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- PDB-6t4s: 3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000013a. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t4s
タイトル3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000013a.
要素(Genome polyprotein) x 2
キーワードHYDROLASE / Viral protease.
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity ...calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain ...Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(trifluoromethoxy)benzoic acid / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Southampton virus
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Guo, J. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2020
タイトル: In crystallo-screening for discovery of human norovirus 3C-like protease inhibitors.
著者: Guo, J. / Douangamath, A. / Song, W. / Coker, A.R. / Chan, A.W.E. / Wood, S.P. / Cooper, J.B. / Resnick, E. / London, N. / Delft, F.V.
履歴
登録2019年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8843
ポリマ－36,6782
非ポリマー2061
水5,026279
1
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
ヘテロ分子

A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7676
ポリマ－73,3554
非ポリマー4122
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_558-x,y,-z+31
Buried area6000 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area28300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.892, 89.997, 60.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-383-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 18387.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Southampton virus (serotype 3) (ウイルス)
遺伝子: ORF1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q04544, nucleoside-triphosphate phosphatase, calicivirin, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 18290.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Southampton virus (serotype 3) (ウイルス)
遺伝子: ORF1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q04544, nucleoside-triphosphate phosphatase, calicivirin, RNA-directed RNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-K2P / 2-(trifluoromethoxy)benzoic acid


分子量: 206.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H5F3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: Protein concentration 4mg/ml. 0.2 M ammonium citrate and 12% (v/v) PEG3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→60.51 Å / Num. obs: 21956 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.178 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 73672 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.02-2.073.31.131.615830.5090.7291.34898.9
9.03-60.513.60.07812.32600.9890.0460.09199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6t1q

6t1q


解像度: 2.02→60.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 8.13 / SU ML: 0.213 / SU R Cruickshank DPI: 0.2432 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.229
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2999 1049 4.8 %RANDOM
Rwork0.2136 ---
obs0.2177 20829 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.63 Å2 / Biso mean: 31.099 Å2 / Biso min: 12.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→60.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2570 0 14 279 2863
Biso mean--52.58 41.39 -
残基数----343
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132645
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7481.6413591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2621.575809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4565341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.2620108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.89215424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9221518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022949
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02577
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.072 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 76 -
Rwork0.336 1482 -
obs--97.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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