PDB-6t2p: Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t2p

タイトル

Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting O-glycanases to initiate mucin breakdown

要素

Glycosyl hydrolase family 16

キーワード

HYDROLASE / Human gut microbiota / mucin degradation / O-glycanases / GH16 / endo beta-galactosidase

機能・相同性

Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / carbohydrate metabolic process / Glycosyl hydrolase family 16

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides caccae ATCC 43185 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Ubranowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. ...

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting O-glycanases to initiate mucin breakdown.
著者: Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Urbanowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Stewart, C.J. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. / Madunic, K. / Wuhrer, M. / ...

履歴

登録	2019年10月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月26日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t2p.cif.gz	200.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t2p.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/6t2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/6t2p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t2nC 6t2oC 6t2qC 6t2rC 6t2sC 3ilnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t2o-1 6t2q-1 5eyy-d 6t2s-3 6t2s-1 6t2s-2 4ike-2 6t2q-2 1iqq-d 3nxh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Glycosyl hydrolase family 16

BBB: Glycosyl hydrolase family 16

ヘテロ分子

64.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Glycosyl hydrolase family 16

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Glycosyl hydrolase family 16

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.724, 82.724, 121.682
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Glycosyl hydrolase family 16 分子量: 32249.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides caccae ATCC 43185 (バクテリア) 遺伝子: BACCAC_02680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5ZIF0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.89 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 450 mM sodium malonate pH 7.0, 24% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→82.72 Å / Num. obs: 47588 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3811 / CC_1/2: 0.557

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
DIALS		データ削減
xia2		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ILN

3iln

解像度: 2.1→82.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 7.981 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.136 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2109	2369	4.985 %
R_work	0.1856	-	-
all	0.187	-	-
obs	-	47526	99.619 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.817 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.251 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.251 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.502 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→82.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3919	0	22	142	4083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	4048
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3631
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.589	1.643	5482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.287	1.58	8442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.712	5	481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.913	23.756	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.394	15	668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.089	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	487
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	655
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	3341
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1939
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.049	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.102	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.224	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.389	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.202	2.532	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.2	2.531	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.878	3.79	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.878	3.792	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.681	2.708	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.681	2.708	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.659	3.978	3073
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.659	3.978	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.295	28.304	4426
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.29	28.194	4409

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.155	0.315	143	0.273	3260	0.275	3513	0.799	0.816	96.8688	0.267
2.155-2.214	0.272	182	0.258	3240	0.259	3455	0.863	0.858	99.0449	0.248
2.214-2.278	0.232	153	0.24	3158	0.239	3318	0.886	0.895	99.789	0.226
2.278-2.348	0.303	164	0.221	3072	0.225	3244	0.862	0.912	99.7534	0.206
2.348-2.425	0.227	157	0.215	2971	0.215	3134	0.93	0.927	99.8085	0.198
2.425-2.51	0.223	193	0.216	2849	0.216	3043	0.924	0.926	99.9671	0.199
2.51-2.604	0.27	157	0.208	2761	0.211	2925	0.923	0.935	99.7607	0.19
2.604-2.711	0.22	136	0.193	2668	0.194	2808	0.936	0.946	99.8576	0.176
2.711-2.831	0.219	142	0.203	2571	0.204	2715	0.947	0.947	99.9263	0.188
2.831-2.969	0.227	132	0.203	2470	0.205	2603	0.93	0.941	99.9616	0.192
2.969-3.129	0.23	148	0.204	2298	0.205	2446	0.933	0.938	100	0.196
3.129-3.319	0.22	96	0.198	2248	0.199	2345	0.937	0.948	99.9574	0.192
3.319-3.548	0.184	91	0.195	2085	0.194	2177	0.959	0.956	99.9541	0.194
3.548-3.831	0.195	93	0.182	1943	0.182	2036	0.963	0.965	100	0.185
3.831-4.196	0.146	94	0.148	1807	0.148	1901	0.971	0.973	100	0.154
4.196-4.69	0.15	86	0.123	1620	0.124	1706	0.979	0.984	100	0.133
4.69-5.412	0.18	69	0.145	1433	0.147	1502	0.971	0.979	100	0.157
5.412-6.622	0.188	60	0.159	1208	0.16	1268	0.96	0.973	100	0.167
6.622-9.335	0.139	44	0.137	961	0.137	1005	0.975	0.973	100	0.146
9.335-82.724	0.385	29	0.22	534	0.228	564	0.966	0.974	99.8227	0.218

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1764	-0.4153	0.1338	2.9493	-0.5219	1.88	-0.0263	-0.0848	0.0572	0.0467	-0.0424	-0.1093	-0.0789	0.1534	0.0687	0.0753	-0.0332	0.0113	0.0319	-0.004	0.0103	-6.356	20.0606	15.2584
2	2.8161	0.0409	0.4238	1.5683	0.1762	2.1359	0.0132	0.1833	0.0056	-0.0272	-0.0183	0.1193	-0.0686	-0.1087	0.0051	0.018	0.0044	-0.0218	0.0837	0.0101	0.0368	-24.4265	19.3326	-15.2911

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	34 - 501
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	33 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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