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- PDB-6sy9: Structure of the Legionella pneumophila response regulator LqsR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sy9
タイトルStructure of the Legionella pneumophila response regulator LqsR
要素Response regulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / response regulator / receiver domain / output domain
機能・相同性phosphorelay signal transduction system / Response regulator receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / (Two component) response regulator
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hochstrasser, R. / Hutter, C.A.J. / Arnold, F.M. / Baerlocher, K. / Seeger, M.A. / Hilbi, H.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_153200, 31003A_175557, PP00P3_144823 スイス
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2020
タイトル: The structure of the Legionella response regulator LqsR reveals amino acids critical for phosphorylation and dimerization.
著者: Hochstrasser, R. / Hutter, C.A.J. / Arnold, F.M. / Barlocher, K. / Seeger, M.A. / Hilbi, H.
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4941
ポリマ－41,4941
非ポリマー00
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15710 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.100, 67.840, 116.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Response regulator / Response regulator FixJ / Response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HD-GYP domain


分子量: 41493.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: C3926_14995, C3927_13800, D7214_05345, ERS240541_01816, ERS253249_00465, NCTC12000_02932
プラスミド: pET28(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A130R805, UniProt: Q5ZRY9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Sodium formate, 0.1M Bis-Tris propane, 18% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.031 Å / Num. obs: 23899 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.041 % / Biso Wilson estimate: 49.216 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 20.98 / Num. measured all: 311660 / Scaling rejects: 14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.1513.5771.951.6723515173217320.6392.027100
2.15-2.2113.3111.3972.2222549169416940.7591.453100
2.21-2.2812.7951.1292.7621329166716670.8321.176100
2.28-2.3512.6910.8513.6219899156815680.8850.887100
2.35-2.4213.7370.6574.8321526156715670.9350.682100
2.42-2.5113.6170.496.2720630151515150.9630.509100
2.51-2.613.4260.3947.9219467145014500.9730.41100
2.6-2.7113.0690.3159.5918401140814080.9780.327100
2.71-2.8312.4070.2411.7616712134713470.9880.25100
2.83-2.9713.4770.17915.917331128612860.9940.186100
2.97-3.1313.5790.13121.0116974125012500.9960.136100
3.13-3.3213.4740.09926.2215616115911590.9980.103100
3.32-3.5512.8580.06436.6514221110611060.9990.067100
3.55-3.8312.3650.04745.5912773103310330.9990.05100
3.83-4.213.250.03855.63127339619610.9990.039100
4.2-4.712.8910.03264.641113886486410.033100
4.7-5.4211.7710.03260.82909977377310.034100
5.42-6.6412.3980.03360.282826686680.9990.034100
6.64-9.3911.7020.02572.85623753453310.02699.8
9.39-46.03110.1510.0283.16322832131810.02199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
HKL2Map位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→46.031 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2282 1195 5 %
Rwork0.2021 22698 -
obs0.2035 23893 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 173.98 Å2 / Biso mean: 56.5765 Å2 / Biso min: 26.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→46.031 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2492 0 0 128 2620
Biso mean---52.86 -
残基数----307
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.1-2.18410.33731300.29672480
2.1841-2.28350.2431310.26042477
2.2835-2.40390.2611300.23552480
2.4039-2.55450.29761310.22222481
2.5545-2.75170.25411310.22222492
2.7517-3.02850.2461320.2242513
3.0285-3.46660.23811330.20142524
3.4666-4.36710.19451350.17092565
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17950.4073-0.04580.2575-0.01150.6928-0.01040.07590.10740.0474-0.03190.0468-0.094-0.033400.3165-0.0091-0.00890.3547-0.04780.361135.918158.242928.1021
20.7075-0.20210.30580.0739-0.41120.11620.2336-0.31730.7180.2872-0.08280.0528-0.2193-0.12740.03060.535-0.0915-0.02280.4686-0.10980.265641.995561.804935.8249
32.07270.4579-0.10042.0641-0.96820.3913-0.00330.12170.0458-0.2101-0.1885-0.2170.03590.3149-0.00010.33680.01080.01260.3559-0.00340.375545.845458.686822.5449
40.40070.2516-0.58411.6692-0.40571.01320.07060.0481-0.2772-0.0942-0.07210.08620.2507-0.0361-00.3414-0.01340.02170.3516-0.03890.378140.053651.522125.9847
51.38011.4249-0.2891.6745-0.35141.93480.1966-0.0445-0.3080.2138-0.02220.19270.07330.0631-00.35750.0181-0.01020.39690.01760.394633.134638.635846.41
60.1288-0.0784-0.00430.54530.12260.41170.2889-0.1759-0.47490.57620.0927-0.06480.2626-0.2260.03280.6781-0.0573-0.05090.49050.16520.444827.901529.22157.2705
71.89170.13050.11030.89840.02081.34280.1263-0.2260.3780.4966-0.02720.1805-0.28090.01890.00080.4840.03820.11080.3826-0.05720.325731.078256.481145.8134
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 31 )A2 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 94 )A32 - 94
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 95 through 147 )A95 - 147
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 148 through 188 )A148 - 188
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 189 through 257 )A189 - 257
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 258 through 303 )A258 - 303
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 304 through 341 )A304 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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