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- PDB-6t6c: Complex with chitin oligomer of C-type lysozyme from the upper ga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t6c
タイトルComplex with chitin oligomer of C-type lysozyme from the upper gastrointestinal tract of Opisthocomus hoatzin
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / C-type lysoyme / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Opisthocomus hoazin (ツメバケイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Taylor, E.J. / Skjot, M. / Skov, L.K. / Klausen, M. / De Maria, L. / Gippert, G.P. / Turkenburg, J.P. / Davies, G.J. / Wilson, K.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Royal Society 英国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: The C-Type Lysozyme from the upper Gastrointestinal Tract of Opisthocomus hoatzin, the Stinkbird.
著者: Taylor, E.J. / Skjot, M. / Skov, L.K. / Klausen, M. / De Maria, L. / Gippert, G.P. / Turkenburg, J.P. / Davies, G.J. / Wilson, K.S.
履歴
登録2019年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年11月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12020年9月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.title
改定 3.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3813
ポリマ－14,5151
非ポリマー8662
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area530 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.051, 55.008, 65.829
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C


分子量: 14515.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: E35A mutant Insertion KR between E1 and I2
由来: (組換発現) Opisthocomus hoazin (ツメバケイ)
遺伝子: LYZ / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: Q91159, lysozyme
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 830.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.1 M Citric acid pH 3.5, 3.0 M Sodium chloride, Hampton research INDEX screen no 7.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→42.247 Å / Num. obs: 38043 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.882 / Num. unique obs: 1893 / CC1/2: 0.535

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6T5S

6t5s


解像度: 1.25→42.247 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / WRfactor Rfree: 0.134 / WRfactor Rwork: 0.111 / Average fsc free: 0.9712 / Average fsc work: 0.9763 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.034 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1343 1886 4.969 %
Rwork0.1078 36067 -
all0.109 --
obs-37953 99.905 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 12.994 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å2-0 Å2
2---0.235 Å20 Å2
3---0.025 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→42.247 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1016 0 58 205 1279
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0131243
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0181041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1911.7071714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.2821.6552455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4065157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.8423.76869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.24615197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.047156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1640.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0180.02268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2340.2977
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.2576
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.120.2515
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2680.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0690.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2630.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2740.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2880.904586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2510.902585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.691.367757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7441.368758
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4641.375657
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4641.377658
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9511.932957
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9491.935958
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.27413.9421469
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.86912.6551415
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr14.05232284
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.2820.2261320.1952628X-RAY DIFFRACTION99.2449
1.282-1.3180.2061350.1712562X-RAY DIFFRACTION100
1.318-1.3560.1671450.1292458X-RAY DIFFRACTION99.9616
1.356-1.3970.1541210.1062434X-RAY DIFFRACTION100
1.397-1.4430.1511050.0992355X-RAY DIFFRACTION99.9594
1.443-1.4940.1181040.0852300X-RAY DIFFRACTION100
1.494-1.550.1181220.0832201X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.6140.1061030.0762149X-RAY DIFFRACTION99.9556
1.614-1.6850.0951010.0752024X-RAY DIFFRACTION100
1.685-1.7670.1041180.0771941X-RAY DIFFRACTION100
1.767-1.8630.111060.0841848X-RAY DIFFRACTION100
1.863-1.9760.099940.0791762X-RAY DIFFRACTION100
1.976-2.1120.122970.0821657X-RAY DIFFRACTION99.943
2.112-2.2810.124770.0921563X-RAY DIFFRACTION100
2.281-2.4990.122810.0971430X-RAY DIFFRACTION100
2.499-2.7930.14590.1081324X-RAY DIFFRACTION100
2.793-3.2240.126690.1151156X-RAY DIFFRACTION100
3.224-3.9460.119500.1111005X-RAY DIFFRACTION100
3.946-5.5710.175400.139796X-RAY DIFFRACTION100
5.571-42.2470.223270.24474X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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