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- PDB-6t3f: Crystal structure Nipah virus fusion glycoprotein in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t3f
タイトルCrystal structure Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a neutralising Fab fragment
要素
  • Fab66 heavy chain
  • Fab66 light chain
  • Fusion glycoprotein F0
キーワードVIRAL PROTEIN / Fusion Protein / Glycoprotein / Antibody / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Nipah virus (ウイルス)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Avanzato, V.A. / Pryce, R. / Walter, T.S. / Bowden, T.A.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/S007555/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/L009528/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N002091/1 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: A structural basis for antibody-mediated neutralization of Nipah virus reveals a site of vulnerability at the fusion glycoprotein apex.
著者: Avanzato, V.A. / Oguntuyo, K.Y. / Escalera-Zamudio, M. / Gutierrez, B. / Golden, M. / Kosakovsky Pond, S.L. / Pryce, R. / Walter, T.S. / Seow, J. / Doores, K.J. / Pybus, O.G. / Munster, V.J. ...著者: Avanzato, V.A. / Oguntuyo, K.Y. / Escalera-Zamudio, M. / Gutierrez, B. / Golden, M. / Kosakovsky Pond, S.L. / Pryce, R. / Walter, T.S. / Seow, J. / Doores, K.J. / Pybus, O.G. / Munster, V.J. / Lee, B. / Bowden, T.A.
履歴
登録2019年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Fusion glycoprotein F0
L: Fab66 light chain
H: Fab66 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6888
ポリマ－102,3793
非ポリマー1,3095
水00
1
F: Fusion glycoprotein F0
L: Fab66 light chain
H: Fab66 heavy chain
ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0
L: Fab66 light chain
H: Fab66 heavy chain
ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0
L: Fab66 light chain
H: Fab66 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,06424
ポリマ－307,1369
非ポリマー3,92815
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area37240 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area110080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.249, 149.249, 385.392
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0 / Protein F


分子量: 55418.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nipah virus (ウイルス) / プラスミド: pHL-sec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9IH63
#2: 抗体 Fab66 light chain


分子量: 22968.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / プラスミド: pHL-sec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab66 heavy chain


分子量: 23991.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.094 M Tris pH 8.0 and 3.7 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→107.3 Å / Num. obs: 42722 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 25.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.215 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.25 Å / 冗長度: 24.3 % / Rmerge(I) obs: 2.231 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2104 / CC1/2: 0.736 / Rpim(I) all: 0.456 / Rrim(I) all: 2.279 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3488精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EVM, 4JO1

5evm

4jo1


解像度: 3.2→91.116 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 2113 4.95 %
Rwork0.2128 --
obs0.2145 42657 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 310.07 Å2 / Biso mean: 114.2593 Å2 / Biso min: 25.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→91.116 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6560 0 84 0 6644
Biso mean--142.87 --
残基数----870
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.2-3.27410.37611390.3365264099
3.2741-3.3560.41931180.3215264599
3.356-3.44670.35141450.2768263299
3.4467-3.54820.26141440.2611263499
3.5482-3.66270.31011380.249264899
3.6627-3.79360.21831280.2319266199
3.7936-3.94550.26811410.2214266599
3.9455-4.12510.22451670.19372639100
4.1251-4.34250.22671520.18292670100
4.3425-4.61460.21281330.16752693100
4.6146-4.97090.18471480.16262726100
4.9709-5.47110.1921390.1872710100
5.4711-6.26260.24271510.21712758100
6.2626-7.88950.26141350.22952810100
7.8895-91.1160.26961350.2088301399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.19670.10880.16720.358-0.08910.71040.04790.0098-0.13510.06720.04970.0520.3476-0.25790.00050.2786-0.0324-0.04260.3017-0.01270.432864.2136-62.757414.7307
20.9779-0.0201-0.16470.9082-0.75551.49740.0188-0.06130.01470.1041-0.0042-0.0454-0.0341-0.057500.4356-0.0336-0.03320.40.04950.53367.4686-56.246726.6237
30.7223-0.1320.27420.26450.33290.74960.04390.25720.0112-0.24540.0069-0.0667-0.0073-0.0062-00.54180.04290.03550.5601-0.03240.587293.6977-48.6818-11.5185
40.03060.00960.05270.239-0.06090.0784-0.1904-0.5397-0.2157-0.1298-0.18760.0690.7944-0.68220.00011.0362-0.18990.09111.23850.10820.862851.0026-64.645263.6791
50.3922-0.01740.03660.322-0.06780.13750.2275-0.3937-0.2590.06670.0087-0.1931-0.1167-0.2708-0.00020.6517-0.0689-0.00061.04540.04080.586154.2622-52.662660.1456
60.60850.28610.17110.2324-0.02920.1280.0823-0.5553-0.02970.2267-0.1570.17550.45750.32690.00010.7753-0.04550.07081.20340.13790.785554.9316-57.963661.7993
70.04240.00440.0430.02980.01090.03510.6912-0.1004-0.3536-0.1883-0.06560.372-0.3656-0.08320.00060.8455-0.1555-0.06371.3699-0.06130.599349.1687-56.635446.4716
81.55810.5131-1.01151.078-0.25450.63460.0943-1.1254-0.26060.3059-0.49080.0410.0873-0.6935-0.31441.0078-0.19810.0652.2466-0.22270.733931.1629-54.366484.8677
90.46390.23320.24961.19450.30680.1673-0.1931-0.38910.04321.2270.5332-0.2690.6781-0.24390.00251.1483-0.30050.06742.3128-0.09270.784930.7698-59.184586.776
100.0366-0.07210.03040.1234-0.01660.04860.28430.34790.42770.55170.8145-0.11990.41830.3735-0.00021.6172-0.1596-0.03162.03040.0551.31622.8656-62.987183.4632
110.1283-0.63930.12113.5715-0.43530.49560.0368-0.240.246-0.022-0.1459-0.6411-0.5513-0.6981-0.36660.8151-0.10270.17792.4342-0.13040.370928.622-55.365483.8132
121.88230.6340.99772.14991.44971.13870.14671.0112-0.21580.2140.8758-0.67040.45060.91020.56311.225-0.14240.26212.24890.12640.475924.6122-59.760694.7047
130.5188-0.42350.11510.2833-0.17930.3005-0.2854-0.27020.041-0.12680.40540.04360.297-0.8552-0.00020.6773-0.02190.06841.26230.12860.787338.3165-46.713649.8432
140.0178-0.00810.02410.1418-0.10220.14620.4898-0.19680.4231-0.39150.71460.32150.5169-0.70340.02960.8037-0.01930.25541.1412-0.07981.112237.7708-36.835545.6051
150.0029-0.01730.02670.0401-0.09770.16540.5468-0.35370.87490.0205-0.07050.66770.5712-0.12990.01170.6456-0.04410.03231.60410.38060.831533.11-47.78952.8366
160.0743-0.0597-0.0070.0370.01520.03010.19030.13790.76320.39930.1621-0.5389-0.4975-0.4875-0.00020.5782-0.08770.02010.8613-0.0360.655749.3838-45.121253.4882
170.0130.03280.00940.03080.01070.0293-0.3184-0.01840.1898-0.513-0.275-0.028-0.4960.3559-0.00061.12570.15150.07192.0649-0.131.16321.4517-46.182462.7293
180.0192-0.04690.00080.03210.0206-0.00291.207-1.04910.3288-0.1352-0.01890.5497-0.34610.0880.00781.40370.1737-0.13112.9113-0.5641.450124.0299-44.247793.7102
190.06470.0272-0.0176-0.0289-0.0070.06480.33970.09570.0367-0.01980.3690.2516-1.1636-0.5930.00071.11720.19070.28062.1957-0.23681.169927.9473-42.193979.0425
200.00760.04160.03630.0594-0.01970.00690.26090.05470.40910.10270.0026-0.5462-0.12840.61380.00021.0906-0.12060.11352.18720.27421.071230.4-47.528877.672
210.0359-0.058-0.00720.06330.08320.07210.4780.22910.41660.0302-0.407-0.80290.9627-0.14910.00031.23740.2291-0.00432.2774-0.3071.165829.0736-41.663382.0199
220.0067-0.0178-0.0220.02150.02480.0209-0.09840.7335-0.00880.94810.16920.2840.2055-0.080.00171.84910.39120.31662.191-0.0861.935422.39-34.701675.86
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 24 through 153 )F24 - 153
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 154 through 282 )F154 - 282
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 283 through 477 )F283 - 477
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 1 through 25 )L1 - 25
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 26 through 61 )L26 - 61
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 62 through 93 )L62 - 93
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 94 through 101 )L94 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 102 through 129 )L102 - 129
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 130 through 149 )L130 - 149
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 150 through 162 )L150 - 162
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 163 through 187 )L163 - 187
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 188 through 211 )L188 - 211
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 10 through 66 )H10 - 66
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 67 through 77 )H67 - 77
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 78 through 94 )H78 - 94
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 95 through 106 )H95 - 106
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 107 through 119 )H107 - 119
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 120 through 134 )H120 - 134
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 135 through 157 )H135 - 157
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 158 through 175 )H158 - 175
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 176 through 197 )H176 - 197
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 198 through 208 )H198 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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