PDB-6t19: Structure of mosquitocidal Cyt1A protoxin obtained by Serial Femt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t19

タイトル

Structure of mosquitocidal Cyt1A protoxin obtained by Serial Femtosecond Crystallography on in vivo grown crystals soaked with DTT at pH 7

要素

Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin

キーワード

TOXIN / Mosquitocidal toxin / in vivo grown nanocrystals

機能・相同性

Delta-endotoxin CytB / Delta-endotoxin CytB-like superfamily / Bacillus thuringiensis toxin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / extracellular region / Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin

機能・相同性情報

生物種

Bacillus thuringiensis subsp. israelensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Tetreau, G. / Banneville, A.S. / Andreeva, E. / Brewster, A.S. / Hunter, M.S. / Sierra, R.G. / Young, I.D. / Boutet, S. / Coquelle, N. / Cascio, D. ...

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Serial femtosecond crystallography on in vivo-grown crystals drives elucidation of mosquitocidal Cyt1Aa bioactivation cascade.
著者: Tetreau, G. / Banneville, A.S. / Andreeva, E.A. / Brewster, A.S. / Hunter, M.S. / Sierra, R.G. / Teulon, J.M. / Young, I.D. / Burke, N. / Grunewald, T.A. / Beaudouin, J. / Snigireva, I. / ...

履歴

登録	2019年10月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t19.cif.gz	71.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t19.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/6t19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/6t19	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t14SC 6t1aC 6t1cC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t1c-1 6t14-1 6t1a-1 4ras-2 6zxx-2 6zxx-1 3x0w-d 2iog-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

BBB: Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin

ヘテロ分子

27.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

BBB: Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin

ヘテロ分子

BBB: Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.562, 65.562, 164.305
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-624- HOH
2	1	BBB-688- HOH

#1: タンパク質	Type-1Aa cytolytic delta-endotoxin / 27 kDa cytolytic toxin 分子量: 27354.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Structure solved from in vivo grown nanocrystals of Cyt1Aa soaked with 1mM DTT at pH 7 and room-temperature. 由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis subsp. israelensis (バクテリア) 遺伝子: cyt1Aa, cytA 発現宿主: Bacillus thuringiensis serovar israelensis (バクテリア) Variant (発現宿主): 4Q7 / 参照: UniProt: P0A382
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.4 % / 解説: bipyramidal crystals.
結晶化	温度: 300 K / 手法: in cell 詳細: In cell crystallization by recombinant expression in a Bacillus thuringiensis serovar israelensis strain devoid of its pBt plasmid.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.28 Å
検出器	タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 18261 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 160.5 % / CC_1/2: 0.998 / R split: 0.074 / Net I/σ(I): 32.8
反射シェル	解像度: 1.83→1.85 Å / 冗長度: 30.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1003 / CC_1/2: 0.164 / R split: 0.517 / % possible all: 100
Serial crystallography measurement	Focal spot size: 1.7 µm² / Pulse duration: 40 fsec. / Pulse energy: 1000 µJ / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery	手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection	解説: MESH
Serial crystallography data reduction	Frames indexed: 18766 / Frames total: 39547 / Lattices indexed: 18882

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230 2018/03/05	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6t14

6t14

解像度: 1.85→14.838 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / WR_factor R_free: 0.206 / WR_factor R_work: 0.158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.197 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2901	921	-
R_work	0.2241	17339	-
all	0.227	-	-
obs	-	18260	97.767 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.369 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.008 Å²	0.004 Å²	0 Å²
2-	-	0.008 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.026 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→14.838 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1882	0	1	291	2174

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.014	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.799	1.648	2719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.382	1.628	4230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.42	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.027	26.292	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.734	15	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	2.753	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	347
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	355
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	860
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.035	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.108	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.078	3.161	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.078	3.16	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.836	4.746	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.835	4.747	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.103	3.246	970
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.102	3.246	970
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.77	4.832	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.77	4.832	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.038	39.334	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.458	37.72	2116

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.85-1.897	0.541	65	0.456	1231	1321	98.1075	0.437
1.897-1.948	0.457	65	0.406	1206	1294	98.2226	0.382
1.948-2.004	0.459	62	0.359	1156	1252	97.2843	0.327
2.004-2.064	0.377	59	0.326	1141	1235	97.166	0.286
2.064-2.131	0.389	59	0.306	1101	1185	97.8903	0.27
2.131-2.204	0.402	55	0.296	1055	1139	97.4539	0.254
2.204-2.285	0.331	55	0.266	1037	1125	97.0667	0.224
2.285-2.376	0.289	54	0.253	993	1078	97.1243	0.212
2.376-2.479	0.321	52	0.254	964	1038	97.8805	0.212
2.479-2.596	0.333	49	0.261	931	1008	97.2222	0.212
2.596-2.732	0.293	47	0.234	880	947	97.8881	0.19
2.732-2.892	0.246	46	0.206	842	908	97.7974	0.16
2.892-3.083	0.255	42	0.183	799	855	98.3626	0.144
3.083-3.318	0.239	40	0.178	765	816	98.652	0.139
3.318-3.617	0.222	38	0.174	712	759	98.8142	0.142
3.617-4.014	0.27	34	0.176	653	688	99.8547	0.141
4.014-4.579	0.199	32	0.15	597	629	100	0.123
4.579-5.48	0.183	28	0.151	529	557	100	0.126
5.48-7.269	0.342	22	0.235	433	455	100	0.2
7.269-14.838	0.258	17	0.175	314	332	99.6988	0.147

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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