PDB-6t5s: Apo form of C-type lysozyme from the upper gastrointestinal tract...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t5s

タイトル

Apo form of C-type lysozyme from the upper gastrointestinal tract of Opisthocomus hoatzin

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / C-type lysoyme / glycoside hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Opisthocomus hoazin (ツメバケイ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Taylor, E.J. / Skjot, M. / Skov, L.K. / Klausen, M. / De Maria, L. / Gippert, G.P. / Turkenburg, J.P. / Davies, G.J. / Wilson, K.S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: The C-Type Lysozyme from the upper Gastrointestinal Tract of Opisthocomus hoatzin, the Stinkbird.
著者: Taylor, E.J. / Skjot, M. / Skov, L.K. / Klausen, M. / De Maria, L. / Gippert, G.P. / Turkenburg, J.P. / Davies, G.J. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2019年10月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t5s.cif.gz	105.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t5s.ent.gz	77 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t5s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t5s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t6cC 1gftS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2bqc-d 2bqe-d 6f1o-d 2hee-d 1gb0-d 1gb3-d 4xc2-4 1gfg-d 1i20-d 2med-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.973, 54.895, 65.319
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C 分子量: 14286.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Opisthocomus hoazin (ツメバケイ) 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: Q91159, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 150 nl of protein was mixed with 150 nl of mother liquor solution. Crystals grew in 0.1 M MIB system (malonic acid, imidazole, boric acid) pH 4.0 and 25% Peg 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→42.06 Å / Num. obs: 21950 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / R_merge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1065 / CC_1/2: 0.646

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1gft

1gft

解像度: 1.5→42.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1657	1108	5.06 %
R_work	0.1156	-	-
all	0.118	-	-
obs	-	21899	99.727 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.187 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.046 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.126 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→42.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1000	0	10	211	1221

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.018	926
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.744	1.637	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.429	1.588	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.717	5	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.751	23.968	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.733	15	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.24	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	233
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.223	0.2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	534
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	439
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.266	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.277	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.802	1.228	537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.772	1.226	536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.203	1.863	680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.225	1.864	681
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.7	1.56	559
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.697	1.565	560
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.178	2.224	813
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.176	2.227	814
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.591	17.764	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.589	17.786	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	12.56	3	2022

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.283	78	0.192	1491	X-RAY DIFFRACTION	97.0916
1.539-1.581	0.198	77	0.156	1447	X-RAY DIFFRACTION	99.673
1.581-1.627	0.17	54	0.126	1470	X-RAY DIFFRACTION	100
1.627-1.677	0.179	79	0.105	1395	X-RAY DIFFRACTION	100
1.677-1.732	0.191	79	0.101	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
1.732-1.793	0.163	80	0.099	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
1.793-1.86	0.161	71	0.091	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.936	0.239	70	0.134	1224	X-RAY DIFFRACTION	100
1.936-2.022	0.156	64	0.127	1167	X-RAY DIFFRACTION	100
2.022-2.121	0.16	60	0.092	1128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.121-2.235	0.136	52	0.078	1057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.235-2.371	0.121	56	0.083	1043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.371-2.534	0.148	54	0.091	945	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.534-2.737	0.162	45	0.107	913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.737-2.998	0.138	45	0.112	835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.998-3.351	0.159	39	0.112	754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.351-3.867	0.143	35	0.104	684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.867-4.732	0.176	30	0.119	589	X-RAY DIFFRACTION	100
4.732-6.675	0.183	25	0.195	457	X-RAY DIFFRACTION	100
6.675-42.06	0.18	15	0.206	283	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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