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万見
- PDB-6t4c: Bovine enterovirus F3 in complex with glutathione -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t4c
タイトルBovine enterovirus F3 in complex with glutathione
要素
  • VP1
  • VP2
  • VP3
  • VP4
キーワードVIRUS / enterovirus F3 / enterovirus capsid assembly / glutathione / Cys-Gly dipeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 ...Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / : / STEARIC ACID / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus F (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Duyvesteyn, H.M.E. / Ren, J. / Walter, T.S. / Fry, E.E. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
Wellcome Trust101122/Z/13/Z 英国
Wellcome TrustALR00750 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Glutathione facilitates enterovirus assembly by binding at a druggable pocket.
著者: Duyvesteyn, H.M.E. / Ren, J. / Walter, T.S. / Fry, E.E. / Stuart, D.I.
履歴
登録2019年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22022年12月21日Group: Refinement description / カテゴリ: struct_ncs_oper / Item: _struct_ncs_oper.code
改定 1.32023年3月15日Group: Other / Refinement description / カテゴリ: cell / struct_ncs_oper / Item: _cell.Z_PDB / _struct_ncs_oper.code
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,37018
ポリマ－91,8614
非ポリマー1,50914
水12,917717
1
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,602,1901080
ポリマ－5,511,664240
非ポリマー90,525840
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation56
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)342.75, 348.16, 351.42
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.809017, -0.5, 0.309017), (0.5, 0.309017, -0.809017), (0.309017, 0.809017, 0.5)
3generate(0.5, -0.309017, 0.809017), (0.309017, -0.809017, -0.5), (0.809017, 0.5, -0.309017)
4generate(0.5, 0.309017, 0.809017), (-0.309017, -0.809017, 0.5), (0.809017, -0.5, -0.309017)
5generate(0.809017, 0.5, 0.309017), (-0.5, 0.309017, 0.809017), (0.309017, -0.809017, 0.5)
6generate(1), (1), (1)
7generate(0.5, 0.309017, -0.809017), (0.309017, 0.809017, 0.5), (0.809017, -0.5, 0.309017)
8generate(0.309017, -0.809017, -0.5), (0.809017, 0.5, -0.309017), (0.5, -0.309017, 0.809017)
9generate(-0.309017, -0.809017, 0.5), (0.809017, -0.5, -0.309017), (0.5, 0.309017, 0.809017)
10generate(-0.5, 0.309017, 0.809017), (0.309017, -0.809017, 0.5), (0.809017, 0.5, 0.309017)
11generate(1), (1), (1)
12generate(0.309017, 0.809017, 0.5), (0.809017, -0.5, 0.309017), (0.5, 0.309017, -0.809017)
13generate(0.809017, 0.5, -0.309017), (0.5, -0.309017, 0.809017), (0.309017, -0.809017, -0.5)
14generate(0.809017, -0.5, -0.309017), (0.5, 0.309017, 0.809017), (-0.309017, -0.809017, 0.5)
15generate(0.309017, -0.809017, 0.5), (0.809017, 0.5, 0.309017), (-0.5, 0.309017, 0.809017)

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 VP1


分子量: 30247.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterovirus F (エンテロウイルス)
参照: UniProt: Q2LKZ0, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 VP2


分子量: 26757.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterovirus F (エンテロウイルス)
参照: UniProt: Q2LKZ0, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 VP3


分子量: 27149.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterovirus F (エンテロウイルス)
参照: UniProt: Q2LKZ0, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 VP4


分子量: 7705.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterovirus F (エンテロウイルス)
参照: UniProt: Q2LKZ0, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase

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非ポリマー , 6種, 731分子

#5: 化合物 ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸


分子量: 284.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 717 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.5 M Ammonium Sulfate and 0.1 M Tris at pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.98 Å / Num. obs: 1902973 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.394 / Rpim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 94026 / CC1/2: 0.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OSN

5osn


解像度: 1.8→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: Cross-validation method: -> "throughout" Free R value test set selection criteria: -> "random" Number of non-hydrogen atoms used in refinement. Polymer 0 Nonpolymer 0 Solvent 0 CNS Parameter ...詳細: Cross-validation method: -> "throughout" Free R value test set selection criteria: -> "random" Number of non-hydrogen atoms used in refinement. Polymer 0 Nonpolymer 0 Solvent 0 CNS Parameter files: CNS_TOPPAR/protein_rep.param CNS_TOPPAR/dna-rna_rep.param CNS_TOPPAR/water_rep.param CNS_TOPPAR/ion.param CNS_TOPPAR/carbohydrate.param ../../toppar/STE.par ../../toppar/gsh_1.par ../../toppar/GOL.par CNS Topology files: CNS_TOPPAR/protein.top CNS_TOPPAR/dna-rna.top CNS_TOPPAR/water.top CNS_TOPPAR/ion.top CNS_TOPPAR/carbohydrate.top ../../toppar/STE.top ../../toppar/gsh_1.top ../../toppar/GOL.top
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 95446 5 %
Rwork0.205 --
obs-1902730 100 %
溶媒の処理Bsol: 57.9837 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 144.32 Å2 / Biso mean: 22.17 Å2 / Biso min: 10.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å2-0 Å20 Å2
2--0.98 Å20 Å2
3----1.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.3 Å
Luzzati d res high-1.8
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6291 0 86 717 7094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg25.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.84
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8-1.860.347947250.351796360.00419021518910899.4
1.86-1.940.317952150.3161801630.00319026918968499.7
1.94-2.030.275947750.2731803130.00319024718979099.8
2.03-2.130.24596815.10.2441801570.00219023418983899.8
2.13-2.270.22697605.10.2241801220.00219015118988299.9
2.27-2.440.215948850.211805670.00219029119005599.9
2.44-2.690.19893994.90.1931808600.00219042319025999.9
2.69-3.070.182948550.181809880.002190561190473100
3.07-3.870.1798065.10.1681810940.002190955190900100
3.87-19.980.17593574.90.1721833840.002192759192741100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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