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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t5a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of herpes simplex virus 1 pUL7:pUL51 complex | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / CUSTARD / assembly / tegument / HSV-1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Butt, B.G. / Graham, S.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Insights into herpesvirus assembly from the structure of the pUL7:pUL51 complex. 著者: Butt, B.G. / Owen, D.J. / Jeffries, C.M. / Ivanova, L. / Hill, C.H. / Houghton, J.W. / Ahmed, M.F. / Antrobus, R. / Svergun, D.I. / Welch, J.J. / Crump, C.M. / Graham, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 608.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 505.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14833.134 Da / 分子数: 4 / 変異: C9S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UL51, HHV1gp075, hmpv208_0053 / プラスミド: pOPC / 詳細 (発現宿主): Bicistronic expression plasmid / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 33941.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UL7, HHV1gp012, hmpv205_0007, hmpv206_0007 / プラスミド: pOPC / 詳細 (発現宿主): Bicistronic expression plasmid / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: pUL7:pUL51 complex was crystallized in sitting or hanging drops by mixing 1 uL of 5.3 mg/mL protein with 0.5 uL of 0.5 M benzamidine hydrochloride and 1 uL of reservoir solution containing 0. ...詳細: pUL7:pUL51 complex was crystallized in sitting or hanging drops by mixing 1 uL of 5.3 mg/mL protein with 0.5 uL of 0.5 M benzamidine hydrochloride and 1 uL of reservoir solution containing 0.15 mM sodium citrate pH 5.5, 12% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M NaCl and equilibrating against 200 uL reservoirs at 16 C for at least one week. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→105.9 Å / Num. obs: 154984 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 3.197 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 7654 / CC1/2: 0.321 / Rpim(I) all: 1.367 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 45.21 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.83→26.57 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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