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万見
- PDB-6t3e: Structure of Thermococcus litoralis Delta(1)-pyrroline-2-carboxyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t3e
タイトルStructure of Thermococcus litoralis Delta(1)-pyrroline-2-carboxylate reductase in complex with NADH and L-proline
要素DELTA1-pyrroline-2-carboxylate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reductase / L-Hydroxyproline metabolism / Delta(1)-pyrroline-2-carboxylate / Thermococcus litoralis
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ornithine cyclodeaminase, domain 1 / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / PROLINE / Ornithine cyclodeaminase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus litoralis DSM 5473 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ferraris, D.M. / Miggiano, R. / Ferrario, E. / Rizzi, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of Thermococcus litoralis Delta1-pyrroline-2-carboxylate reductase in complex with NADH and L-proline.
著者: Ferrario, E. / Miggiano, R. / Rizzi, M. / Ferraris, D.M.
履歴
登録2019年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DELTA1-pyrroline-2-carboxylate reductase
B: DELTA1-pyrroline-2-carboxylate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1056
ポリマ－76,5442
非ポリマー1,5614
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area23730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.688, 51.509, 92.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.906, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A'A5 - 326
221(chain 'B' and resid 5 through 327)B5 - 326
132chain 'C'C1
242chain 'D'D1
153chain 'E'E1
263chain 'F'F1

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 DELTA1-pyrroline-2-carboxylate reductase


分子量: 38272.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus litoralis DSM 5473 (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: H3ZMH3*PLUS, 1-piperideine-2-carboxylate/1-pyrroline-2-carboxylate reductase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#3: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8
詳細: 0.2 M Potassium nitrate pH=6.8, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→43.8 Å / Num. all: 93981 / Num. obs: 20334 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 45.13 Å2 / CC1/2: 0.93 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 11.05
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique all: 9154 / Num. unique obs: 2015 / CC1/2: 0.6 / Rpim(I) all: 0.44 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OMO

1omo


解像度: 2.6→43.77 Å / SU ML: 0.3294 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.1516
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1012 5.01 %RANDOM
Rwork0.1888 ---
obs0.1913 20298 94.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4963 0 104 19 5086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715137
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90936941
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0517825
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.95953139
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.733 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3009 83 -
Rwork0.2404 3001 -
obs-1961 91.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.9355010513 Å / Origin y: -1.31258423856 Å / Origin z: -2.04954543162 Å
111213212223313233
T0.24992036251 Å20.0025618615467 Å2-0.0231519431032 Å2-0.218310793384 Å20.0491192291422 Å2--0.319692434737 Å2
L0.894915502292 °2-0.0280215440962 °2-0.197561585188 °2-0.466575284649 °20.454250424684 °2--1.76375111287 °2
S0.00412658447346 Å °0.138312846889 Å °0.0299800380084 Å °-0.0353373236859 Å °-0.0196600598916 Å °0.0932005059133 Å °-0.0578510528574 Å °0.00229783608832 Å °0.0189794371383 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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