PDB-6t5a: Crystal structure of herpes simplex virus 1 pUL7:pUL51 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t5a

タイトル

Crystal structure of herpes simplex virus 1 pUL7:pUL51 complex

要素

Cytoplasmic envelopment protein 1
Tegument protein UL51

キーワード

VIRAL PROTEIN / CUSTARD / assembly / tegument / HSV-1

機能・相同性

Herpesvirus UL51 / Herpesvirus UL51 protein / Herpesvirus UL7-like / Herpesvirus UL7 like / viral tegument / host cell Golgi apparatus / UL7 / UL51 / Cytoplasmic envelopment protein 1

機能・相同性情報

生物種

Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Butt, B.G. / Graham, S.C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Insights into herpesvirus assembly from the structure of the pUL7:pUL51 complex.
著者: Butt, B.G. / Owen, D.J. / Jeffries, C.M. / Ivanova, L. / Hill, C.H. / Houghton, J.W. / Ahmed, M.F. / Antrobus, R. / Svergun, D.I. / Welch, J.J. / Crump, C.M. / Graham, S.C.

履歴

登録	2019年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t5a.cif.gz	608.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t5a.ent.gz	505.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t5a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6t5a_validation.pdf.gz	495.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t5a_full_validation.pdf.gz	512.3 KB	表示
XML形式データ	6t5a_validation.xml.gz	58 KB	表示
CIF形式データ	6t5a_validation.cif.gz	83.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t5a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6nr7-d 4kh6-d 4jep-d 7bgk-d 7bc3-d 5cdc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.17863/CAM.44914 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.17863/CAM.44914
その他のデータベース	SASBDB: SASDG371:2 heterotrimer of pUL7 and pUL51(8-142) from herpes simplex virus 1 SASBDB: SASDG472:4 heterohexamer of pUL7 and pUL51 from herpes simplex virus 1 SASBDB: SASDG571:2 heterotrimer of pUL7 and pUL51 from herpes simplex virus 1

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tegument protein UL51

B: Tegument protein UL51

C: Tegument protein UL51

D: Tegument protein UL51

E: Cytoplasmic envelopment protein 1

F: Cytoplasmic envelopment protein 1

G: Cytoplasmic envelopment protein 1

H: Cytoplasmic envelopment protein 1

ヘテロ分子

196 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, light scattering, SEC-MALS

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.51, 106.3, 106.01
Angle α, β, γ (deg.)	90, 92.05, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Tegument protein UL51 / UL51 分子量: 14833.134 Da / 分子数: 4 / 変異: C9S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) 遺伝子: UL51, HHV1gp075, hmpv208_0053 / プラスミド: pOPC / 詳細 (発現宿主): Bicistronic expression plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 express lysY Iq / 参照: UniProt: D3YPL0
#2: タンパク質	Cytoplasmic envelopment protein 1 分子量: 33941.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) 遺伝子: UL7, HHV1gp012, hmpv205_0007, hmpv206_0007 / プラスミド: pOPC / 詳細 (発現宿主): Bicistronic expression plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 express lysY Iq / 参照: UniProt: A0A110B4Q7, UniProt: P10191*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 717 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: pUL7:pUL51 complex was crystallized in sitting or hanging drops by mixing 1 uL of 5.3 mg/mL protein with 0.5 uL of 0.5 M benzamidine hydrochloride and 1 uL of reservoir solution containing 0. ...詳細: pUL7:pUL51 complex was crystallized in sitting or hanging drops by mixing 1 uL of 5.3 mg/mL protein with 0.5 uL of 0.5 M benzamidine hydrochloride and 1 uL of reservoir solution containing 0.15 mM sodium citrate pH 5.5, 12% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M NaCl and equilibrating against 200 uL reservoirs at 16 C for at least one week.

結晶

マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 %

結晶化

温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: pUL7:pUL51 complex was crystallized in sitting or hanging drops by mixing 1 uL of 5.3 mg/mL protein with 0.5 uL of 0.5 M benzamidine hydrochloride and 1 uL of reservoir solution containing 0. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→105.9 Å / Num. obs: 154984 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 35.2 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 3.197 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 7654 / CC_1/2: 0.321 / R_pim(I) all: 1.367 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.83→26.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.123 / SU R_free Blow DPI: 0.114 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.115

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	8093	-	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.195	154885	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.235 Å²	0 Å²	0.5304 Å²
2-	-	-2.0871 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1479 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→26.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11692	0	28	717	12437

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0113	-0.0178	-0.1656	0.2464	0.2822	0.4473	-0.0494	0.0003	0.0349	0.0003	0.036	0.0199	0.0349	0.0199	0.0134	0.0408	0.0077	0.0128	0.0075	-0.0286	-0.0438	45.6577	15.9958	59.9475
2	0.2546	-0.3256	-0.5534	0.8065	1.8705	3.1206	0.0385	0.0781	-0.3111	0.0781	-0.0046	0.0677	-0.3111	0.0677	-0.0339	0.1236	-0.0259	0.0192	-0.0334	0.0114	-0.1019	55.174	4.9947	30.8259
3	0.0201	0.2885	-0.0852	0.9655	-0.6103	0.4158	-0.0418	0.0257	-0.0496	0.0257	0.0227	-0.0219	-0.0496	-0.0219	0.0191	0.0308	-0.0113	0.0096	-0.0039	0.0193	-0.0359	45.4655	51.1694	64.5283
4	0.002	0.1685	-0.0478	2.6759	-1.2525	1.113	-0.0113	0.3547	0.0575	0.3547	-0.0155	-0.018	0.0575	-0.018	0.0268	0.0884	-0.0053	-0.0045	-0.0496	-0.0249	-0.0591	54.2739	80.6968	53.9178
5	0.0006	-0.1251	0.0153	0.3494	-0.2176	0.2444	-0.0243	0.0026	0.0099	0.0026	0.0384	-0.0274	0.0099	-0.0274	-0.0142	0.0276	0.0099	-0.0072	-0.0101	0.0214	-0.0244	44.3641	11.5995	94.8958
6	0.3299	-0.4007	-0.504	4.187	-1.5309	0.3627	0.0268	-0.3437	-0.0943	-0.3437	-0.0641	-0.0206	-0.0943	-0.0206	0.0373	0.1158	-0.0059	0.0096	-0.076	-0.0328	-0.0667	52.5006	-18.1046	106.249
7	0.0425	0.0279	0.1242	0.2611	0.2368	0.423	-0.0177	0.0544	0.0201	0.0544	-0.0169	-0.0486	0.0201	-0.0486	0.0346	0.023	-0.0039	-0.0024	-0.0115	-0.0186	-0.0262	44.1983	46.5612	99.5583
8	0.1991	-0.452	-0.208	0.7189	1.8556	4.5935	-0.0414	-0.01	0.3636	-0.01	0.0184	0.0504	0.3636	0.0504	0.0229	0.1047	-0.001	0.0204	-0.0455	0.0266	-0.0892	51.5686	57.5625	129.3465
9	3.8058	-1.5712	0.7304	1.1813	-0.4556	1.2067	-0.0406	0.0637	0.0167	0.0637	-0.0254	0.1854	0.0167	0.1854	0.066	0.0199	0.0012	-0.002	-0.0198	-0.0466	-0.0762	48.958	14.3549	66.687
10	1.5369	0.3092	0.9316	1.5027	0.6142	3.1988	0.0702	0.1043	0.472	0.1043	0.0166	0.1515	0.472	0.1515	-0.0869	-0.0922	0.066	0.0059	-0.0956	-0.0092	-0.1312	62.0244	4.4662	67.0378
11	0.8029	-1.3773	-1.0735	2.4104	1.9518	1.4802	0.0074	0.0706	-0.024	0.0706	0.1221	0.212	-0.024	0.212	-0.1295	0.0218	0.0143	-0.0068	0.0289	-0.0416	-0.0985	52.4639	25.6231	81.1356
12	4.4894	-0.6642	-1.2068	0.9039	0.2425	0.8493	0.0109	-0.0313	0.0771	-0.0313	0.0224	0.0885	0.0771	0.0885	-0.0333	0.0222	0.0145	0.007	-0.0325	0.0341	-0.0612	49.0494	44.5237	62.9861
13	2.01	-1.2054	0.6288	3.5287	-0.8711	1.8691	0.227	-0.5774	0.1895	-0.5774	-0.2559	0.3053	0.1895	0.3053	0.0289	-0.1033	0.0476	0.0742	-0.0788	-0.0099	-0.1785	62.4855	44.7167	53.5945
14	0.9117	1.0709	-1.432	1.5974	-2.2376	2.0541	-0.0056	0.0494	0.0787	0.0494	-0.1382	0.0062	0.0787	0.0062	0.1438	0.0246	0.0191	0.0099	-0.0837	0.0111	0.0053	52.7033	30.2374	74.4178
15	4.4643	0.5864	2.0803	1.2094	0.5429	1.5059	-0.0234	0.0307	-0.0451	0.0307	0.0433	0.1543	-0.0451	0.1543	-0.0199	0.0208	-0.0112	0.0138	-0.0314	0.046	-0.0761	47.82	18.088	96.8237
16	1.5829	0.5942	-0.0809	2.2239	-0.3612	1.2976	0.0387	0.3227	-0.062	0.3227	-0.0628	0.1036	-0.062	0.1036	0.0241	-0.0658	0.006	-0.0401	-0.091	0.0156	-0.1132	60.3605	18.0011	107.2018
17	-0.0368	-0.2666	0.4819	1.1504	-1.8539	1.7728	0.0311	-0.0225	-0.0013	-0.0225	-0.1697	0.0679	-0.0013	0.0679	0.1385	0.0065	-0.0044	-0.0166	-0.0529	0.0266	-0.0131	52.3335	32.4088	85.7455
18	4.7574	1.7064	-0.8374	1.1587	-0.4723	1.1855	-0.0295	-0.0684	-0.0069	-0.0684	-0.0384	0.1285	-0.0069	0.1285	0.0679	0.0362	0.0091	0.0133	-0.0646	-0.0258	-0.0461	47.9314	48.2016	93.0484
19	1.6462	0.0405	-0.8247	1.2491	0.2452	2.8854	0.0545	-0.0075	-0.3745	-0.0075	0.0088	0.1803	-0.3745	0.1803	-0.0633	-0.0831	-0.0535	-0.0155	-0.1048	-0.0013	-0.1111	60.9927	58.0906	93.7225
20	0.6511	1.0275	0.9188	1.6096	1.7846	1.1219	0.0164	-0.0052	0.0246	-0.0052	0.1035	0.1303	0.0246	0.1303	-0.1199	0.0181	-0.0217	0.0151	0.0173	-0.0269	-0.0756	52.4879	36.9784	78.9087

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|90 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|91 - A\|140 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|1 - B\|90 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|91 - B\|140 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ C\|1 - C\|90 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ C\|91 - C\|140 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ D\|1 - D\|90 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ D\|91 - D\|140 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ E\|1 - E\|50 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ E\|51 - E\|281 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ E\|282 - E\|999 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ F\|1 - F\|50 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ F\|51 - F\|281 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ F\|282 - F\|999 }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ G\|1 - G\|50 }
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ G\|51 - G\|281 }
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{ G\|282 - G\|999 }
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{ H\|1 - H\|50 }
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{ H\|51 - H\|281 }
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{ H\|282 - H\|999 }

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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