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- PDB-6sy4: TetR in complex with the TetR-binding RNA-aptamer K1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sy4
タイトルTetR in complex with the TetR-binding RNA-aptamer K1
要素
  • TetR-binding aptamer K1 (43-MER)
  • Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TetR / Complex / Aptamer / Transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family ...Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.695 Å
データ登録者Grau, F.C. / Muller, Y.A. / Suess, B. / Groher, F. / Jaeger, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: The complex formed between a synthetic RNA aptamer and the transcription repressor TetR is a structural and functional twin of the operator DNA-TetR regulator complex.
著者: Grau, F.C. / Jaeger, J. / Groher, F. / Suess, B. / Muller, Y.A.
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10
B: Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10
C: TetR-binding aptamer K1 (43-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0993
ポリマ－61,0993
非ポリマー00
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area23630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.027, 96.027, 163.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 41 or resid 43...
21(chain B and (resid 4 through 41 or resid 43...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 4 through 41 or resid 43...A4 - 41
121(chain A and (resid 4 through 41 or resid 43...A43 - 103
131(chain A and (resid 4 through 41 or resid 43...A105 - 6
141(chain A and (resid 4 through 41 or resid 43...A3 - 202
151(chain A and (resid 4 through 41 or resid 43...A123 - 150
161(chain A and (resid 4 through 41 or resid 43...A152 - 154
171(chain A and (resid 4 through 41 or resid 43...A181 - 187
181(chain A and (resid 4 through 41 or resid 43...A189 - 194
191(chain A and (resid 4 through 41 or resid 43...A196 - 202
211(chain B and (resid 4 through 41 or resid 43...B4 - 41
221(chain B and (resid 4 through 41 or resid 43...B43 - 103
231(chain B and (resid 4 through 41 or resid 43...B3 - 202
241(chain B and (resid 4 through 41 or resid 43...B3 - 202
251(chain B and (resid 4 through 41 or resid 43...B108 - 121
261(chain B and (resid 4 through 41 or resid 43...B152 - 154
271(chain B and (resid 4 through 41 or resid 43...B1
281(chain B and (resid 4 through 41 or resid 43...B196 - 202

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要素

#1: タンパク質 Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10


分子量: 23531.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tetR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04483
#2: RNA鎖 TetR-binding aptamer K1 (43-MER)


分子量: 14035.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 4% v/v Tacsimate pH 6.0, 12% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月1日
放射モノクロメーター: KMC-2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.695→15.764 Å / Num. obs: 21786 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.993 % / Biso Wilson estimate: 75.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Rrim(I) all: 0.2 / Χ2: 0.969 / Net I/σ(I): 17.62
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.7-2.7725.3563.6970.9239987157715770.3373.772100
2.77-2.8422.9322.8171.235178153415340.4632.881100
2.84-2.9226.6752.3871.5439773149114910.5792.433100
2.92-3.0128.0361.722.341185146914690.7441.751100
3.01-3.1127.7991.3392.9839252141414120.851.36399.9
3.11-3.2227.6780.8974.5737780136513650.9330.914100
3.22-3.3427.430.6176.6435933131013100.9640.628100
3.34-3.4827.0810.4429.1835070129512950.9840.45100
3.48-3.6326.9040.33112.1532554121012100.990.337100
3.63-3.8126.2030.23516.6630867117811780.9950.24100
3.81-4.0224.5720.18919.9227865113411340.9960.193100
4.02-4.2622.3390.15622.6823769106410640.9970.159100
4.26-4.5627.5550.12230.6627803101010090.9990.12499.9
4.56-4.9227.1530.10634.95254429379370.9990.108100
4.92-5.3926.8560.09338.82236338808800.9990.095100
5.39-6.0325.9460.09936.19206537977960.9990.10199.9
6.03-6.9624.4430.08640.03174287137130.9990.088100
6.96-8.5220.9850.0559.761299061961910.051100
8.52-12.0526.1410.02797.741296649649610.027100
12.05-15.76420.7340.02674.55615830429710.02697.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NS7

2ns7


解像度: 2.695→15.764 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 1098 5.07 %
Rwork0.2012 --
obs0.2036 21641 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 187.53 Å2 / Biso mean: 80.4598 Å2 / Biso min: 39.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.695→15.764 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2897 785 0 19 3701
Biso mean---65.45 -
残基数----401
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A954X-RAY DIFFRACTION9.058TORSIONAL
12B954X-RAY DIFFRACTION9.058TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.6954-2.81740.33811410.30852519
2.8174-2.96510.331330.29852515
2.9651-3.14940.32011440.2562509
3.1494-3.39040.32341420.22852516
3.3904-3.72750.28551290.19832563
3.7275-4.25750.22081270.17742578
4.2575-5.32940.23931250.1772625
5.3294-15.7640.19881570.18842718
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6625-0.29680.56890.728-0.81151.1755-0.02030.0621-0.1215-0.0741-0.04810.16680.0221-0.17720.00050.37080.02630.01140.65210.00850.5711-9.4459-33.2153-37.0564
20.92030.0663-0.35061.2839-0.70051.4487-0.0302-0.12220.17450.2229-0.1167-0.1115-0.41780.1866-0.00010.4505-0.0895-0.09910.5957-0.00490.55778.8428-21.3282-31.4186
3-0.0071-0.25470.46031.9026-1.24381.07610.08580.23070.1115-0.3243-0.117-0.2593-0.2090.10020.07820.68110.05870.01930.94680.17560.72430.5311-13.2103-68.3485
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 3 through 202)A3 - 202
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 3 through 202)B3 - 202
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 4 through 41)C4 - 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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