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万見
- PDB-6t5u: KRasG12C ligand complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t5u
タイトルKRasG12C ligand complex
要素V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, isoform CRA_b
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


endocrine signaling / forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / type I pneumocyte differentiation / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants ...endocrine signaling / forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / type I pneumocyte differentiation / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / glial cell proliferation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of glial cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / FRS-mediated FGFR2 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / small monomeric GTPase / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / G protein activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / RAF activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by ERBB2 ECD mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic side of plasma membrane / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / MAPK cascade / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / DAP12 signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Ca2+ pathway / gene expression / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / Ras protein signal transduction / mitochondrial outer membrane / positive regulation of protein phosphorylation / Golgi membrane
類似検索 - 分子機能
small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases ...small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-MKW / V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, isoform CRA_b / GTPase KRas isoform X2 / GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Phillips, C.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-Based Design and Pharmacokinetic Optimization of Covalent Allosteric Inhibitors of the Mutant GTPase KRASG12C.
著者: Kettle, J.G. / Bagal, S.K. / Bickerton, S. / Bodnarchuk, M.S. / Breed, J. / Carbajo, R.J. / Cassar, D.J. / Chakraborty, A. / Cosulich, S. / Cumming, I. / Davies, M. / Eatherton, A. / Evans, L. ...著者: Kettle, J.G. / Bagal, S.K. / Bickerton, S. / Bodnarchuk, M.S. / Breed, J. / Carbajo, R.J. / Cassar, D.J. / Chakraborty, A. / Cosulich, S. / Cumming, I. / Davies, M. / Eatherton, A. / Evans, L. / Feron, L. / Fillery, S. / Gleave, E.S. / Goldberg, F.W. / Harlfinger, S. / Hanson, L. / Howard, M. / Howells, R. / Jackson, A. / Kemmitt, P. / Kingston, J.K. / Lamont, S. / Lewis, H.J. / Li, S. / Liu, L. / Ogg, D. / Phillips, C. / Polanski, R. / Robb, G. / Robinson, D. / Ross, S. / Smith, J.M. / Tonge, M. / Whiteley, R. / Yang, J. / Zhang, L. / Zhao, X.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: KRasG12C ligand complex
著者: Phillips, C.
履歴
登録2019年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02021年2月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.label_entity_id / _cell.Z_PDB / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, isoform CRA_b
B: V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, isoform CRA_b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0488
ポリマ－38,1892
非ポリマー1,8596
水3,027168
1
A: V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, isoform CRA_b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0244
ポリマ－19,0941
非ポリマー9293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, isoform CRA_b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0244
ポリマ－19,0941
非ポリマー9293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.597, 41.084, 65.192
Angle α, β, γ (deg.)78.470, 85.590, 68.140
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, isoform CRA_b


分子量: 19094.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, hCG_14731 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A024RAV5, UniProt: A0A1S2ZE25*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / 参照: UniProt: P01116*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MKW / 1-[(7R)-16-chloro-15-(5-methyl-1H-indazol-4-yl)-9-oxa-2,5,12-triazatetracyclo[8.8.0.02,7.013,18]octadeca-1(10),11,13,15,17-pentaen-5-yl]prop-2-en-1-one


分子量: 461.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24ClN5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 50mM HEPES, 100mM NaCl, 2mM MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→31.94 Å / Num. obs: 28875 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.005 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.72→1.765 Å / Rmerge(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 2168

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 1.72→31.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.459 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2908 1460 4.8 %RANDOM
Rwork0.2373 ---
obs0.2399 28875 90.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.31 Å2 / Biso mean: 34.044 Å2 / Biso min: 9.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å2-0.01 Å2
2---0.05 Å20.02 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→31.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2671 0 124 168 2963
Biso mean--30.28 47.04 -
残基数----335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192876
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1261.9753907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1113.0016143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.225337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.32924.348138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.87915496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3061520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02650
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.765 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.474 123 -
Rwork0.41 2168 -
all-2291 -
obs--90.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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