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- PDB-6t4b: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TDP-43 N-TERMINAL DOMAIN AT 2.55 A RES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t4b
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TDP-43 N-TERMINAL DOMAIN AT 2.55 A RESOLUTION
要素TAR DNA-binding protein 43
キーワードDNA BINDING PROTEIN / MND / NTD domain / TDP-43
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / intracellular membraneless organelle / negative regulation of protein phosphorylation / negative regulation by host of viral transcription / pre-mRNA intronic binding / RNA splicing ...nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / intracellular membraneless organelle / negative regulation of protein phosphorylation / negative regulation by host of viral transcription / pre-mRNA intronic binding / RNA splicing / response to endoplasmic reticulum stress / mRNA 3'-UTR binding / molecular condensate scaffold activity / regulation of circadian rhythm / regulation of protein stability / positive regulation of insulin secretion / positive regulation of protein import into nucleus / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / rhythmic process / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / regulation of apoptotic process / amyloid fibril formation / regulation of cell cycle / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / lipid binding / chromatin / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TAR DNA-binding protein 43, N-terminal / : / TAR DNA-binding protein 43, N-terminal domain / TAR DNA-binding protein 43, C-terminal / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TAR DNA-binding protein 43
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Watanabe, T.F. / Wright, G.S.A. / Amporndanai, K. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2020
タイトル: Purification and Structural Characterization of Aggregation-Prone Human TDP-43 Involved in Neurodegenerative Diseases.
著者: Wright, G.S.A. / Watanabe, T.F. / Amporndanai, K. / Plotkin, S.S. / Cashman, N.R. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2019年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAR DNA-binding protein 43
C: TAR DNA-binding protein 43
E: TAR DNA-binding protein 43
G: TAR DNA-binding protein 43
I: TAR DNA-binding protein 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,86010
ポリマ－44,3805
非ポリマー4805
水4,197233
1
A: TAR DNA-binding protein 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9722
ポリマ－8,8761
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: TAR DNA-binding protein 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9722
ポリマ－8,8761
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: TAR DNA-binding protein 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9722
ポリマ－8,8761
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: TAR DNA-binding protein 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9722
ポリマ－8,8761
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: TAR DNA-binding protein 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9722
ポリマ－8,8761
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.637, 95.224, 157.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
TAR DNA-binding protein 43 / TDP-43


分子量: 8875.903 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TARDBP, TDP43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL52 / 参照: UniProt: Q13148
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: needle like
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Sodium bromide, 0.1M Bis-Tris propane 6.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月16日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→78.9 Å / Num. obs: 16549 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.986 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1212 / CC1/2: 0.549 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5mdi

5mdi


解像度: 2.55→78.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.582 / ESU R Free: 0.307
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2631 925 5.3 %RANDOM
Rwork0.2245 ---
obs0.2265 16549 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 140.39 Å2 / Biso mean: 46.148 Å2 / Biso min: 18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.37 Å20 Å20 Å2
2---2.04 Å20 Å2
3----2.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→78.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3024 0 25 235 3284
Biso mean--94.12 43.37 -
残基数----390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0133127
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0172805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2571.6534279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3091.5736510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3865389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.67322.011179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.95815476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0341527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0034.9471559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0014.9451558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.667.4051941
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 56 -
Rwork0.336 1212 -
all-1268 -
obs--99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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