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万見
- PDB-6t1r: Pseudo-atomic model of a 16-mer assembly of reduced recombinant h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t1r
タイトルPseudo-atomic model of a 16-mer assembly of reduced recombinant human alphaA-crystallin (non domain swapped configuration)
要素Alpha-crystallin A chain
キーワードCHAPERONE / sHsp / alphaA-crystallin / domain swapping
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of intracellular transport / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / unfolded protein binding / response to heat / protein refolding / protein stabilization / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity ...negative regulation of intracellular transport / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / unfolded protein binding / response to heat / protein refolding / protein stabilization / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-crystallin A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å
データ登録者Peters, C. / Kaiser, C.J.O. / Weinkauf, S. / Zacharias, M. / Buchner, J.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationCRC 1035 ドイツ
German Research FoundationEXC 114 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: The structure and oxidation of the eye lens chaperone αA-crystallin.
著者: Christoph J O Kaiser / Carsten Peters / Philipp W N Schmid / Maria Stavropoulou / Juan Zou / Vinay Dahiya / Evgeny V Mymrikov / Beate Rockel / Sam Asami / Martin Haslbeck / Juri Rappsilber / ...著者: Christoph J O Kaiser / Carsten Peters / Philipp W N Schmid / Maria Stavropoulou / Juan Zou / Vinay Dahiya / Evgeny V Mymrikov / Beate Rockel / Sam Asami / Martin Haslbeck / Juri Rappsilber / Bernd Reif / Martin Zacharias / Johannes Buchner / Sevil Weinkauf /
要旨: The small heat shock protein αA-crystallin is a molecular chaperone important for the optical properties of the vertebrate eye lens. It forms heterogeneous oligomeric ensembles. We determined the ...The small heat shock protein αA-crystallin is a molecular chaperone important for the optical properties of the vertebrate eye lens. It forms heterogeneous oligomeric ensembles. We determined the structures of human αA-crystallin oligomers by combining cryo-electron microscopy, cross-linking/mass spectrometry, NMR spectroscopy and molecular modeling. The different oligomers can be interconverted by the addition or subtraction of tetramers, leading to mainly 12-, 16- and 20-meric assemblies in which interactions between N-terminal regions are important. Cross-dimer domain-swapping of the C-terminal region is a determinant of αA-crystallin heterogeneity. Human αA-crystallin contains two cysteines, which can form an intramolecular disulfide in vivo. Oxidation in vitro requires conformational changes and oligomer dissociation. The oxidized oligomers, which are larger than reduced αA-crystallin and destabilized against unfolding, are active chaperones and can transfer the disulfide to destabilized substrate proteins. The insight into the structure and function of αA-crystallin provides a basis for understanding its role in the eye lens.
履歴
登録2019年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4894
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-crystallin A chain
B: Alpha-crystallin A chain
C: Alpha-crystallin A chain
D: Alpha-crystallin A chain
E: Alpha-crystallin A chain
F: Alpha-crystallin A chain
G: Alpha-crystallin A chain
H: Alpha-crystallin A chain
I: Alpha-crystallin A chain
J: Alpha-crystallin A chain
K: Alpha-crystallin A chain
L: Alpha-crystallin A chain
M: Alpha-crystallin A chain
N: Alpha-crystallin A chain
O: Alpha-crystallin A chain
P: Alpha-crystallin A chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,98116
ポリマ－318,98116
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, microscopy, single particle EM (EMD-4894)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area31980 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area124490 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Alpha-crystallin A chain / Heat shock protein beta-4 / HspB4


分子量: 19936.314 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: wild type residues 1-166 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: lens / 遺伝子: CRYAA, CRYA1, HSPB4 / 器官: eye / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: P02489

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Reduced recombinant human alphaA-crystallin / タイプ: COMPLEX
詳細: Recombinant wild type full-length human alphaA-crystallin purified in the presence of reductant.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.319 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: cytoplasm / 器官: eye / 組織: lens
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / プラスミド: pET28
緩衝液pH: 7.4
詳細: Buffer was prepared without EDTA and DTT. EDTA stock (500mM) was titrated to pH 8 and added to 1 mM. DTT stock (1M) was added to 1mM.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1137 mMsodium chlorideNaCl1
22.7 mMpotassium chlorideKCl1
38.1 mMsodium phosphate dibasicNa2HPO41
41.76 mMpotassium phosphate monobasicKH2PO41
51 mMEthylenediaminetetraacetic acidC10H16N2O81
61 mM1,4-DithiothreitC4H10O2S21
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Specimen was thawed, diluted to the final concentration and equilibrated at 310K for 3h.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 293 K
詳細: Diluted equilibrated specimen was added to glow-discharged (30s) grids. Sample was blotted 30s after sample application and immediately plunged.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 37000 X / 倍率（補正後）: 37037 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.2 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 10 / 利用したフレーム数/画像: 1-10

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN22粒子像選択
2TOM画像取得
4BsoftCTF補正
7Amber16モデルフィッティング
12IMAGIC5３次元再構成
13Amber16モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 74068 / 詳細: particles were picked manually
対称性点対称性: D4 (2回x4回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19783 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
詳細: Structure created by homology modelling using PDB 3N3E and the N-terminal region (1-60) modelled using I-Tasser. The model was refined by flexible fitting into the EM density map EMD-4894. ...詳細: Structure created by homology modelling using PDB 3N3E and the N-terminal region (1-60) modelled using I-Tasser. The model was refined by flexible fitting into the EM density map EMD-4894. The N-terminus is modelled only as CA atoms.
原子モデル構築PDB-ID: 3N3E

3n3e


Accession code: 3N3E / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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