PDB-6t5w: Cationic Trypsin in Complex with a D-Phe-Pro-p-aminopyridine Deri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t5w

タイトル

Cationic Trypsin in Complex with a D-Phe-Pro-p-aminopyridine Derivative (cocrystallizaton at 291 K)

要素

Cationic Trypsin

キーワード

HYDROLASE / PROTEASE / SERINE PROTEASE / DIGESTION / METAL ION BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.13 Å

データ登録者

Ngo, K. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Protein-Induced Change in Ligand Protonation during Trypsin and Thrombin Binding: Hint on Differences in Selectivity Determinants of Both Proteins?
著者: Ngo, K. / Collins-Kautz, C. / Gerstenecker, S. / Wagner, B. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年10月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t5w.cif.gz	165.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t5w.ent.gz	113.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t5w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t5w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hsxC 6sy3C 6t0mC 6t0pC 6t3qC 6t4aC 6tdtC 5mnkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1o39-d 1tng-d 6sy3-d 1tnl-d 1utq-d 1auj-d 1o2n-d 3t27-d 2zfs-d 3atl-d 1gbt-d 1o2r-d 1c2d-d 3atk-d 2fx4-d 1ql7-d 5gib-2 3m35-d 3mi4-d 1o3d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cationic Trypsin

ヘテロ分子

26.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.019, 56.845, 66.155
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Cationic Trypsin 分子量: 25806.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin

-
非ポリマー , 5種, 205分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-J5K / (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-phenyl-propanoyl]-~{N}-[(6-azanylpyridin-3-yl)methyl]pyrrolidine-2-carboxamide / D-Phe-Pro-p-aminopyridine 分子量: 367.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₅N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M imidazole, 0.1% (w/v) sodium azide, 25% (w/v) PEG8000 PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.128→43.115 Å / Num. obs: 76852 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 11.3 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.058 / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 14.55
反射シェル	解像度: 1.13→1.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / Num. unique obs: 12065 / CC_1/2: 0.836 / R_rim(I) all: 0.539 / R_sym value: 0.48

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MNK

5mnk

解像度: 1.13→43.11 Å / SU ML: 0.0792 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 11.934
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1453	3843	5 %
R_work	0.1278	73009	-
obs	0.1286	76852	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.13→43.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1600	0	37	201	1838

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0053	1771
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.903	2425
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0853	271
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	336
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.4532	659

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.13-1.14	0.1869	127	0.1872	2420	X-RAY DIFFRACTION	90.54
1.14-1.16	0.1916	142	0.1678	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.16-1.17	0.1629	142	0.1632	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.17-1.19	0.2022	139	0.1559	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.19-1.21	0.1592	143	0.1489	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.21-1.23	0.201	141	0.1409	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.23-1.25	0.1457	142	0.1257	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.25-1.27	0.1536	141	0.1294	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.27-1.29	0.1656	141	0.1257	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.32	0.1442	143	0.1192	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.32-1.34	0.1641	141	0.1163	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.37	0.1693	142	0.1126	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.37-1.4	0.1343	142	0.111	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.4-1.44	0.1514	141	0.1039	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.44-1.48	0.1404	143	0.1053	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.48-1.52	0.1223	141	0.1016	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.52-1.57	0.1261	142	0.0982	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.57-1.63	0.1241	144	0.0957	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.63-1.69	0.1128	142	0.0993	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.69-1.77	0.1171	144	0.0962	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.77-1.86	0.1213	143	0.1063	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.86-1.98	0.1444	144	0.1121	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.48
1.98-2.13	0.129	143	0.1146	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.13-2.35	0.1462	145	0.1224	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.35-2.69	0.1495	145	0.1324	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.69-3.38	0.1536	147	0.147	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.29
3.38-43.11	0.1524	153	0.1554	2902	X-RAY DIFFRACTION	99.12

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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