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万見
- PDB-6t26: X-ray crystal structure of Vibrio alkaline phosphatase with the n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t26
タイトルX-ray crystal structure of Vibrio alkaline phosphatase with the non-competitive inhibitor cyclohexylamine
要素Alkaline phosphatase
キーワードHYDROLASE / Enzyme dynamics Disordered loop Homodimer / non-competative inhibition.
機能・相同性
機能・相同性情報


alkaline phosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alkaline phosphatase, crown domain / Alkaline phosphatase, active site / Alkaline phosphatase active site. / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase homologues / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLOHEXYLAMMONIUM ION / PHOSPHATE ION / Alkaline phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio sp. G15-21 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.265 Å
データ登録者Asgeirsson, B. / Hjorleifsson, J.G. / Markusson, S. / Helland, R.
資金援助 Iceland, 2件
組織認可番号国
Other government141619-051 Iceland
Other government196071-00911 Iceland
引用ジャーナル: Biochem Biophys Rep / 年: 2020
タイトル: X-ray crystal structure of Vibrio alkaline phosphatase with the non-competitive inhibitor cyclohexylamine.
著者: Asgeirsson, B. / Markusson, S. / Hlynsdottir, S.S. / Helland, R. / Hjorleifsson, J.G.
履歴
登録2019年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkaline phosphatase
B: Alkaline phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,46324
ポリマ－113,2522
非ポリマー1,21122
水7,404411
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, doi: 10.1002/2211-5463.12565 doi: 10.1016/j.bbapap.2016.03.016, homology, assay for oligomerization, doi: 10.1002/2211-5463.12565
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12480 Å2
ΔGint-329 kcal/mol
Surface area33720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.916, 85.270, 84.785
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.550, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alkaline phosphatase


分子量: 56626.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Contains C-terminal StrepTagII / 由来: (組換発現) Vibrio sp. G15-21 (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93P54

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非ポリマー , 6種, 433分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-HAI / CYCLOHEXYLAMMONIUM ION / シクロヘキシルアミニウム


分子量: 100.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 mg/mL Protein, 200 mM cyclohexylamine pH 8.0, 0.5 M NaCl, 22% (w/v) PEG3350 0.1 M Tris pH 7.0.
Temp details: In incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→29.43 Å / Num. obs: 46452 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 315308 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.26-2.326.50.7221976330620.810.3030.7842.388.4
10.13-29.4360.04632075360.9950.020.05138.295.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472: ???精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3E2D

3e2d


解像度: 2.265→28.721 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2064 2017 4.35 %RANDOM
Rwork0.1604 44401 --
obs0.1623 46418 99.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.64 Å2 / Biso mean: 40.6475 Å2 / Biso min: 25.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.265→28.721 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7800 0 54 411 8265
Biso mean--40.42 41.4 -
残基数----1004
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.265-2.32170.24831300.1943282289
2.3217-2.38440.24771470.19633163100
2.3844-2.45450.27921420.19473189100
2.4545-2.53370.2631560.1983164100
2.5337-2.62420.2611380.19263184100
2.6242-2.72920.24881370.18163203100
2.7292-2.85330.24631530.18193191100
2.8533-3.00360.2341360.18423180100
3.0036-3.19160.23491460.1793208100
3.1916-3.43760.18931440.17013179100
3.4376-3.78290.19331510.14963200100
3.7829-4.32860.17841360.13493226100
4.3286-5.44750.16721490.13163220100
5.4475-28.7210.18341520.14743272100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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