation tolerance protein

D: Periplasmic divalent cation tolerance protein

E: Periplasmic divalent cation tolerance protein

F: Periplasmic divalent cation tolerance protein

ヘテロ分子

80.1 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Periplasmic divalent cation tolerance protein

B: Periplasmic divalent cation tolerance protein

D: Periplasmic divalent cation tolerance protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
40 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Periplasmic divalent cation tolerance protein

E: Periplasmic divalent cation tolerance protein

F: Periplasmic divalent cation tolerance protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.133, 90.694, 93.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	2	Chains A C
3	3	Chains A D
4	4	Chains A E
5	5	Chains A F
6	6	Chains B C
7	7	Chains B D
8	8	Chains B E
9	9	Chains B F
10	10	Chains C D
11	11	Chains C E
12	12	Chains C F
13	13	Chains D E
14	14	Chains D F
15	15	Chains E F

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Periplasmic divalent cation tolerance protein 分子量: 13240.209 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr7093 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: Q8YL42
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.63 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 2 M Ammonium sulphate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→46.854 Å / Num. obs: 42415 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.55 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/av σ(I): 37.74 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 6.34 % / Num. unique obs: 6637 / CC_1/2: 0.749 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049 2013/06/30	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1V6H

1v6h

解像度: 1.9→46.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 11.116 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.154 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2258	2121	-
R_work	0.1985	-	-
all	0.2	-	-
obs	-	42404	99.629 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.226 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.653 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.879 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4901	0	35	102	5038

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	5032
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	4795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.801	1.973	6844
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.591	3	11048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.716	5	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.078	24.591	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.797	15	876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.127	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	5513
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	977
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	4715
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.13	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.33	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.341	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.237	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.115	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.773	2.03	2466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.768	2.029	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.489	3.029	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.489	3.03	3073
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.365	2.568	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.35	2.565	2563
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.053	3.687	3772
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.038	3.684	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.638	17.797	5435
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.624	17.727	5421
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.1	0.05	6042
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.079	0.05	6126
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.072	0.05	6098
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.099	0.05	6126
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.078	0.05	5924
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.086	0.05	5987
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.091	0.05	5892
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.094	0.05	6069
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.075	0.05	5865
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.074	0.05	6086
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.077	0.05	6137
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.073	0.05	5924
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.083	0.05	5979
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.063	0.05	5953
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.082	0.05	5835

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.898-1.947	0.352	148	0.385	2811	3099	95.4824	0.371
1.947-2	0.35	151	0.332	2858	3012	99.9004	0.307
2-2.058	0.34	145	0.294	2759	2908	99.8624	0.264
2.058-2.122	0.3	144	0.264	2732	2877	99.9652	0.231
2.122-2.191	0.291	139	0.232	2640	2779	100	0.203
2.191-2.268	0.247	134	0.211	2551	2685	100	0.182
2.268-2.353	0.236	129	0.203	2459	2588	100	0.172
2.353-2.449	0.236	126	0.21	2392	2518	100	0.176
2.449-2.558	0.229	120	0.196	2273	2394	99.9582	0.164
2.558-2.682	0.223	116	0.183	2205	2321	100	0.156
2.682-2.827	0.265	109	0.198	2078	2187	100	0.167
2.827-2.997	0.232	104	0.199	1974	2078	100	0.173
2.997-3.203	0.226	98	0.191	1864	1962	100	0.167
3.203-3.459	0.237	92	0.187	1753	1845	100	0.168
3.459-3.787	0.188	85	0.175	1608	1694	99.941	0.161
3.787-4.23	0.148	77	0.158	1460	1537	100	0.15
4.23-4.878	0.159	69	0.129	1312	1381	100	0.132
4.878-5.958	0.247	59	0.195	1120	1179	100	0.188
5.958-8.359	0.21	47	0.221	887	936	99.7863	0.215
8.359-46.854	0.228	29	0.223	548	579	99.6546	0.248

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1683	0.3366	0.0879	1.9445	0.1371	1.8195	0.0386	-0.2592	-0.0215	0.3234	-0.0606	0.1471	0.0057	-0.0031	0.0221	0.0601	0.0082	0.0251	0.0761	-0.0026	0.0938	-6.6883	1.9171	-5.8586
2	2.0667	-0.7556	0.4235	2.2774	0.0313	1.9346	-0.0106	0.0572	-0.2967	-0.0621	-0.0194	0.2608	0.1698	-0.1048	0.03	0.0219	-0.0125	0.0168	0.0309	-0.0359	0.1433	-7.7756	-4.1875	-25.1854
3	2.5345	-0.3504	-0.1488	2.227	-0.9452	1.4619	0.109	-0.0537	0.2234	0.0153	0.0063	-0.1067	-0.3227	0.43	-0.1153	0.0953	-0.1284	0.0361	0.1776	-0.056	0.2553	21.38	16.6365	-23.2971
4	2.4868	-0.0939	-0.1954	3.2006	-0.5235	0.4271	0.0625	0.0493	0.1899	0.0458	-0.0486	0.0738	-0.1436	-0.0504	-0.0139	0.0569	0.0192	-0.0097	0.0195	0.011	0.0863	-8.0625	15.3713	-20.9309
5	2.611	-0.939	0.588	3.0901	-0.2068	1.0399	0.0872	0.2529	-0.1908	-0.3016	-0.0622	-0.116	0.1078	0.2101	-0.025	0.0439	0.0241	0.0375	0.1175	-0.045	0.1651	22.0894	-3.4314	-26.387
6	3.0633	0.3709	0.2116	1.9671	0.1939	2.3975	0.0357	-0.371	0.0263	0.4419	-0.0374	-0.1554	-0.0121	0.1323	0.0017	0.1062	0.0148	-0.0312	0.1486	-0.0101	0.1579	23.0284	4.1616	-7.9779

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	1 - 202	1 - 200
2	2	B	B	1 - 104	1 - 200
3	3	C	C	1 - 200	1 - 200
4	4	D	D	1 - 200	1 - 200
5	5	E	E	1 - 200	1 - 201
6	6	F	F	1 - 200	1 - 200

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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