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- PDB-6t1t: Cytochrome P450 reductase in complex with NADPH from Candida trop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t1t
タイトルCytochrome P450 reductase in complex with NADPH from Candida tropicalis
要素NADPH--cytochrome P450 reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 reductase / CPR
機能・相同性
機能・相同性情報


ergosterol biosynthetic process / NADPH dehydrogenase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / mitochondrial outer membrane / electron transfer activity / endoplasmic reticulum membrane ...ergosterol biosynthetic process / NADPH dehydrogenase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / mitochondrial outer membrane / electron transfer activity / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADPH-cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding ...NADPH-cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / NADPH--cytochrome P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida tropicalis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Opperman, D.J. / Sewell, B.T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Global Challenges Research FundST/R002754/1 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Biochemical and structural insights into the cytochrome P450 reductase from Candida tropicalis.
著者: Ebrecht, A.C. / van der Bergh, N. / Harrison, S.T.L. / Smit, M.S. / Sewell, B.T. / Opperman, D.J.
履歴
登録2019年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH--cytochrome P450 reductase
B: NADPH--cytochrome P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,7488
ポリマ－153,7742
非ポリマー3,9756
水6,684371
1
A: NADPH--cytochrome P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8744
ポリマ－76,8871
非ポリマー1,9873
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NADPH--cytochrome P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8744
ポリマ－76,8871
非ポリマー1,9873
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.657, 67.497, 143.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.550, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NADPH--cytochrome P450 reductase / P450R


分子量: 76886.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida tropicalis (酵母) / 遺伝子: CPR-b, NCP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5PXH3, NADPH-hemoprotein reductase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 / 詳細: 0.2 M Sodium malonate pH 5.0, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→143.94 Å / Num. obs: 82779 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.127 / Rrim(I) all: 0.231 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 252423 / Scaling rejects: 21
反射 シェル解像度: 2.08→2.19 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 1.943 / Num. unique obs: 11409 / CC1/2: 0.394 / Rpim(I) all: 1.286 / Rrim(I) all: 2.339 / % possible all: 91.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BN4

2bn4


解像度: 2.08→74.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.2562 / WRfactor Rwork: 0.2029 / FOM work R set: 0.6421 / SU B: 11.637 / SU ML: 0.261 / SU R Cruickshank DPI: 0.2613 / SU Rfree: 0.2134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2672 4041 4.9 %RANDOM
Rwork0.2191 ---
obs0.2215 78196 95.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.3 Å2 / Biso mean: 38.278 Å2 / Biso min: 18.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å2-0.05 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.08→74.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10178 0 230 371 10779
Biso mean--34.18 38.85 -
残基数----1270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01310656
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4741.65914476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2621.58422224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.23151272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.55323.116584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.662151804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2931560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211888
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022248
LS精密化 シェル解像度: 2.082→2.136 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.451 284 -
Rwork0.423 5214 -
all-5498 -
obs--86.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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