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- PDB-6t33: The unusual structure of Ruminococcin C1 antimicrobial peptide co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t33
タイトルThe unusual structure of Ruminococcin C1 antimicrobial peptide confers activity against clinical pathogens
要素Ruminococcin C
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / bacteriocin / ruminoccin / antibiotic / thioether bridge
機能・相同性Ruminococcin C
機能・相同性情報
生物種[Ruminococcus] gnavus E1 (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Chiumento, S. / Roblin, C. / Bornet, O. / Nouailler, M. / Muller, C. / Basset, C. / Kieffer-Jaquinod, S. / Coute, Y. / Torelli, S. / Le Pape, L. ...Chiumento, S. / Roblin, C. / Bornet, O. / Nouailler, M. / Muller, C. / Basset, C. / Kieffer-Jaquinod, S. / Coute, Y. / Torelli, S. / Le Pape, L. / Shunemann, V. / Jeannot, K. / Nicoletti, C. / Iranzo, O. / Maresca, M. / Giardina, T. / Fons, M. / Devillard, E. / Perrier, J. / Atta, M. / Guerlesquin, F. / Lafond, M. / Duarte, V.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-15-CE21-0020 フランス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: The unusual structure of Ruminococcin C1 antimicrobial peptide confers clinical properties.
著者: Roblin, C. / Chiumento, S. / Bornet, O. / Nouailler, M. / Muller, C.S. / Jeannot, K. / Basset, C. / Kieffer-Jaquinod, S. / Coute, Y. / Torelli, S. / Le Pape, L. / Schunemann, V. / Olleik, H. ...著者: Roblin, C. / Chiumento, S. / Bornet, O. / Nouailler, M. / Muller, C.S. / Jeannot, K. / Basset, C. / Kieffer-Jaquinod, S. / Coute, Y. / Torelli, S. / Le Pape, L. / Schunemann, V. / Olleik, H. / De La Villeon, B. / Sockeel, P. / Di Pasquale, E. / Nicoletti, C. / Vidal, N. / Poljak, L. / Iranzo, O. / Giardina, T. / Fons, M. / Devillard, E. / Polard, P. / Maresca, M. / Perrier, J. / Atta, M. / Guerlesquin, F. / Lafond, M. / Duarte, V.
履歴
登録2019年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ruminococcin C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3341
ポリマ－4,3341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3120 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Ruminococcin C


分子量: 4333.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Four cysteine sulfur to alpha-carbon cross-links between C3/N16, C5/A12, C22/K42 and C26/R34 D stereochemistry at Ala12 (alpha-S), Asn16 (alpha-S), Arg34 (alpha-S) and Lys42 (alpha-S)
由来: (組換発現) [Ruminococcus] gnavus E1 (バクテリア)
遺伝子: rumC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8QV07
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
212isotropic22D 1H-15N HSQC
222isotropic22D 1H-13C HSQC
262isotropic23D 1H-15N NOESY
2152isotropic23D 1H-15N TOCSY
272isotropic23D HNHA
232isotropic23D HNCA
242isotropic23D HN(CO)CA
252isotropic23D HN(CA)CB
2112isotropic23D CBCA(CO)NH
2102isotropic23D HNCO
292isotropic23D HN(CA)CO
282isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1142isotropic12D 1H-1H TOCSY
1132isotropic12D 1H-1H NOESY
1122isotropic12D DQF-COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution12 mM Ruminococcin C1, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O1H_sample90% H2O/10% D2O
solution20.2 mM [U-13C; U-15N] Ruminococcin C1, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N13C_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMRuminococcin C1natural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.2 mMRuminococcin C1[U-13C; U-15N]2
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
試料状態

イオン強度: 10 mM / Ionic strength err: 0.1 / pH: 6.8 / PH err: 0.05 / 圧: 1 bar / 温度: 300 K / Temperature err: 0.1

Conditions-IDLabelPressure err
11H_sample
215N13C_sample0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
CYANA2.1Guntert P.structure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 5 / 詳細: steps : 60000
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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